+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0188 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Echovirus 18 Open particle without three pentamers | |||||||||
![]() | Echovirus 18 Open particle without three pentamers | |||||||||
![]() |
| |||||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
![]() | Buchta D / Fuzik T / Hrebik D / Levdansky Y / Moravcova J / Plevka P | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Enterovirus particles expel capsid pentamers to enable genome release. 著者: David Buchta / Tibor Füzik / Dominik Hrebík / Yevgen Levdansky / Lukáš Sukeník / Liya Mukhamedova / Jana Moravcová / Robert Vácha / Pavel Plevka / ![]() ![]() 要旨: Viruses from the genus Enterovirus are important human pathogens. Receptor binding or exposure to acidic pH in endosomes converts enterovirus particles to an activated state that is required for ...Viruses from the genus Enterovirus are important human pathogens. Receptor binding or exposure to acidic pH in endosomes converts enterovirus particles to an activated state that is required for genome release. However, the mechanism of enterovirus uncoating is not well understood. Here, we use cryo-electron microscopy to visualize virions of human echovirus 18 in the process of genome release. We discover that the exit of the RNA from the particle of echovirus 18 results in a loss of one, two, or three adjacent capsid-protein pentamers. The opening in the capsid, which is more than 120 Å in diameter, enables the release of the genome without the need to unwind its putative double-stranded RNA segments. We also detect capsids lacking pentamers during genome release from echovirus 30. Thus, our findings uncover a mechanism of enterovirus genome release that could become target for antiviral drugs. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 41.8 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 201.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() ![]() | 512 MB 512 MB | ![]() | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6hblMC ![]() 0181C ![]() 0182C ![]() 0183C ![]() 0184C ![]() 0185C ![]() 0186C ![]() 0187C ![]() 0189C ![]() 0217C ![]() 6hbgC ![]() 6hbhC ![]() 6hbjC ![]() 6hbkC ![]() 6hhtC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Echovirus 18 Open particle without three pentamers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.061 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Echovirus E18
全体 | 名称: ![]() |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Echovirus E18
超分子 | 名称: Echovirus E18 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 47506 / 生物種: Echovirus E18 / Sci species strain: Metcalf / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
宿主 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 6.33 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 340.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Echovirus 18 capsid protein 1
分子 | 名称: Echovirus 18 capsid protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 32.564445 KDa |
配列 | 文字列: GDNQDRTVAN TQPSGPSNST EIPALTAVET GHTSQVDPSD TIQTRHVVNF HSRSESTIEN FMGRAACVFM DQYKINGEET STDRFAVWT INIREMAQLR RKCEMFTYMR FDIEMTMVIT SCQDQGTILD QDMPVLTHQI MYVPPGGPIP AKVDGYEWQT S TNPSVFWT ...文字列: GDNQDRTVAN TQPSGPSNST EIPALTAVET GHTSQVDPSD TIQTRHVVNF HSRSESTIEN FMGRAACVFM DQYKINGEET STDRFAVWT INIREMAQLR RKCEMFTYMR FDIEMTMVIT SCQDQGTILD QDMPVLTHQI MYVPPGGPIP AKVDGYEWQT S TNPSVFWT EGNAPPRISI PFISVGNAYS SFYDGWSHFT QDGTYGYTTL NAMGKLYIRH VNRSSPHQIT STIRVYFKPK HI KAWVPRP PRLCPYINKR DVNFVVTEIT DSRTSITDTP HPEHSVLATH |
-分子 #2: Echovirus 18 capsid protein 2
分子 | 名称: Echovirus 18 capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.802328 KDa |
配列 | 文字列: SPSAEECGYS DRVRSMTLGN STITTQESAN VVVGYGEWPS YLSDREATAE DQPTQPDVAT CRFYTLESVQ WEKTSPGWWW KFPEALKNM GLFGQNMHYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCADTDT TFPATELTTE DTPHVFTSDS I TGKKVQAA ...文字列: SPSAEECGYS DRVRSMTLGN STITTQESAN VVVGYGEWPS YLSDREATAE DQPTQPDVAT CRFYTLESVQ WEKTSPGWWW KFPEALKNM GLFGQNMHYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCADTDT TFPATELTTE DTPHVFTSDS I TGKKVQAA VCNAGMGVGV GNLTIFPHQW INLRTNNSAT IVIPYINSVP MDNMFRHYNF TLMIIPFAPL NFTDGATAYV PI TVTIAPM YAEYNGLRLA STQ |
-分子 #3: Echovirus 18 capsid protein 3
分子 | 名称: Echovirus 18 capsid protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.143783 KDa |
配列 | 文字列: GVPVLNTPGS NQFLTSDDYQ SPSAMPQFDE TPEMHIPGEV RNLMEIAEVD SVVPVNNVTG KTKSMDAYQI PVGTGNTDKT KPIFSFQMD PGYSSVLKRT LLGEMLNYYA HWSGSVKLTF LFCGSAMATG KLLISYSPPG ASVPTSRKDA MLGTHIVWDI G LQSSCVLC ...文字列: GVPVLNTPGS NQFLTSDDYQ SPSAMPQFDE TPEMHIPGEV RNLMEIAEVD SVVPVNNVTG KTKSMDAYQI PVGTGNTDKT KPIFSFQMD PGYSSVLKRT LLGEMLNYYA HWSGSVKLTF LFCGSAMATG KLLISYSPPG ASVPTSRKDA MLGTHIVWDI G LQSSCVLC VPWISQSHYR MVQQDPYTSA GYITCWYQTN IVVPPGAPTS CDVLCFASAC NDFSVRLLRD TPFMAQPGKL Q |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 6 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6331 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 45.2 e/Å2 詳細: Images were collected in movie-mode at 39 frames per second |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.282 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.651 µm / 倍率(補正後): 79575 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |