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- PDB-6vjf: The P-Loop K to A mutation of C. therm Vps1 GTPase-BSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vjf
タイトルThe P-Loop K to A mutation of C. therm Vps1 GTPase-BSE
要素Putative sorting protein Vps1
キーワードHYDROLASE / GTPase / Dynamin / Dynamin Superfamily / BSE / GED / GCP / P-Loop
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome fission / mitochondrial fission / intracellular distribution of mitochondria / endocytosis / peroxisome / microtubule binding / microtubule / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin ...Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Putative sorting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.472 Å
データ登録者Tornabene, B.A. / Varlakhanova, N.V. / Chappie, J.S. / Ford, M.G.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120102 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural and functional characterization of the dominant negative P-loop lysine mutation in the dynamin superfamily protein Vps1.
著者: Tornabene, B.A. / Varlakhanova, N.V. / Hosford, C.J. / Chappie, J.S. / Ford, M.G.J.
履歴
登録2020年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative sorting protein Vps1
B: Putative sorting protein Vps1
C: Putative sorting protein Vps1
D: Putative sorting protein Vps1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,95812
ポリマ－171,7764
非ポリマー2,1828
水95553
1
A: Putative sorting protein Vps1
B: Putative sorting protein Vps1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9796
ポリマ－85,8882
非ポリマー1,0914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area33970 Å2
手法PISA
2
C: Putative sorting protein Vps1
D: Putative sorting protein Vps1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9796
ポリマ－85,8882
非ポリマー1,0914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area33620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.873, 119.032, 84.576
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Putative sorting protein Vps1


分子量: 42943.973 Da / 分子数: 4 / 変異: K58A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0061810 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: G0SFF0
#2: 化合物
ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 91 mM HEPES pH 8.1 16.7 % PEG 3,350 182 mM Sodium Acetate 3% PROPAN-2-OL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.91299 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 1998年11月14日
詳細: SI 111. ROSENBAUM-ROCK DOUBLE -CRYSTAL MONOCHROMATOR: LIQUID NITROGEN COOLED; SAGITALLY FOCUSING 2ND CRYSTAL, ROSENBAUM-ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91299 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→80.38 Å / Num. obs: 56551 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 55.734 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.47→2.54 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 4608 / CC1/2: 0.954 / Rpim(I) all: 0.157 / Rrim(I) all: 0.445 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
iMOSFLMdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DEF

6def


解像度: 2.472→80.38 Å / SU ML: 0.202 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.561 / ESU R Free: 0.276
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 2807 5 %RANDOM
Rwork0.1885 ---
obs0.19093 53716 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.472→80.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11199 0 132 53 11384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015811491
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.965615593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10091821
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00982090
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.28644498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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