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万見
- SASDEC9: Flagellar brake protein YcgR in complex with c-di-GMP from Escher... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEC9
試料Flagellar brake protein YcgR in complex with c-di-GMP from Escherichia coli
  • Flagellar brake protein YcgR in complex with c-di-GMP (protein), YcgR-c-di-GMP, Escherichia coli (strain K12)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility by regulation of motor speed / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / bacterial-type flagellum basal body / cyclic-di-GMP binding / bacterial-type flagellum-dependent cell motility
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system flagellar brake protein YcgR / Flagellar regulator YcgR, PilZN domain / Type III secretion system flagellar brake protein YcgR, PilZN domain / PilZ domain / PilZ domain / FMN-binding split barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar brake protein YcgR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
登録者
  • Yanjie Hou (Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2731
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.60 A / カイ2乗値: 0.841 / P-value: 0.000320
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2733
タイプ: atomic / カイ2乗値: 1.231
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Flagellar brake protein YcgR in complex with c-di-GMP from Escherichia coli
試料濃度: 0.60-4.80
バッファ名称: 20 mM HEPES, 150mM NaCl, 10% glycerol, / pH: 7.5
要素 #1418名称: YcgR-c-di-GMP / タイプ: protein
記述: Flagellar brake protein YcgR in complex with c-di-GMP
分子量: 29.376 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P76010
配列: MSHYHEQFLK QNPLAVLGVL RDLHKAAIPL RLSWNGGQLI SKLLAITPDK LVLDFGSQAE DNIAVLKAQH ITITAETQGA KVEFTVEQLQ QSEYLQLPAF ITVPPPTLWF VQRRRYFRIS APLHPPYFCQ TKLADNSTLR FRLYDLSLGG MGALLETAKP AELQEGMRFA ...配列:
MSHYHEQFLK QNPLAVLGVL RDLHKAAIPL RLSWNGGQLI SKLLAITPDK LVLDFGSQAE DNIAVLKAQH ITITAETQGA KVEFTVEQLQ QSEYLQLPAF ITVPPPTLWF VQRRRYFRIS APLHPPYFCQ TKLADNSTLR FRLYDLSLGG MGALLETAKP AELQEGMRFA QIEVNMGQWG VFHFDAQLIS ISERKVIDGK NETITTPRLS FRFLNVSPTV ERQLQRIIFS LEREAREKAD KVRDKLAAAL EHHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: Shanghai Synchrotron Radiation Facility (SSRF) BL19U2
地域: Shanghai / 国: China / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.103 Å
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Flagellar brake protein YcgR in complex with c-di-GMP from Escherichia coli
測定日: 2016年1月4日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0128 0.4546
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 690 /
MinMax
Q0.0177877 0.357764
P(R) point1 690
R0 72.5
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量28 kDa27.6 kDa
体積-44.15 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I02780 2755.43 10.9
慣性半径, Rg 2.25 nm2.19 nm0.06

MinMax
D-7.25
Guinier point11 92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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