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万見
- SASDF65: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (Ric8a) am... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDF65
試料Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (Ric8a) amino acids 1-492
  • Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (protein), Ric8a, Bos taurus
機能・相同性
機能・相同性情報


G-protein alpha-subunit binding / protein folding chaperone / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell cortex / G protein-coupled receptor signaling pathway / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Synembryn / Guanine nucleotide exchange factor, Ric8 / Guanine nucleotide exchange factor synembryn / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural underpinnings of Ric8A function as a G-protein α-subunit chaperone and guanine-nucleotide exchange factor.
著者: Dhiraj Srivastava / Lokesh Gakhar / Nikolai O Artemyev /
要旨: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8A (Ric8A) is an essential regulator of G protein α-subunits (Gα), acting as a guanine nucleotide exchange factor and a chaperone. We report two crystal ...Resistance to inhibitors of cholinesterase 8A (Ric8A) is an essential regulator of G protein α-subunits (Gα), acting as a guanine nucleotide exchange factor and a chaperone. We report two crystal structures of Ric8A, one in the apo form and the other in complex with a tagged C-terminal fragment of Gα. These structures reveal two principal domains of Ric8A: an armadillo-fold core and a flexible C-terminal tail. Additionally, they show that the Gα C-terminus binds to a highly-conserved patch on the concave surface of the Ric8A armadillo-domain, with selectivity determinants residing in the Gα sequence. Biochemical analysis shows that the Ric8A C-terminal tail is critical for its stability and function. A model of the Ric8A/Gα complex derived from crosslinking mass spectrometry and molecular dynamics simulations suggests that the Ric8A C-terminal tail helps organize the GTP-binding site of Gα. This study lays the groundwork for understanding Ric8A function at the molecular level.
登録者
  • Dhiraj Srivastava (University of Iowa, Iowa, USA)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3128
タイプ: atomic / コメント: One state model / カイ2乗値: 1.50747614912
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モデル #3129
タイプ: atomic
コメント: Fractional contribution in X-ray scattering: 59%
カイ2乗値: 1.19852188057
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モデル #3130
タイプ: atomic
コメント: Fractional contribution in X-ray scattering: 29%
カイ2乗値: 1.19852188057
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モデル #3131
タイプ: atomic
コメント: Fractional contribution in X-ray scattering: 12%
カイ2乗値: 1.19852188057
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試料

試料名称: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (Ric8a) amino acids 1-492
試料濃度: 10 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Tris, 150 mM KCl, 5 % glycerol, 1 mM TCEP / pH: 8
要素 #1575名称: Ric8a / タイプ: protein
記述: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A
分子量: 55.643 / 分子数: 1 / 由来: Bos taurus / 参照: UniProt: Q5E9J8
配列: GHMADPRAVA DALETGEEDV VMEALRAYNR ENSQSFTFDD AQQEDRKRLA KLLVSVLEQG LPPSRRVIWL QSIRILSRDR SCLDSFTSRR SLQALACYAG ISASQGSVPE PLNMDVVLES LKCLCNLVLS SPVAQALAAE AGLVVRLAER VGLCRQSSFP HDVQFFDLRL ...配列:
GHMADPRAVA DALETGEEDV VMEALRAYNR ENSQSFTFDD AQQEDRKRLA KLLVSVLEQG LPPSRRVIWL QSIRILSRDR SCLDSFTSRR SLQALACYAG ISASQGSVPE PLNMDVVLES LKCLCNLVLS SPVAQALAAE AGLVVRLAER VGLCRQSSFP HDVQFFDLRL LFLLTALRTD VRQQLFQELQ GVRLLTRALE LTLGMTEGER HPELLPPQET ERAMEILKVL FNITFDSIKR EVDEEDAALY RHLGTLLRHC VMLAAAGDRT EELHGHAVNL LGNLPVKCLD VLLTLEPHEG SLEFLGVNMD VIRVLLSFME KRLHQTHRLK ESVAPVLSVL TECARMHRPA RKFLKAQVLP PLRDVRTRPE VGELLRNKLV RLMTHLDTDV KRVAAEFLFV LCSESVPRFI KYTGYGNAAG LLAARGLMAG GRPEGQYSED EDTDTDEYKE AKASINPVTG RVEEKPPNPM EGMTEEQKEH EAMKLVNMFD KLSRH

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Photon Source (APS), Argonne National Laboratory BioCAT 18ID
地域: Lemont, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1033 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.5 mm
検出器名称: Pilatus3 X 1M / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (Ric8a) amino acids 1-492
測定日: 2018年10月27日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 0.5 sec. / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0054 0.3813
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 750 /
MinMax
Q0.0126276 0.237683
P(R) point1 750
R0 127
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量64.6 kDa55 kDa
体積-88 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.002138 0.00212099 2.0E-6
慣性半径, Rg 3.5 nm3.37 nm0.1

MinMax
D-12.7
Guinier point25 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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