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万見
- SASDDM7: Complex of disrupted-in-Schizophrenia 1 protein (DISC1 12D2) and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDM7
試料Complex of disrupted-in-Schizophrenia 1 protein (DISC1 12D2) and anti-DISC1 single-domain camelid antibody VHH B5
  • anti-DISC1 single-domain camelid antibody VHH B5 (protein), VHH B5
  • Disrupted- in-schizophrenia 1 (DISC1 12D2) 691-836 (protein), DISC1 12D2
機能・相同性
機能・相同性情報


pyramidal neuron migration to cerebral cortex / mitochondrial calcium ion homeostasis / central region of growth cone / cell proliferation in forebrain / regulation of dendritic spine development / regulation of synapse maturation / dynein complex / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / non-motile cilium assembly / protein localization to centrosome ...pyramidal neuron migration to cerebral cortex / mitochondrial calcium ion homeostasis / central region of growth cone / cell proliferation in forebrain / regulation of dendritic spine development / regulation of synapse maturation / dynein complex / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / non-motile cilium assembly / protein localization to centrosome / intermediate filament cytoskeleton / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of postsynapse organization / ciliary base / kinesin complex / positive regulation of neuroblast proliferation / kinesin binding / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of Wnt signaling pathway / cilium assembly / TOR signaling / GABA-ergic synapse / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of axon extension / response to electrical stimulus / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ciliary basal body / negative regulation of protein binding / neuron migration / positive regulation of neuron projection development / microtubule cytoskeleton organization / neuron cellular homeostasis / synaptic vesicle / presynapse / cell body / ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule / molecular adaptor activity / postsynaptic density / centrosome / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Disrupted in schizophrenia 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Disrupted in schizophrenia 1 protein
類似検索 - 構成要素
引用日付: 2018 Jan 11
タイトル: Biophysical insights from a single chain camelid antibody directed against the Disrupted-in-Schizophrenia 1 protein
著者: Yerabham A / Müller-Schiffmann A / Ziehm T / Stadler A / Köber S / Indurkhya X / Marreiros R / Trossbach S / Bradshaw N / Prikulis I / Willbold D / Weiergräber O
登録者
  • Andreas Stadler (Forschungszentrum Jülich)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2019
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.8.3) / ダミー原子の半径: 2.20 A / カイ2乗値: 0.652 / P-value: 0.000475
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モデル #2020
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.8.3) / ダミー原子の半径: 2.75 A / カイ2乗値: 0.652 / P-value: 0.000475
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Complex of disrupted-in-Schizophrenia 1 protein (DISC1 12D2) and anti-DISC1 single-domain camelid antibody VHH B5
試料濃度: 2.35 mg/ml / Entity id: 1073 / 1077
バッファ名称: 25 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 1mM DTT / pH: 7.4
要素 #1073名称: VHH B5 / タイプ: protein / 記述: anti-DISC1 single-domain camelid antibody VHH B5 / 分子量: 13.924 / 分子数: 1
配列:
MAQVKLEESG GGLVQAGGSL RLSCAASGTL FSISVMGWYR QAPGMQRELV GSITDGGSTI YGDSVKGRFA ISKDNAKRTI YLQMNSLKPE DTAVYYCNYR RLTSNYWGQG TQVTVSSAAA LEHHHHHH
要素 #1077名称: DISC1 12D2 / タイプ: protein / 記述: Disrupted- in-schizophrenia 1 (DISC1 12D2) 691-836 / 分子量: 19.426 / 分子数: 1 / 参照: UniProt: Q9NRI5
配列:
MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGWEADLEAC RLLIQSLQLQ EARGSLSVED ERQMDDLEGA APPIPPRLHS EDKRKTPLKV LEEWKTHLIP SLHCAGGEQK EESYILSAEL GEKCEDIGKK LLYLEDQLHT AIHSHDEDLI QSLRRELQMV KETLQAMILQ LQPAKEAGSG

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Complex of disrupted-in-Schizophrenia 1 protein (DISC1 12D2) and anti-DISC1 single-domain camelid antibody VHH B5
測定日: 2016年2月19日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.08 4.9448
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 516 /
MinMax
Q0.211998 2.63966
P(R) point1 516
R0 10.35
結果
カーブのタイプ: single_conc
実験値StandardPorod
分子量36.2 kDa36.2 kDa45.2 kDa
体積--76.8 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I068.35 68.06 0.08
慣性半径, Rg 3.146 nm3.07 nm0.02

MinMax
D-10.35
Guinier point29 73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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