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万見
- SASDE37: Lysine-specific demethylase 5B, KDM5B, in HEPES buffer -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDE37
試料Lysine-specific demethylase 5B, KDM5B, in HEPES buffer
  • Lysine-specific demethylase 5B (protein), KDM5B, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of estradiol secretion / mammary duct terminal end bud growth / uterus morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / lens fiber cell differentiation / histone H3K4 demethylase activity / cellular response to fibroblast growth factor stimulus ...regulation of estradiol secretion / mammary duct terminal end bud growth / uterus morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / lens fiber cell differentiation / histone H3K4 demethylase activity / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / histone demethylase activity / single fertilization / response to fungicide / post-embryonic development / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / cellular response to leukemia inhibitory factor / HDMs demethylate histones / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / rhythmic process / histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase-like domain / : / PLU-1-like protein / Lysine-specific demethylase 5, C-terminal helical domain / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID DNA-binding domain ...: / : / : / Lysine-specific demethylase-like domain / : / PLU-1-like protein / Lysine-specific demethylase 5, C-terminal helical domain / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysine-specific demethylase 5B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Molecular architecture of the Jumonji C family histone demethylase KDM5B.
著者: Jerzy Dorosz / Line Hyltoft Kristensen / Nanda G Aduri / Osman Mirza / Rikke Lousen / Saskia Bucciarelli / Ved Mehta / Selene Sellés-Baiget / Sara Marie Øie Solbak / Anders Bach / Pablo ...著者: Jerzy Dorosz / Line Hyltoft Kristensen / Nanda G Aduri / Osman Mirza / Rikke Lousen / Saskia Bucciarelli / Ved Mehta / Selene Sellés-Baiget / Sara Marie Øie Solbak / Anders Bach / Pablo Mesa / Pablo Alcon Hernandez / Guillermo Montoya / Tam T T N Nguyen / Kasper D Rand / Thomas Boesen / Michael Gajhede /
要旨: The full length human histone 3 lysine 4 demethylase KDM5B (PLU-1/Jarid1B) has been studied using Hydrogen/Deuterium exchange mass spectrometry, homology modelling, sequence analysis, small angle X- ...The full length human histone 3 lysine 4 demethylase KDM5B (PLU-1/Jarid1B) has been studied using Hydrogen/Deuterium exchange mass spectrometry, homology modelling, sequence analysis, small angle X-ray scattering and electron microscopy. This first structure on an intact multi-domain Jumonji histone demethylase reveal that the so-called PLU region, in the central region of KDM5B, has a curved α-helical three-dimensional structure, that acts as a rigid linker between the catalytic core and a region comprising four α-helices, a loop comprising the PHD2 domain, two large intrinsically disordered loops and the PHD3 domain in close proximity. The dumbbell shaped and curved KDM5B architecture observed by electron microscopy is complementary to the nucleosome surface and has a striking overall similarity to that of the functionally related KDM1A/CoREST complex. This could suggest that there are similarities between the demethylation mechanisms employed by the two histone 3 lysine 4 demethylases at the molecular level.
登録者
  • Saskia Bucciarelli (University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2573
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 4.75 A / 対称性: P1 / コメント: Averaged Spatial Repersentation / カイ2乗値: 2.098 / P-value: 0.736543
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2592
タイプ: dummy / ソフトウェア: (r9988) / ダミー原子の半径: 2.40 A / 対称性: P1 / コメント: Individual model / カイ2乗値: 2.098 / P-value: 0.736543
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Lysine-specific demethylase 5B, KDM5B, in HEPES buffer
試料濃度: 0.75-1.80
バッファ名称: 50 mM HEPES, 300 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol, 1mM DTT
pH: 7.7
要素 #1355名称: KDM5B / タイプ: protein / 記述: Lysine-specific demethylase 5B / 分子量: 175.81 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9UGL1
配列: MEAATTLHPG PRPALPLGGP GPLGEFLPPP ECPVFEPSWE EFADPFAFIH KIRPIAEQTG ICKVRPPPDW QPPFACDVDK LHFTPRIQRL NELEAQTRVK LNFLDQIAKY WELQGSTLKI PHVERKILDL FQLNKLVAEE GGFAVVCKDR KWTKIATKMG FAPGKAVGSH ...配列:
MEAATTLHPG PRPALPLGGP GPLGEFLPPP ECPVFEPSWE EFADPFAFIH KIRPIAEQTG ICKVRPPPDW QPPFACDVDK LHFTPRIQRL NELEAQTRVK LNFLDQIAKY WELQGSTLKI PHVERKILDL FQLNKLVAEE GGFAVVCKDR KWTKIATKMG FAPGKAVGSH IRGHYERILN PYNLFLSGDS LRCLQKPNLT TDTKDKEYKP HDIPQRQSVQ PSETCPPARR AKRMRAEAMN IKIEPEETTE ARTHNLRRRM GCPTPKCENE KEMKSSIKQE PIERKDYIVE NEKEKPKSRS KKATNAVDLY VCLLCGSGND EDRLLLCDGC DDSYHTFCLI PPLHDVPKGD WRCPKCLAQE CSKPQEAFGF EQAARDYTLR TFGEMADAFK SDYFNMPVHM VPTELVEKEF WRLVSTIEED VTVEYGADIA SKEFGSGFPV RDGKIKLSPE EEEYLDSGWN LNNMPVMEQS VLAHITADIC GMKLPWLYVG MCFSSFCWHI EDHWSYSINY LHWGEPKTWY GVPGYAAEQL ENVMKKLAPE LFVSQPDLLH QLVTIMNPNT LMTHEVPVYR TNQCAGEFVI TFPRAYHSGF NQGFNFAEAV NFCTVDWLPL GRQCVEHYRL LHRYCVFSHD EMICKMASKA DVLDVVVAST VQKDMAIMIE DEKALRETVR KLGVIDSERM DFELLPDDER QCVKCKTTCF MSAISCSCKP GLLVCLHHVK ELCSCPPYKY KLRYRYTLDD LYPMMNALKL RAESYNEWAL NVNEALEAKI NKKKSLVSFK ALIEESEMKK FPDNDLLRHL RLVTQDAEKC ASVAQQLLNG KRQTRYRSGG GKSQNQLTVN ELRQFVTQLY ALPCVLSQTP LLKDLLNRVE DFQQHSQKLL SEETPSAAEL QDLLDVSFEF DVELPQLAEM RIRLEQARWL EEVQQACLDP SSLTLDDMRR LIDLGVGLAP YSAVEKAMAR GPLQELLTVS EHWDDKAKSL LKARPRHSLN SLATAVKEIE EIPAYLPNGA ALKDSVQRAR DWLQDVEGLQ AGGRVPVLDT LIELVTRGRS IPVHLNSLPR LETLVAEVQA WKECAVNTFL TENSPYSLLE VLCPRCDIGL LGLKRKQRKL KEPLPNGKKK STKLESLSDL ERALTESKET ASAMATLGEA RLREMEALQS LRLANEGKLL SPLQDVDIKI CLCQKAPAAP MIQCELCRDA FHTSCVAVPS ISQGLRIWLC PHCRRSEKPP LEKILPLLAS LQRIRVRLPE GDALRYMIER TVNWQHRAQQ LLSSGNLKFV QDRVGSGLLY SRWQASAGQV SDTNKVSQPP GTTSFSLPDD WDNRTSYLHS PFSTGRSCIP LHGVSPEVNE LLMEAQLLQV SLPEIQELYQ TLLAKPSPAQ QTDRSSPVRP SSEKNDCCRG KRDGINSLER KLKRRLEREG LSSERWERVK KMRTPKKKKI KLSHPKDMNN FKLERERSYE LVRSAETHSL PSDTSYSEQE DSEDEDAICP AVSCLQPEGD EVDWVQCDGS CNQWFHQVCV GVSPEMAEKE DYICVRCTVK DAPSRK

