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万見
- SASDBC4: Plakin domain of Human plectin (spectrin repeats: SR3-SR9) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBC4
試料Plakin domain of Human plectin (spectrin repeats: SR3-SR9)
  • Plakin domain fragment of Human plectin encompassing spectrin repeats SR3-SR9 (protein), Plectinプレクチン, Homo sapiens
機能・相同性Isoform 2 of Plectin
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2016
タイトル: The Structure of the Plakin Domain of Plectin Reveals an Extended Rod-like Shape.
著者: Esther Ortega / José A Manso / Rubén M Buey / Ana M Carballido / Arturo Carabias / Arnoud Sonnenberg / José M de Pereda /
要旨: Plakins are large multi-domain proteins that interconnect cytoskeletal structures. Plectin is a prototypical plakin that tethers intermediate filaments to membrane-associated complexes. Most plakins ...Plakins are large multi-domain proteins that interconnect cytoskeletal structures. Plectin is a prototypical plakin that tethers intermediate filaments to membrane-associated complexes. Most plakins contain a plakin domain formed by up to nine spectrin repeats (SR1-SR9) and an SH3 domain. The plakin domains of plectin and other plakins harbor binding sites for junctional proteins. We have combined x-ray crystallography with small angle x-ray scattering (SAXS) to elucidate the structure of the plakin domain of plectin, extending our previous analysis of the SR1 to SR5 region. Two crystal structures of the SR5-SR6 region allowed us to characterize its uniquely wide inter-repeat conformational variability. We also report the crystal structures of the SR7-SR8 region, refined to 1.8 Å, and the SR7-SR9 at lower resolution. The SR7-SR9 region, which is conserved in all other plakin domains, forms a rigid segment stabilized by uniquely extensive inter-repeat contacts mediated by unusually long helices in SR8 and SR9. Using SAXS we show that in solution the SR3-SR6 and SR7-SR9 regions are rod-like segments and that SR3-SR9 of plectin has an extended shape with a small central kink. Other plakins, such as bullous pemphigoid antigen 1 and microtubule and actin cross-linking factor 1, are likely to have similar extended plakin domains. In contrast, desmoplakin has a two-segment structure with a central flexible hinge. The continuous versus segmented structures of the plakin domains of plectin and desmoplakin give insight into how different plakins might respond to tension and transmit mechanical signals.
登録者
  • Jose M de Pereda (USAL, La Universidad de Salamanca, Salamanca, Spain)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #496
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIF / ダミー原子の半径: 6.50 A / カイ2乗値: 1.509 / P-value: 0.000090
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Plakin domain of Human plectin (spectrin repeats: SR3-SR9)
試料濃度: 0.92-14.70
バッファ名称: sodium phosphate / 濃度: 20.00 mM / pH: 7.5 / 組成: 150 mM NaCl, 5% glycerol, 3 mM DTT
要素 #321名称: Plectinプレクチン / タイプ: protein
記述: Plakin domain fragment of Human plectin encompassing spectrin repeats SR3-SR9
分子量: 95.573 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q15149-2
配列: GSHMELEDST LRYLQDLLAW VEENQHRVDG AEWGVDLPSV EAQLGSHRGL HQSIEEFRAK IERARSDEGQ LSPATRGAYR DCLGRLDLQY AKLLNSSKAR LRSLESLHSF VAAATKELMW LNEKEEEEVG FDWSDRNTNM TAKKESYSAL MRELELKEKK IKELQNAGDR ...配列:
GSHMELEDST LRYLQDLLAW VEENQHRVDG AEWGVDLPSV EAQLGSHRGL HQSIEEFRAK IERARSDEGQ LSPATRGAYR DCLGRLDLQY AKLLNSSKAR LRSLESLHSF VAAATKELMW LNEKEEEEVG FDWSDRNTNM TAKKESYSAL MRELELKEKK IKELQNAGDR LLREDHPARP TVESFQAALQ TQWSWMLQLC CCIEAHLKEN AAYFQFFSDV REAEGQLQKL QEALRRKYSC DRSATVTRLE DLLQDAQDEK EQLNEYKGHL SGLAKRAKAV VQLKPRHPAH PMRGRLPLLA VCDYKQVEVT VHKGDECQLV GPAQPSHWKV LSSSGSEAAV PSVCFLVPPP NQEAQEAVTR LEAQHQALVT LWHQLHVDMK SLLAWQSLRR DVQLIRSWSL ATFRTLKPEE QRQALHSLEL HYQAFLRDSQ DAGGFGPEDR LMAEREYGSC SHHYQQLLQS LEQGAQEESR CQRCISELKD IRLQLEACET RTVHRLRLPL DKEPARECAQ RIAEQQKAQA EVEGLGKGVA RLSAEAEKVL ALPEPSPAAP TLRSELELTL GKLEQVRSLS AIYLEKLKTI SLVIRGTQGA EEVLRAHEEQ LKEAQAVPAT LPELEATKAS LKKLRAQAEA QQPTFDALRD ELRGAQEVGE RLQQRHGERD VEVERWRERV AQLLERWQAV LAQTDVRQRE LEQLGRQLRY YRESADPLGA WLQDARRRQE QIQAMPLADS QAVREQLRQE QALLEEIERH GEKVEECQRF AKQYINAIKD YELQLVTYKA QLEPVASPAK KPKVQSGSES VIQEYVDLRT HYSELTTLTS QYIKFISETL RRME

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Plakin domain fragment of Human plectin / 測定日: 2013年8月13日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0536 3.4949
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1480 /
MinMax
Q0.0535586 3.00924
P(R) point1 1480
R0 35
結果
D max: 35 / カーブのタイプ: extrapolated /
実験値Porod
分子量93.2 kDa84.6 kDa
体積-135.3 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I02818 2789
慣性半径, Rg 9.08 nm8.54 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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