+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ku5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Notothenia coriiceps TRAF5 | ||||||
Components | TRAF5 | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / TRAF / Tumor Necrosis Factor Receptor Association Factor / Notothenia coriiceps TRAF5 | ||||||
Function / homology | Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Notothenia coriiceps (black rockcod) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.299 Å | ||||||
Authors | Park, H.H. / Kim, C.M. | ||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Fish Shellfish Immunol. / Year: 2020 Title: Structural and biochemical characterization of TRAF5 from Notothenia coriiceps and its implications in fish immune cell signaling. Authors: Kim, C.M. / Jang, H. / Ha, H.J. / Kim, G.E. / Park, H.H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ku5.cif.gz | 90.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6ku5.ent.gz | 66.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ku5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/6ku5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/6ku5 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 23066.246 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Notothenia coriiceps (black rockcod) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.44 Å3/Da / Density % sol: 64.26 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 20%(w/v) PEG-6000, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.2M Sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 125 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: May 18, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.299→42.81 Å / Num. obs: 9935 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 18.5 % / Rsym value: 0.201 / Net I/σ(I): 19.16 |
Reflection shell | Resolution: 3.299→7.39 Å / Num. unique obs: 639 / Rsym value: 1.704 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.299→42.804 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / WRfactor Rfree: 0.258 / WRfactor Rwork: 0.225 / SU B: 28.523 / SU ML: 0.47 / Average fsc free: 0.865 / Average fsc work: 0.892 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.572 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 80.209 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.299→42.804 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|