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万見
- SASDC56: YtvA (dark/inactive state) (YtvA (pfyP - Blue light photoreceptor... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDC56
試料YtvA (dark/inactive state)
  • YtvA (pfyP - Blue light photoreceptor - Bacillus subtilis (strain 168) (protein), YtvA, Escherichia coli
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity
類似検索 - 分子機能
: / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) ...: / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Blue-light photoreceptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2010
タイトル: The switch that does not flip: the blue-light receptor YtvA from Bacillus subtilis adopts an elongated dimer conformation independent of the activation state as revealed by a combined AUC and SAXS study.
著者: Marcel Jurk / Matthias Dorn / Alexey Kikhney / Dmitri Svergun / Wolfgang Gärtner / Peter Schmieder /
要旨: Photoreceptors play an important role in plants and bacteria by converting extracellular stimuli into intracellular signals. One distinct class are the blue-light-sensitive phototropins harboring a ...Photoreceptors play an important role in plants and bacteria by converting extracellular stimuli into intracellular signals. One distinct class are the blue-light-sensitive phototropins harboring a light-oxygen-voltage (LOV) domain coupled to various effector domains. Photon absorption by the chromophore within the LOV domain results in an activation of the output domain via mechanisms that are hitherto not well understood. The photoreceptor YtvA from Bacillus subtilis is a bacterial analog of phototropins, consists of an LOV and a sulfate transporter/anti-sigma factor antagonist domain, and is involved in the response of the bacterium to environmental stress. We present here analytical ultracentrifugation studies and small-angle X-ray scattering experiments, showing that YtvA is a dimer. On the basis of these results, we present a low-resolution model of the dimer in the dark and the lit state of the protein. In addition, we show that YtvA does not change its oligomerization state or its overall shape upon light activation.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1441
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 16.74
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1400
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.20 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 17.625
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1442
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.75 A / カイ2乗値: 17.625
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1401
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 47.748
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: YtvA (dark/inactive state) / 試料濃度: 1.70-11.00
バッファ名称: PBS + 5 mM DTT / pH: 7.4
コメント: 10 mM phosphate buffer; 2.7 mM KCl; 137 mM NaCl; 5 mM DTT
要素 #731名称: YtvA / タイプ: protein
記述: YtvA (pfyP - Blue light photoreceptor - Bacillus subtilis (strain 168)
分子量: 29.12 / 分子数: 2 / 由来: Escherichia coli / 参照: UniProt: O34627
配列: GASFQSFGIP GQLEVIKKAL DHVRVGVVIT DPALEDNPIV YVNQGFVQMT GYETEEILGK NCRFLQGKHT DPAEVDNIRT ALQNKEPVTV QIQNYKKDGT MFWNELNIDP MEIEDKTYFV GIQNDITKQK EYEKLLEDSL TEITALSTPI VPIRNGISAL PLVGNLTEER ...配列:
GASFQSFGIP GQLEVIKKAL DHVRVGVVIT DPALEDNPIV YVNQGFVQMT GYETEEILGK NCRFLQGKHT DPAEVDNIRT ALQNKEPVTV QIQNYKKDGT MFWNELNIDP MEIEDKTYFV GIQNDITKQK EYEKLLEDSL TEITALSTPI VPIRNGISAL PLVGNLTEER FNSIVCTLTN ILSTSKDDYL IIDLSGLAQV NEQTADQIFK LSHLLKLTGT ELIITGIKPE LAMKMNKLDA NFSSLKTYSN VKDAVKVLPI M

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
検出器名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: YtvA (dark/inactive state) / 測定日: 2009年10月24日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 30 sec. / フレーム数: 4 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0775 6.237
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 289 /
MinMax
Q0.2335 1.769
P(R) point59 347
R0 10.1
結果
カーブのタイプ: extrapolated /
実験値Porod
分子量47 kDa47 kDa
体積-75 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I069.98 71.16 -
慣性半径, Rg 3.2 nm3.2 nm0.1

MinMaxError
D-10.1 1
Guinier point14 113 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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