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万見
- EMDB-0074: Template-free detection and classification of microsomal membrane... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0074
タイトルTemplate-free detection and classification of microsomal membrane bound complexes
マップデータRibosome bound to fully assembled translocon complex
試料
  • 複合体: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on canine pancreatic ER vesicles
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Martinez-Sanchez A / Lucic V
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Seneca Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2020
タイトル: Template-free detection and classification of membrane-bound complexes in cryo-electron tomograms.
著者: Antonio Martinez-Sanchez / Zdravko Kochovski / Ulrike Laugks / Johannes Meyer Zum Alten Borgloh / Saikat Chakraborty / Stefan Pfeffer / Wolfgang Baumeister / Vladan Lučić /
要旨: With faithful sample preservation and direct imaging of fully hydrated biological material, cryo-electron tomography provides an accurate representation of molecular architecture of cells. However, ...With faithful sample preservation and direct imaging of fully hydrated biological material, cryo-electron tomography provides an accurate representation of molecular architecture of cells. However, detection and precise localization of macromolecular complexes within cellular environments is aggravated by the presence of many molecular species and molecular crowding. We developed a template-free image processing procedure for accurate tracing of complex networks of densities in cryo-electron tomograms, a comprehensive and automated detection of heterogeneous membrane-bound complexes and an unsupervised classification (PySeg). Applications to intact cells and isolated endoplasmic reticulum (ER) allowed us to detect and classify small protein complexes. This classification provided sufficiently homogeneous particle sets and initial references to allow subsequent de novo subtomogram averaging. Spatial distribution analysis showed that ER complexes have different localization patterns forming nanodomains. Therefore, this procedure allows a comprehensive detection and structural analysis of complexes in situ.
履歴
登録2018年6月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2019年10月2日-
更新2020年2月26日-
現状2020年2月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.358
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.358
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0074.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ribosome bound to fully assembled translocon complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.358 / ムービー #1: 0.358
最小 - 最大-1.5920615 - 1.9050354
平均 (標準偏差)0.006569184 (±0.13416108)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 628.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.245.245.24
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z628.800628.800628.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-1.5921.9050.007

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添付データ

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ハーフマップ: Ribosome bound to fully assembled translocon complex, 2nd half map

ファイルemd_0074_half_map_1.map
注釈Ribosome bound to fully assembled translocon complex, 2nd half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Ribosome bound to fully assembled translocon complex, 1st half map

ファイルemd_0074_half_map_2.map
注釈Ribosome bound to fully assembled translocon complex, 1st half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on cani...

全体名称: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on canine pancreatic ER vesicles
要素
  • 複合体: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on canine pancreatic ER vesicles

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超分子 #1: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on cani...

超分子名称: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on canine pancreatic ER vesicles
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 70 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot 3 seconds before plunging..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 1064
抽出トモグラム数: 55 / 使用した粒子像数: 64000
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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