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- PDB-5y8v: Crystal structure of GAS41 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y8v
タイトルCrystal structure of GAS41
要素YEATS domain-containing protein 4
キーワードNUCLEAR PROTEIN / YEATS domain
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / nucleosome / mitotic cell cycle ...histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / nucleosome / mitotic cell cycle / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of apoptotic process / nuclear membrane / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
YEATS domain / YEATS / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
YEATS domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Wang, Y. / Hao, Q.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
HK-RGCC7037-14G 香港
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Identification of the YEATS domain of GAS41 as a pH-dependent reader of histone succinylation
著者: Wang, Y. / Jin, J. / Chung, M.W.H. / Feng, L. / Sun, H. / Hao, Q.
履歴
登録2017年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: YEATS domain-containing protein 4
A: YEATS domain-containing protein 4
C: YEATS domain-containing protein 4
D: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3578
ポリマ－66,2604
非ポリマー974
水1,58588
1
B: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5892
ポリマ－16,5651
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5892
ポリマ－16,5651
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5892
ポリマ－16,5651
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5892
ポリマ－16,5651
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.467, 57.212, 205.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
YEATS domain-containing protein 4 / Glioma-amplified sequence 41 / Gas41 / NuMA-binding protein 1 / NuBI1


分子量: 16565.041 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YEATS4, GAS41
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: O95619
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 1.6M MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 19176 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 9.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FK3

3fk3


解像度: 2.61→31.495 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2795 858 4.48 %
Rwork0.237 --
obs0.239 19172 92.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→31.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4451 0 4 88 4543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134578
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5016194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3152728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076655
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009782
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6101-2.77350.37011030.31482138X-RAY DIFFRACTION66
2.7735-2.98750.34281270.28853109X-RAY DIFFRACTION96
2.9875-3.28790.29721770.25763217X-RAY DIFFRACTION100
3.2879-3.7630.26181370.22753282X-RAY DIFFRACTION100
3.763-4.73840.25351520.19823281X-RAY DIFFRACTION99
4.7384-31.49750.27181620.24123287X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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