SASDDD8: class II apurinic/apyrimidinic-endonuclease/3'-5' exonuclease III

基本情報

• 登録情報: データベース: SASBDB / ID: SASDDD8

試料

class II apurinic/apyrimidinic-endonuclease/3'-5' exonuclease III

• Probable exodeoxyribonuclease III protein XthA (protein), Mycobacterium tuberculosis

機能・相同性

分子機能:

: / exodeoxyribonuclease III / endonuclease activity / DNA repair / DNA binding

ドメイン・相同性:

Exodeoxyribonuclease III-like / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily

構成要素:

Probable exodeoxyribonuclease III protein XthA

• 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

登録者

• Ravishankar Ramachandran (CSIR-Central Drug Research Institute)

モデル

• モデル #2079: ; タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.00 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.361; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

試料

• 試料: 名称: class II apurinic/apyrimidinic-endonuclease/3'-5' exonuclease III; 試料濃度: 5.3 mg/ml
• バッファ: 名称: 50 mM Tris-HCl 500 mM NaCl 5mM β-mercaptoethanol / pH: 8

要素 #1089

タイプ: protein / 記述: Probable exodeoxyribonuclease III protein XthA / 分子量: 32.108 / 分子数: 1 / 由来: Mycobacterium tuberculosis / 参照: UniProt: A0A0T9L251
配列:

MPDGTIDGGH PQRPASPRLR SPLLRLATWN VNSIRTRLDR VLDWLGRADV DVLAMQETKC PDGQFPALPL FELGYDVAHV GFDQWNGVAI ASRVGLDDVR VGFDGQPSWS GKPEVAATTE ARALGATCGG IRVWSLYVPN GRALDDPHYT YKLDWLAALR DTAEGWLRDD PAAPIALMGD WNIAPTDDDV WSTEFFAGCT HVSEPERKAF NAIVDAQFTD VVRPFTPGPG VYTYWDYTQL RFPKKQGMRI DFILGSPALA ARVMDAQIVR EERKGKAPSD HAPVLVDLHA G

実験情報

• ビーム: 設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.082 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.1 mm
• 検出器: 名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm

スキャン

タイトル: class II apurinic/apyrimidinic-endonuclease/3'-5' exonuclease III
測定日: 2017年5月12日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /

	Min	Max
Q	0.0308	4.9444

距離分布関数 P(R)

ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 840 /

	Min	Max
Q	0.111457	4.09072
P(R) point	1	840
R	0	7.31

結果

カーブのタイプ: single_conc
コメント: CAUTION! The SAXS data at very-low angles (s < 0.21 nm-1) have error estimates and intensities that are unrealistic for a single-concentration SAXS profile and are inconsistent with the remaining dataset.

	実験値	Porod
分子量	35.65 kDa	-
体積	-	56.2 nm3

	P(R)	Guinier	Guinier error
前方散乱 I0	13.54	13.63	0.013
慣性半径, Rg	2.353 nm	2.37 nm	0.012

	Min	Max
D	-	7.31
Guinier point	22	110