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- EMDB-0129: Structure of the Macrobrachium rosenbergii Nodavirus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0129
タイトルStructure of the Macrobrachium rosenbergii Nodavirus
マップデータNone
試料
  • ウイルス: Macrobrachium rosenbergii nodavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードNodavirus / Capsid / Virion / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性virion component / Viral coat protein subunit / Capsid protein alpha
機能・相同性情報
生物種Macrobrachium rosenbergii nodavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Ho KH / Gabrielsen M
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UU_12014/7 英国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2018
タイトル: Structure of the Macrobrachium rosenbergii nodavirus: A new genus within the Nodaviridae?
著者: Kok Lian Ho / Mads Gabrielsen / Poay Ling Beh / Chare Li Kueh / Qiu Xian Thong / James Streetley / Wen Siang Tan / David Bhella /
要旨: Macrobrachium rosenbergii nodavirus (MrNV) is a pathogen of freshwater prawns that poses a threat to food security and causes significant economic losses in the aquaculture industries of many ...Macrobrachium rosenbergii nodavirus (MrNV) is a pathogen of freshwater prawns that poses a threat to food security and causes significant economic losses in the aquaculture industries of many developing nations. A detailed understanding of the MrNV virion structure will inform the development of strategies to control outbreaks. The MrNV capsid has also been engineered to display heterologous antigens, and thus knowledge of its atomic resolution structure will benefit efforts to develop tools based on this platform. Here, we present an atomic-resolution model of the MrNV capsid protein (CP), calculated by cryogenic electron microscopy (cryoEM) of MrNV virus-like particles (VLPs) produced in insect cells, and three-dimensional (3D) image reconstruction at 3.3 Å resolution. CryoEM of MrNV virions purified from infected freshwater prawn post-larvae yielded a 6.6 Å resolution structure, confirming the biological relevance of the VLP structure. Our data revealed that unlike other known nodavirus structures, which have been shown to assemble capsids having trimeric spikes, MrNV assembles a T = 3 capsid with dimeric spikes. We also found a number of surprising similarities between the MrNV capsid structure and that of the Tombusviridae: 1) an extensive network of N-terminal arms (NTAs) lines the capsid interior, forming long-range interactions to lace together asymmetric units; 2) the capsid shell is stabilised by 3 pairs of Ca2+ ions in each asymmetric unit; 3) the protruding spike domain exhibits a very similar fold to that seen in the spikes of the tombusviruses. These structural similarities raise questions concerning the taxonomic classification of MrNV.
履歴
登録2018年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月24日-
マップ公開2018年10月31日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6h2b
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6h2b
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0129.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0129.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 542.72 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 542.72 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 542.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.08820353 - 0.15871026
平均 (標準偏差)0.00086273794 (±0.006595679)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 542.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z542.720542.720542.720
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-256-256-256
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0880.1590.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Macrobrachium rosenbergii nodavirus

全体名称: Macrobrachium rosenbergii nodavirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Macrobrachium rosenbergii nodavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Macrobrachium rosenbergii nodavirus

超分子名称: Macrobrachium rosenbergii nodavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Capsid protein was expressed in Sf9 cells / NCBI-ID: 222557 / 生物種: Macrobrachium rosenbergii nodavirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Macrobrachium rosenbergii (甲殻類)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 400.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macrobrachium rosenbergii nodavirus (ウイルス)
分子量理論値: 41.563594 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MARGKQNSNQ AQNNSNANGK RRKRSRRNRN PQTIPNFNPI VAKPTVAPLQ TNIRSARSDV NAITVLNGSD FLTTVKVRGS NNLTDSKSR ILVKQPISAS SFLGTRISGL SQFWERYRWH KAAVRYVPAV PNTLACQLIG YIDTDPLDDP NVILDVDQLL R QATSQVGA ...文字列:
MARGKQNSNQ AQNNSNANGK RRKRSRRNRN PQTIPNFNPI VAKPTVAPLQ TNIRSARSDV NAITVLNGSD FLTTVKVRGS NNLTDSKSR ILVKQPISAS SFLGTRISGL SQFWERYRWH KAAVRYVPAV PNTLACQLIG YIDTDPLDDP NVILDVDQLL R QATSQVGA RQWNFSDTTT IPLIVRRDDQ LYYTGQDKEN VRFSQQGVFY LLQVTTLLNI SGEAITNDLI SGSLYLDWVC GF SMPQINP TPVEISQLTY NADTIGNWVP PTELNQTYTQ DITGLKPNSK FIIVPYMDRT SSEVLQKCTI TCNEVNAVGS ISY FDTNDI KCNGYITFQA NNIGEATFTL VTDYKGVTDA KPYQYRIIRA IVGNN

UniProtKB: Capsid protein alpha

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 100 mM NaCl pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K
詳細: VLPs were deposited onto a continuous carbon film that had been floated onto a quantifoil holey carbon film (R2/2).

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2459 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 36.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47170 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 60939 / 詳細: Automated particle picking in Relion 2.1
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3655


詳細: our previously calculated intermediate resolution structure of the same VLP was used to start data processing.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 詳細: Standard Relion workflow for icosahedral particle. / 使用した粒子像数: 40883
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Model built largely ab initio, following docking of a homology model based on PDB 4LLF. The homology model matched in two strands at residues - 104-135 and 232-243. This served as the starting point for manual model building. The model was then subjected to real space refinement using Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 140
得られたモデル

PDB-6h2b:
Structure of the Macrobrachium rosenbergii Nodavirus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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