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万見
- SASDBA9: E. coli CcdB2-CcdA2-CcdB2 toxin/antitoxin heterohexamer complex -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBA9
試料E. coli CcdB2-CcdA2-CcdB2 toxin/antitoxin heterohexamer complex
  • Toxin CcdB (protein), Escherichia coli (strain K12)
  • Antitoxin CcdA (protein), Escherichia coli (strain K12)
  • Toxin CcdB (protein), Escherichia coli (strain K12)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / toxin sequestering activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication / plasmid maintenance / toxin-antitoxin complex / protein-containing complex disassembly / transcription repressor complex / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Post-segregation antitoxin CcdA / Post-segregation antitoxin CcdA / Toxin CcdB / CcdB protein / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitoxin CcdA / Toxin CcdB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
引用日付: 2017 Apr 7
タイトル: Molecular mechanism governing ratio-dependent transcription regulation in the ccdAB operon
著者: Vandervelde A / Drobnak I / Hadži S / Sterckx Y / Welte T / De Greve H / Charlier D / Efremov R / Loris R
登録者
  • Alexandra Vandervelde (VUB, Vrije Universiteit Brussel, Pleinlaan 2 1050 Brussel)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #908
タイプ: atomic / ソフトウェア: Crysol / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 2.480
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: E. coli CcdB2-CcdA2-CcdB2 toxin/antitoxin heterohexamer complex
Entity id: 507 / 508 / 509
バッファ名称: 10 mM Tris 50 mM NaCl / pH: 7.3
要素 #507タイプ: protein / 記述: Toxin CcdB / 分子量: 11.706 / 分子数: 2 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P62554
配列:
MQFKVYTYKR ESRYRLFVDV QSDIIDTPGR RMVIPLASAR LLSDKVSREL YPVVHIGDES WRMMTTDMAS VPVSVIGEEV ADLSHRENDI KNAINLMFWG I
要素 #508タイプ: protein / 記述: Antitoxin CcdA / 分子量: 8.372 / 分子数: 2 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P62552
配列:
MKQRITVTVD SDSYQLLKAY DVNISGLVST TMQNEARRLR AERWKAENQE GMAEVARFIE MNGSFADENR DW
要素 #509タイプ: protein / 記述: Toxin CcdB / 分子量: 11.706 / 分子数: 2 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P62554
配列:
MQFKVYTYKR ESRYRLFVDV QSDIIDTPGR RMVIPLASAR LLSDKVSREL YPVVHIGDES WRMMTTDMAS VPVSVIGEEV ADLSHRENDI KNAINLMFWG I

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.103 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.8 mm
検出器名称: AVIEX / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: CcdB2-CcdA2-CcdB2 heterohexamer / 測定日: 2013年7月24日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 0.75 sec. / フレーム数: 13 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0113 0.5002
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 476 /
MinMax
Q0.0124513 0.281061
P(R) point1 476
R0 120.1
結果
カーブのタイプ: merged
実験値StandardPorod
分子量60.1 kDa67.2 kDa54.13 kDa
体積--92.02 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.01258 3.0E-5 0.0125 3.0E-5
慣性半径, Rg 3.49 nm0.01 3.41 nm0.09

MinMax
D-12.01
Guinier point4 47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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