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-基本情報
登録情報 | データベース: SASBDB / ID: SASDGW3 |
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試料 | DB12 from West Nile virus
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生物種 | West Nile virus (西ナイルウイルス) |
引用 | 日付: 2019 Sep 10 タイトル: Long non‐coding subgenomic flavivirus RNAs have extended 3D structures and are flexible in solution 著者: Zhang Y / Zhang Y / Liu Z / Cheng M / Ma J / Wang Y / Qin C |
登録者 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-モデル
モデル #3600 | タイプ: dummy / ソフトウェア: (DAMFILT 5.0 (r7883)) / ダミー原子の半径: 3.75 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 0.158 / P-value: 0.251306 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
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-試料
試料 | 名称: DB12 from West Nile virus / 試料濃度: 0.75-3.00 |
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バッファ | 名称: 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 5mM MgCl2 / pH: 7.5 |
要素 #1832 | 名称: WNV DB12 / タイプ: RNA / 記述: DB12 from West Nile virus / 分子量: 59.169 / 分子数: 1 / 由来: West Nile virus 配列: GGCAAAACAU CGCCCCACGC GGCCAUAACC CUGGCUAUGG UGUUAACCAG GGAGAAGGGA CUAGAGGUUA GAGGAGACCC CGCGUCAAAA AGUGCACGGC CCAACUUGGC UGAAGCUGUA AGCCAAGGGA AGGACUAGAG GUUAGAGGAG ACCCCGUGCC AAAAACACCA AAAGAAACAG CA |
-実験情報
ビーム | 設備名称: Advanced Photon Source (APS), Argonne National Laboratory 12ID-B SAXS/WAXS 地域: Lemont, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.08857 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm | ||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 名称: Pilatus 2M | ||||||||||||||||||||||||||||||
スキャン | タイトル: DB12 from West Nile virus / 測定日: 2017年1月19日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 30 / 単位: 1/A /
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距離分布関数 P(R) | ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 78 /
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結果 | カーブのタイプ: extrapolated コメント: The subtracted SAXS data series used to generate the final extrapolated to zero-concentration profile displayed in this entry are provided in the full entry zip archive. The ab initio ...コメント: The subtracted SAXS data series used to generate the final extrapolated to zero-concentration profile displayed in this entry are provided in the full entry zip archive. The ab initio dummy atom model represents the averaged spatial disposition of the RNA in solution (DAMFILT model), derived from several aligned individual models (corresponding fit).
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