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万見
- SASDBE4: Plakin domain of Human desmoplakin (Plakin domain of Human Desmop... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBE4
試料Plakin domain of Human desmoplakin
  • Plakin domain of Human Desmoplakin (protein), Desmoplakin, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / protein localization to cell-cell junction / ventricular compact myocardium morphogenesis / desmosome / intermediate filament organization / epithelial cell-cell adhesion / intermediate filament cytoskeleton organization ...bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / protein localization to cell-cell junction / ventricular compact myocardium morphogenesis / desmosome / intermediate filament organization / epithelial cell-cell adhesion / intermediate filament cytoskeleton organization / Formation of the cornified envelope / peptide cross-linking / fascia adherens / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / adherens junction organization / RND1 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / intermediate filament / skin development / regulation of heart rate by cardiac conduction / ficolin-1-rich granule membrane / intercalated disc / epidermis development / keratinocyte differentiation / protein kinase C binding / adherens junction / wound healing / structural constituent of cytoskeleton / cell-cell adhesion / scaffold protein binding / basolateral plasma membrane / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Spectrin-like repeat / Desmoplakin, spectrin-like domain / Spectrin like domain / Plectin repeat / Plectin repeat / Plakin repeat superfamily / Desmoplakin, SH3 domain / SH3 domain / Plectin repeat / Plakin ...Spectrin-like repeat / Desmoplakin, spectrin-like domain / Spectrin like domain / Plectin repeat / Plectin repeat / Plakin repeat superfamily / Desmoplakin, SH3 domain / SH3 domain / Plectin repeat / Plakin / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2016
タイトル: The Structure of the Plakin Domain of Plectin Reveals an Extended Rod-like Shape.
著者: Esther Ortega / José A Manso / Rubén M Buey / Ana M Carballido / Arturo Carabias / Arnoud Sonnenberg / José M de Pereda /
要旨: Plakins are large multi-domain proteins that interconnect cytoskeletal structures. Plectin is a prototypical plakin that tethers intermediate filaments to membrane-associated complexes. Most plakins ...Plakins are large multi-domain proteins that interconnect cytoskeletal structures. Plectin is a prototypical plakin that tethers intermediate filaments to membrane-associated complexes. Most plakins contain a plakin domain formed by up to nine spectrin repeats (SR1-SR9) and an SH3 domain. The plakin domains of plectin and other plakins harbor binding sites for junctional proteins. We have combined x-ray crystallography with small angle x-ray scattering (SAXS) to elucidate the structure of the plakin domain of plectin, extending our previous analysis of the SR1 to SR5 region. Two crystal structures of the SR5-SR6 region allowed us to characterize its uniquely wide inter-repeat conformational variability. We also report the crystal structures of the SR7-SR8 region, refined to 1.8 Å, and the SR7-SR9 at lower resolution. The SR7-SR9 region, which is conserved in all other plakin domains, forms a rigid segment stabilized by uniquely extensive inter-repeat contacts mediated by unusually long helices in SR8 and SR9. Using SAXS we show that in solution the SR3-SR6 and SR7-SR9 regions are rod-like segments and that SR3-SR9 of plectin has an extended shape with a small central kink. Other plakins, such as bullous pemphigoid antigen 1 and microtubule and actin cross-linking factor 1, are likely to have similar extended plakin domains. In contrast, desmoplakin has a two-segment structure with a central flexible hinge. The continuous versus segmented structures of the plakin domains of plectin and desmoplakin give insight into how different plakins might respond to tension and transmit mechanical signals.
登録者
  • Jose M de Pereda (USAL, La Universidad de Salamanca, Salamanca, Spain)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #505
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 3.192 / P-value: 0.000004
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モデル #506
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 3.192 / P-value: 0.000004
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モデル #507
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 3.192 / P-value: 0.000004
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モデル #508
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 3.192 / P-value: 0.000004
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モデル #509
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 3.192 / P-value: 0.000004
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試料

試料名称: Plakin domain of Human desmoplakin / 試料濃度: 0.59-4.70
バッファ名称: sodium phosphate / 濃度: 20.00 mM / pH: 7.5 / 組成: 150 mM NaCl, 5% glycerol, 3 mM DTT
要素 #323名称: Desmoplakin / タイプ: protein / 記述: Plakin domain of Human Desmoplakin / 分子量: 98.68 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P15924
配列: GSHMWDEFTK HVTSECLGWM RQQRAEMDMV AWGVDLASVE QHINSHRGIH NSIGDYRWQL DKIKADLREK SAIYQLEEEY ENLLKASFER MDHLRQLQNI IQATSREIMW INDCEEEELL YDWSDKNTNI AQKQEAFSIR MSQLEVKEKE LNKLKQESDQ LVLNQHPASD ...配列:
GSHMWDEFTK HVTSECLGWM RQQRAEMDMV AWGVDLASVE QHINSHRGIH NSIGDYRWQL DKIKADLREK SAIYQLEEEY ENLLKASFER MDHLRQLQNI IQATSREIMW INDCEEEELL YDWSDKNTNI AQKQEAFSIR MSQLEVKEKE LNKLKQESDQ LVLNQHPASD KIEAYMDTLQ TQWSWILQIT KCIDVHLKEN AAYFQFFEEA QSTEAYLKGL QDSIRKKYPC DKNMPLQHLL EQIKELEKER EKILEYKRQV QNLVNKSKKI VQLKPRNPDY RSNKPIILRA LCDYKQDQKI VHKGDECILK DNNERSKWYV TGPGGVDMLV PSVGLIIPPP NPLAVDLSCK IEQYYEAILA LWNQLYINMK SLVSWHYCMI DIEKIRAMTI AKLKTMRQED YMKTIADLEL HYQEFIRNSQ GSEMFGDDDK RKIQSQFTDA QKHYQTLVIQ LPGYPQHQTV TTTEITHHGT CQDVNHNKVI ETNRENDKQE TWMLMELQKI RRQIEHCEGR MTLKNLPLAD QGSSHHITVK INELKSVQND SQAIAEVLNQ LKDMLANFRG SEKYCYLQNE VFGLFQKLEN INGVTDGYLN SLCTVRALLQ AILQTEDMLK VYEARLTEEE TVCLDLDKVE AYRCGLKKIK NDLNLKKSLL ATMKTELQKA QQIHSQTSQQ YPLYDLDLGK FGEKVTQLTD RWQRIDKQID FRLWDLEKQI KQLRNYRDNY QAFCKWLYDA KRRQDSLESM KFGDSNTVMR FLNEQKNLHS EISGKRDKSE EVQKIAELCA NSIKDYELQL ASYTSGLETL LNIPIKRTMI QSPSGVILQE AADVHARYIE LLTRSGDYYR

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Plakin domain of Human desmoplakin / 測定日: 2015年9月25日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 30 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0622 4.8124
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1120 /
MinMax
Q0.0622081 3.02016
P(R) point1 1120
R0 35
結果
D max: 35 / カーブのタイプ: extrapolated
コメント: The models displayed for this entry are selected representatives from a refined ensemble of conformations derived from ensemble optimization method (EOM). The Rg and Dmax distributions ...コメント: The models displayed for this entry are selected representatives from a refined ensemble of conformations derived from ensemble optimization method (EOM). The Rg and Dmax distributions of the ensemble and the additional results from EOM (that includes additional structural representatives) are available in the full-entry zip archive. The corresponding fit for this entry shows the final EOM fit to the SAXS data of the total refined ensemble.
実験値Porod
分子量114 kDa85 kDa
体積-136 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I025920 25300
慣性半径, Rg 8.34 nm7.49 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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