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万見
- SASDCH7: N-terminal domain of DsbD from N. meningitidis (N-terminus of dis... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCH7
試料N-terminal domain of DsbD from N. meningitidis
  • N-terminus of disulfide interchange protein DsbD (protein), n-DsbD, Neisseria meningitidis
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / cytochrome complex assembly / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain superfamily / Thiol:disulphide interchange protein DsbD / DsbD gamma / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal / Cytochrome C biogenesis protein, transmembrane domain / Cytochrome C biogenesis protein transmembrane region / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiol:disulfide interchange protein DsbD
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
引用日付: 2018 Jan 1
タイトル: Production, biophysical characterization and initial crystallization studies of the N- and C-terminal domains of DsbD, an essential enzyme in Neisseria meningitidis
著者: Smith R / Whitten A / Paxman J / Kahler C / Scanlon M
登録者
  • Andrew Whitten (ANSTO, Australian Nuclear Science and Technology Organisation, Kirrawee DC, NSW 2232, Australia)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1528
タイプ: dummy / ソフトウェア: (5.3) / ダミー原子の半径: 1.50 A / カイ2乗値: 1.899
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: N-terminal domain of DsbD from N. meningitidis / 試料濃度: 0.40-5.90
バッファ名称: 25mM HEPES 150mM NaCl / pH: 6.7
要素 #792名称: n-DsbD / タイプ: protein / 記述: N-terminus of disulfide interchange protein DsbD / 分子量: 13.911 / 分子数: 1 / 由来: Neisseria meningitidis / 参照: UniProt: Q9JTL9
配列:
SNANDLLPPE KAFVPELAVA DDGVNVRFRI ADGYYMYQAK IVGKTDPADL LGQPSFSKGE EKEDEFFGRQ TVYHHEAQVA FPYAKAVGEP YKLVLTYQGC AEVGVCYPPV DTEFDISGNG TYHPQT

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実験情報

ビーム設備名称: Australian Synchrotron SAXS/WAXS / 地域: Melbourne / 国: Australia / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1127 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.48 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: N-terminal domain of DsbD from N. meningitidis
測定日: 2013年5月4日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 12 °C / 照射時間: 2 sec. / フレーム数: 30 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0136 0.399
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 301 /
MinMax
Q0.01101 0.399
P(R) point2 302
R0 57
結果
カーブのタイプ: single_conc
実験値StandardStandard errorPorod
分子量13.2 kDa13.2 kDa1 14.2 kDa
体積---17.3 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.007688 1.2E-5 0.00776 3.0E-5
慣性半径, Rg 1.73 nm0.1 1.76 nm0.02

MinMaxError
D-5.7 0.3
Guinier point3 37 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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