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万見
- SASDFB6: The periplasmically localised protease PqqL from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFB6
試料The periplasmically localised protease PqqL from Escherichia coli
  • Zinc protease PqqL (protein), Escherichia coli (strain K12)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / proteolysis / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable zinc protease PqqL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
引用ジャーナル: PLoS Genet / 年: 2019
タイトル: Protease-associated import systems are widespread in Gram-negative bacteria.
著者: Rhys Grinter / Pok Man Leung / Lakshmi C Wijeyewickrema / Dene Littler / Simone Beckham / Robert N Pike / Daniel Walker / Chris Greening / Trevor Lithgow /
要旨: Bacteria have evolved sophisticated uptake machineries in order to obtain the nutrients required for growth. Gram-negative plant pathogens of the genus Pectobacterium obtain iron from the protein ...Bacteria have evolved sophisticated uptake machineries in order to obtain the nutrients required for growth. Gram-negative plant pathogens of the genus Pectobacterium obtain iron from the protein ferredoxin, which is produced by their plant hosts. This iron-piracy is mediated by the ferredoxin uptake system (Fus), a gene cluster encoding proteins that transport ferredoxin into the bacterial cell and process it proteolytically. In this work we show that gene clusters related to the Fus are widespread in bacterial species. Through structural and biochemical characterisation of the distantly related Fus homologues YddB and PqqL from Escherichia coli, we show that these proteins are analogous to components of the Fus from Pectobacterium. The membrane protein YddB shares common structural features with the outer membrane ferredoxin transporter FusA, including a large extracellular substrate binding site. PqqL is an active protease with an analogous periplasmic localisation and iron-dependent expression to the ferredoxin processing protease FusC. Structural analysis demonstrates that PqqL and FusC share specific features that distinguish them from other members of the M16 protease family. Taken together, these data provide evidence that protease associated import systems analogous to the Fus are widespread in Gram-negative bacteria.
登録者
  • Grinter Grinter (Monash University, Melbourne, Australia)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2983
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 3.50 A / カイ2乗値: 0.506 / P-value: 0.003869
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モデル #2985
タイプ: dummy / ソフトウェア: (5) / ダミー原子の半径: 3.50 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 0.506 / P-value: 0.003869
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モデル #2984
タイプ: atomic / 対称性: P1 / カイ2乗値: 9.541
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試料

試料名称: The periplasmically localised protease PqqL from Escherichia coli
試料濃度: 8 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Tris HCl, 150 nM NaCl, 0.02 % NaN3, 5% glycerol
pH: 7.8
要素 #1638タイプ: protein / 記述: Zinc protease PqqL / 分子量: 101.744 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P31828
配列: AALPQDEKLI TGQLDNGLRY MIYPHAHPKD QVNLWLQIHT GSLQEEDNEL GVAHFVEHMM FNGTKTWPGN KVIETFESMG LRFGRDVNAY TSYDETVYQV SLPTTQKQNL QQVMAIFSEW SNAATFEKLE VDAERGVITE EWRAHQDAKW RTSQARRPFL LANTRNLDRE ...配列:
AALPQDEKLI TGQLDNGLRY MIYPHAHPKD QVNLWLQIHT GSLQEEDNEL GVAHFVEHMM FNGTKTWPGN KVIETFESMG LRFGRDVNAY TSYDETVYQV SLPTTQKQNL QQVMAIFSEW SNAATFEKLE VDAERGVITE EWRAHQDAKW RTSQARRPFL LANTRNLDRE PIGLMDTVAT VTPAQLRQFY QRWYQPNNMT FIVVGDIDSK EALALIKDNL SKLPANKAAE NRVWPTKAEN HLRFNIINDK ENRVNGIALY YRLPMVQVND EQSFIEQAEW SMLVQLFNQR LQERIQSGEL KTISGGTARS VKIAPDYQSL FFRVNARDDN MQDAANALMA ELATIDQHGF SAEELDDVKS TRLTWLKNAV DQQAERDLRM LTSRLASSSL NNTPFLSPEE TYQLSKRLWQ QITVQSLAEK WQQLRKNQDA FWEQMVNNEV AAKKALSPAA ILALEKEYAN KKLAAYVFPG RNLSLTVDAD PQAEISSKET LAENLTSLTL SNGARVILAK SAGEEQKLQI IAVSNKGDLS FPAQQKSLIA LANKAVSGSG VGELSSSSLK RWSAENSVTM SSKVSGMNTL LSVSARTNNP EPGFQLINQR ITHSTINDNI WASLQNAQIQ ALKTLDQRPA EKFAQQMYET RYADDRTKLL QENQIAQFTA ADALAADRQL FSSPADITFV IVGNVAEDKL VALITRYLGS IKHSDSPLAA GKPLTRATDN ASVTVKEQNE PVAQVSQWKR YDSRTPVNLP TRMALDAFNV ALAKDLRVNI REQASGAYSV SSRLSVDPQA KDISHLLAFT CQPERHDELL TLANEVMVKR LAKGISEQEL NEYQQNVQRS LDIQQRSVQQ LANTIVNSLI QYDDPAAWTE QEQLLKQMTV ENVNTAVKQY LSHPVNTYTG VLLPK

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実験情報

ビーム設備名称: Australian Synchrotron SAXS/WAXS / 地域: Melbourne / 国: Australia / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.10322 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.426 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: The periplasmically localised protease PqqL from Escherichia coli
測定日: 2017年6月14日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0057 0.3188
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 523 /
MinMax
Q0.00786314 0.198693
P(R) point1 523
R0 136.9
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量113 kDa130 kDa
体積-207 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.08263 0.13678 0.0002
慣性半径, Rg 4.11 nm4.02 nm0.88

MinMax
D-13.69
Guinier point7 70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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