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万見
- SASDCT5: SAXS on intact Doryteuthis squid lens 40% layer (S-crystallin, Q2... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCT5
試料SAXS on intact Doryteuthis squid lens 40% layer
  • S-crystallin, Q25367_DOROP (protein), S-crystallin, Q25367, Doryteuthis pealeii
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能
S-crystallin / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Doryteuthis pealeii (無脊椎動物)
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Eye patches: Protein assembly of index-gradient squid lenses.
著者: J Cai / J P Townsend / T C Dodson / P A Heiney / A M Sweeney /
要旨: A parabolic relationship between lens radius and refractive index allows spherical lenses to avoid spherical aberration. We show that in squid, patchy colloidal physics resulted from an evolutionary ...A parabolic relationship between lens radius and refractive index allows spherical lenses to avoid spherical aberration. We show that in squid, patchy colloidal physics resulted from an evolutionary radiation of globular S-crystallin proteins. Small-angle x-ray scattering experiments on lens tissue show colloidal gels of S-crystallins at all radial positions. Sparse lens materials form via low-valence linkages between disordered loops protruding from the protein surface. The loops are polydisperse and bind via a set of hydrogen bonds between disordered side chains. Peripheral lens regions with low particle valence form stable, volume-spanning gels at low density, whereas central regions with higher average valence gel at higher densities. The proteins demonstrate an evolved set of linkers for self-assembly of nanoparticles into volumetric materials.
登録者
  • Jing Cai (Penn, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA, United States)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1364
タイプ: dummy / ソフトウェア: (1.1.2) / ダミー原子の半径: 4.20 A / 対称性: None / コメント: An invert method has been applied. / カイ2乗値: 2.765569
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: SAXS on intact Doryteuthis squid lens 40% layer
バッファ名称: Tissue fluid / pH: 7
要素 #672名称: S-crystallin, Q25367 / タイプ: protein / 記述: S-crystallin, Q25367_DOROP / 分子量: 27.289 / 分子数: 2 / 由来: Doryteuthis pealeii / 参照: UniProt: Q25367_DOR
配列: MPTYTLYYFN GRGRAEVLRM MFAAANVKYM DKRFEFNEWD KYRKDMPSMC VPVLEMDGGN KMPETMAIPR YLAREFGFYG KSNMDMMRCD YIADCFYEIM HDYMRYFHEK NGRFRSSMEG SGNGMNSPTG ASGDMNSNSN FDTYLQWRFM NTCNRVLPFL ERTLEMQNGG ...配列:
MPTYTLYYFN GRGRAEVLRM MFAAANVKYM DKRFEFNEWD KYRKDMPSMC VPVLEMDGGN KMPETMAIPR YLAREFGFYG KSNMDMMRCD YIADCFYEIM HDYMRYFHEK NGRFRSSMEG SGNGMNSPTG ASGDMNSNSN FDTYLQWRFM NTCNRVLPFL ERTLEMQNGG KAFFMGDQMM WCDMMCHCAL EGPFMENQSM LSKHPKLMAL RTRIASHPKI SGYLKSRSNT NW

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実験情報

ビーム設備名称: National Synchrotron Light Source (NSLS) X9A / 地域: Brookhaven, NY / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å
検出器名称: Pilatus 300K / タイプ: 20Hz
スキャン
タイトル: SAXS on intact Doryteuthis squid lens 40% layer
測定日: 2014年7月17日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 300 sec. / フレーム数: 1 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.004 1
結果Experimental MW: 50 kDa / I0 from PR: 180 / Rg from PR: 2.4 nm / カーブのタイプ: single_conc
コメント: The space-filling model ultimately represents the spatial density fluctuation of the material, not the presence of material. Since we measured a nearly water-free density of material ...コメント: The space-filling model ultimately represents the spatial density fluctuation of the material, not the presence of material. Since we measured a nearly water-free density of material at the core of the lens, we show the void density of the model prediction here.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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