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万見
- SASDD86: Full-length human NHLRC2 ( NHL repeat-containing protein 2 ) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDD86
試料Full-length human NHLRC2 ( NHL repeat-containing protein 2 )
  • NHL repeat-containing protein 2 (protein), NHLRC2, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet alpha granule lumen / Platelet degranulation / extracellular region / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
NHL2, NHL repeat domain / Thioredoxin-like / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / Thioredoxin-like fold / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NHL repeat-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用日付: 2018 Aug 23
タイトル: Structural analysis of human NHLRC2, mutations of which are associated with FINCA disease
著者: Biterova E / Ignatyev A / Uusimaa J / Hinttala R
登録者
  • Alexander Ignatyev (University of Oulu)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1960
タイプ: dummy / ソフトウェア: (DAMFILT5.0) / ダミー原子の半径: 3.75 A / 対称性: P1 / コメント: 12 models were averaged and filtered / カイ2乗値: 0.159 / P-value: 0.108890
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Full-length human NHLRC2 ( NHL repeat-containing protein 2 )
試料濃度: 5 mg/ml
バッファ名称: 20 mM BisTris, 100 mM NaCl, 2 mM DTT / pH: 6.5
要素 #1051名称: NHLRC2 / タイプ: protein / 記述: NHL repeat-containing protein 2 / 分子量: 80.4 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q8NBF2
配列: MHHHHHHMAA PGGRGRSLSG LLPAQTSLEY ALLDAVTQQE KDSLVYQYLQ KVDGWEQDLS VPEFPEGLEW LNTEEPISVY KDLCGKIVVL DFFTYCCINC IHLLPDLHAL EHTYSDKDGL LIIGVHSAKF PNEKVLDNIK SAVLRYNITH PMVNDADASL WQELEVSCWP ...配列:
MHHHHHHMAA PGGRGRSLSG LLPAQTSLEY ALLDAVTQQE KDSLVYQYLQ KVDGWEQDLS VPEFPEGLEW LNTEEPISVY KDLCGKIVVL DFFTYCCINC IHLLPDLHAL EHTYSDKDGL LIIGVHSAKF PNEKVLDNIK SAVLRYNITH PMVNDADASL WQELEVSCWP TLVILGPRGN MLFSLIGEGH KDKLFLYTSI ALKYYKDRGQ IRDNKIGIKL YKDSLPPSPL LFPGKVTVDQ VTDRLVIADT GHHRILVVWK NGQIQYSIGG PNPGRKDGIF SESTFNSPQG VAIMNNIIYV ADTENHLIRK IDLEAEKVST VAGIGIQGTD KEGGAKGEQQ PISSPWDVVF GTSGSEVQRG DILWIAMAGT HQIWALLLDS GKLPKKNELT KGTCLRFAGS GNEENRNNAY PHKAGFAQPS GLSLASEDPW SCLFVADSES STVRTVSLKD GAVKHLVGGE RDPMNLFAFG DVDGVGINAK LQHPLGVTWD KKRNLLYVAD SYNHKIKVVD PKTKNCTTLA GTGDTNNVTS SSFTESTFNE PGGLCIGENG ELLYVADTNN HQIKVMDLET KMVSVLPIFR SENAVVDGPF LVEKQKTLPK LPKSAPSIRL SPVTACAGQT LQFKLRLDLP SGSKLTEGVS SCWFLTAEGN EWLLQGQIAA GDIENISSQP TISLQIPDDC LSLEAIVSVS VFLYYCSADS SACMMKAILF SQPLQITDTQ QGCIAPVELR YVF

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実験情報

ビーム設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Oxfordshire / 国: UK / 形状: 1 x 5 mm / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 4 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Full-length human NHLRC2 ( NHL repeat-containing protein 2 )
測定日: 2017年7月8日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 3 sec. / フレーム数: 60 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0039 0.39
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 954 /
MinMax
Q0.00684733 0.222909
P(R) point1 954
R0 146.9
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量71.2 kDa71.2 kDa
体積-121 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.3031 0.0011 0.3008 0.0004
慣性半径, Rg 3.76 nm0.027 3.59 nm0.1

MinMax
D-14.69
Guinier point14 143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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