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万見
- SASDB66: Deglycosylated myelin-associated glycoprotein full extracellular ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDB66
試料Deglycosylated myelin-associated glycoprotein full extracellular domain (Ig 1-5) N406Q mutant
  • Myelin-associated glycoprotein (20-508; N406Q mutant) (protein), MAG, Mus musculus
機能・相同性
機能・相同性情報


mesaxon / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Basigin interactions / ganglioside GT1b binding / central nervous system myelination / sialic acid binding / positive regulation of myelination / myelin sheath adaxonal region / central nervous system myelin formation / negative regulation of axon extension ...mesaxon / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Basigin interactions / ganglioside GT1b binding / central nervous system myelination / sialic acid binding / positive regulation of myelination / myelin sheath adaxonal region / central nervous system myelin formation / negative regulation of axon extension / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / paranode region of axon / Schmidt-Lanterman incisure / positive regulation of astrocyte differentiation / axon regeneration / transmission of nerve impulse / negative regulation of neuron differentiation / myelination / cellular response to mechanical stimulus / negative regulation of neuron projection development / myelin sheath / carbohydrate binding / negative regulation of neuron apoptotic process / cell adhesion / membrane raft / signaling receptor binding / protein kinase binding / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Myelin-associated glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis of myelin-associated glycoprotein adhesion and signalling.
著者: Matti F Pronker / Suzanne Lemstra / Joost Snijder / Albert J R Heck / Dominique M E Thies-Weesie / R Jeroen Pasterkamp / Bert J C Janssen /
要旨: Myelin-associated glycoprotein (MAG) is a myelin-expressed cell-adhesion and bi-directional signalling molecule. MAG maintains the myelin-axon spacing by interacting with specific neuronal ...Myelin-associated glycoprotein (MAG) is a myelin-expressed cell-adhesion and bi-directional signalling molecule. MAG maintains the myelin-axon spacing by interacting with specific neuronal glycolipids (gangliosides), inhibits axon regeneration and controls myelin formation. The mechanisms underlying MAG adhesion and signalling are unresolved. We present crystal structures of the MAG full ectodomain, which reveal an extended conformation of five Ig domains and a homodimeric arrangement involving membrane-proximal domains Ig4 and Ig5. MAG-oligosaccharide complex structures and biophysical assays show how MAG engages axonal gangliosides at domain Ig1. Two post-translational modifications were identified-N-linked glycosylation at the dimerization interface and tryptophan C-mannosylation proximal to the ganglioside binding site-that appear to have regulatory functions. Structure-guided mutations and neurite outgrowth assays demonstrate MAG dimerization and carbohydrate recognition are essential for its regeneration-inhibiting properties. The combination of trans ganglioside binding and cis homodimerization explains how MAG maintains the myelin-axon spacing and provides a mechanism for MAG-mediated bi-directional signalling.
登録者
  • Matti Pronker (Utrecht University, Utrecht, Netherlands)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #581
タイプ: atomic / ソフトウェア: Crysol (2.8.3) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 77.933584
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Deglycosylated myelin-associated glycoprotein full extracellular domain (Ig 1-5) N406Q mutant
試料濃度: 1.9 mg/ml
バッファ名称: HEPES / 濃度: 20.00 mM / pH: 7.5 / 組成: 150 mM NaCl
要素 #393名称: MAG / タイプ: protein
記述: Myelin-associated glycoprotein (20-508; N406Q mutant)
分子量: 53.978 / 分子数: 1 / 由来: Mus musculus / 参照: UniProt: P20917
配列: GHWGAWMPST ISAFEGTCVS IPCRFDFPDE LRPAVVHGVW YFNSPYPKNY PPVVFKSRTQ VVHESFQGRS RLLGDLGLRN CTLLLSTLSP ELGGKYYFRG DLGGYNQYTF SEHSVLDIVN TPNIVVPPEV VAGTEVEVSC MVPDNCPELR PELSWLGHEG LGEPTVLGRL ...配列:
GHWGAWMPST ISAFEGTCVS IPCRFDFPDE LRPAVVHGVW YFNSPYPKNY PPVVFKSRTQ VVHESFQGRS RLLGDLGLRN CTLLLSTLSP ELGGKYYFRG DLGGYNQYTF SEHSVLDIVN TPNIVVPPEV VAGTEVEVSC MVPDNCPELR PELSWLGHEG LGEPTVLGRL REDEGTWVQV SLLHFVPTRE ANGHRLGCQA AFPNTTLQFE GYASLDVKYP PVIVEMNSSV EAIEGSHVSL LCGADSNPPP LLTWMRDGMV LREAVAKSLY LDLEEVTPGE DGVYACLAEN AYGQDNRTVE LSVMYAPWKP TVNGTVVAVE GETVSILCST QSNPDPILTI FKEKQILATV IYESQLQLEL PAVTPEDDGE YWCVAENQYG QRATAFQLSV EFAPIILLES HCAAARDTVQ CLCVVKSNPE PSVAFELPSR NVTVNETERE FVYSERSGLL LTSILTIRGQ AQAPPRVICT SRNLYGTQSL ELPFQGAHR

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.0992 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.86 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Deglycosylated myelin-associated glycoprotein full
測定日: 2015年7月28日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0327 4.9336
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 203 /
MinMax
Q0.06561 1.016
P(R) point8 210
R0 29.45
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Endo-Hf deglycosylated full extracellular domain of Myelin-associated glycoprotein (MAG) immunoglobulin domains 1-5 with an N406Q mutation that should, based on the crystal structure, ...コメント: Endo-Hf deglycosylated full extracellular domain of Myelin-associated glycoprotein (MAG) immunoglobulin domains 1-5 with an N406Q mutation that should, based on the crystal structure, enhance dimerization by removing an N-linked glycan that clashes with its symmetry mate
実験値StandardPorod
分子量93.9 kDa93.9 kDa126.2 kDa
体積--216.4 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I095.1 93.9
慣性半径, Rg 8.3 nm7.8 nm

MinMax
D-29
Guinier point9 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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