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実験情報

ビーム設備名称: University of Copenhagen, Department of Drug Design and Pharmacology Xenocs / BioXolver L with GeniX3D
地域: Copenhagen / 国: Denmark / 線源: X-ray in house / 波長: 0.154 Å
検出器名称: Pilatus3 R 300K / タイプ: pixel counting / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Lysine-specific demethylase 5B, KDM5B, in HEPES buffer
測定日: 2018年10月24日 / 保管温度: 7 °C / セル温度: 7 °C / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0056 0.4829
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 167 /
MinMax
Q0.00558563 0.19892
P(R) point1 167
R0 269
結果
カーブのタイプ: other
コメント: KDM5B at concentrations of 0.75, 1, 1.5 and 1.8 mg/ml were measured with two different sample-detector distances (d1 = 571 mm, d2 = 1382 mm) using a sample volume of 7 µl per ...コメント: KDM5B at concentrations of 0.75, 1, 1.5 and 1.8 mg/ml were measured with two different sample-detector distances (d1 = 571 mm, d2 = 1382 mm) using a sample volume of 7 µl per concentration. After background correction, the scattering curves were brought to absolute scale using water as a secondary standard and subsequently normalized by concentration. As no concentration-dependence was observed, all four curves were then averaged to produce the current data set. Measurement times were: 0.75 mg/ml: d1: 90 min, d2: 120 min; 1 mg/ml: d1: 60 min, d2: 120 min; 1.5 mg/ml: d1: 60 min, d2: 100 min; 1.8 mg/ml: d1: 30 min, d2: 40 min. The dummy atom model (top) represents the spatially aligned and volume occupancy corrected low resolution structure obtained from multiple shape reconstructions (DAMFILT model) that are available in the full entry zip archive. An individual model example (bottom) and the corresponding fit to the data are also displayed.
実験値Standard
分子量121 kDa152 kDa

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.06685 0.08391 0.0113
慣性半径, Rg 8.53 nm8.841 nm3.342

MinMax
D-26.9
Guinier point1 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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