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万見
- PDB-5uf5: Structure of the effector protein SidK (lpg0968) from Legionella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uf5
タイトルStructure of the effector protein SidK (lpg0968) from Legionella pneumophila (domain-swapped dimer)
要素effector protein SidK
キーワードPROTEIN BINDING / translocated effector / V-ATPase binding / all-alpha-helical
機能・相同性: / Type IV secretion protein Dot
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Beyrakhova, K. / Xu, C. / Boniecki, M.T. / Cygler, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-48370 カナダ
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2017
タイトル: Molecular basis for the binding and modulation of V-ATPase by a bacterial effector protein.
著者: Jianhua Zhao / Ksenia Beyrakhova / Yao Liu / Claudia P Alvarez / Stephanie A Bueler / Li Xu / Caishuang Xu / Michal T Boniecki / Voula Kanelis / Zhao-Qing Luo / Miroslaw Cygler / John L Rubinstein /
要旨: Intracellular pathogenic bacteria evade the immune response by replicating within host cells. Legionella pneumophila, the causative agent of Legionnaires' Disease, makes use of numerous effector ...Intracellular pathogenic bacteria evade the immune response by replicating within host cells. Legionella pneumophila, the causative agent of Legionnaires' Disease, makes use of numerous effector proteins to construct a niche supportive of its replication within phagocytic cells. The L. pneumophila effector SidK was identified in a screen for proteins that reduce the activity of the proton pumping vacuolar-type ATPases (V-ATPases) when expressed in the yeast Saccharomyces cerevisae. SidK is secreted by L. pneumophila in the early stages of infection and by binding to and inhibiting the V-ATPase, SidK reduces phagosomal acidification and promotes survival of the bacterium inside macrophages. We determined crystal structures of the N-terminal region of SidK at 2.3 Å resolution and used single particle electron cryomicroscopy (cryo-EM) to determine structures of V-ATPase:SidK complexes at ~6.8 Å resolution. SidK is a flexible and elongated protein composed of an α-helical region that interacts with subunit A of the V-ATPase and a second region of unknown function that is flexibly-tethered to the first. SidK binds V-ATPase strongly by interacting via two α-helical bundles at its N terminus with subunit A. In vitro activity assays show that SidK does not inhibit the V-ATPase completely, but reduces its activity by ~40%, consistent with the partial V-ATPase deficiency phenotype its expression causes in yeast. The cryo-EM analysis shows that SidK reduces the flexibility of the A-subunit that is in the 'open' conformation. Fluorescence experiments indicate that SidK binding decreases the affinity of V-ATPase for a fluorescent analogue of ATP. Together, these results reveal the structural basis for the fine-tuning of V-ATPase activity by SidK.
履歴
登録2017年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: effector protein SidK
B: effector protein SidK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3663
ポリマ－61,2742
非ポリマー921
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area24690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.080, 41.140, 94.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 effector protein SidK


分子量: 30637.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: lpg_0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UUS6, UniProt: Q5ZWW6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% (w/v) polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.34 Å / Num. obs: 23542 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / CC1/2: 0.7 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→45.336 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 1178 5.01 %
Rwork0.1954 --
obs0.1972 23532 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.336 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3939 0 6 87 4032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024019
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4545452
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0692469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035626
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003708
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.50920.33141450.26852743X-RAY DIFFRACTION100
2.5092-2.64150.32091450.24172756X-RAY DIFFRACTION100
2.6415-2.80690.27661460.23172775X-RAY DIFFRACTION100
2.8069-3.02360.27181460.21952769X-RAY DIFFRACTION100
3.0236-3.32780.28611460.21842788X-RAY DIFFRACTION100
3.3278-3.80920.19891480.18852800X-RAY DIFFRACTION100
3.8092-4.79830.19371480.16212814X-RAY DIFFRACTION100
4.7983-45.3440.19931540.18152909X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7878-3.01280.01893.1031-1.10223.22330.20590.34430.2056-0.2686-0.1809-0.0846-0.0216-0.0136-0.03930.3327-0.03840.02050.3249-0.02880.291132.0136-22.28977.6775
23.4346-2.42011.10364.7726-0.79493.7155-0.05170.01830.5186-0.204-0.09490.0705-0.6128-0.81130.08730.43760.0957-0.02950.4407-0.07130.44067.2697-3.901520.7917
31.80750.619-1.68464.0993.05484.96460.2675-0.07810.5325-1.7590.04681.5179-1.4714-1.2982-0.30651.07440.456-0.38211.12-0.34251.0948-8.75055.010712.5744
42.6907-0.92981.53161.1475-0.68362.6846-0.0002-0.06190.02680.118-0.06650.0239-0.01190.01910.07210.4004-0.03620.0690.2697-0.0080.327929.6809-20.93440.4775
54.3844-1.62521.45012.7144-0.2452.7978-0.01230.0091-0.06360.3880.2736-0.64280.13840.5714-0.18270.39720.0954-0.0420.4989-0.10710.462155.9721-36.859628.4589
66.33811.537-0.70034.7281.24730.54320.961-0.1022-1.1631.1814-0.2174-0.56251.34971.0011-0.74821.0030.2215-0.47950.7252-0.23571.149569.1887-50.195736.9035
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 122)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 123 through 256 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 257 through 273 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 16 through 122 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 123 through 256 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 257 through 273 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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