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- SASDB65: Tyrosine-protein phosphatase (YopH)/putative yopH targeting prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDB65
試料Tyrosine-protein phosphatase (YopH)/putative yopH targeting protein (SycH) heterotrimeric complex
  • SycH putative yopH targeting protein (protein), SycH, Yersinia pseudotuberculosis
  • Tyrosine-protein phosphatase YopH (protein), YopH, Yersinia pseudotuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type III secretion system / 脱リン酸化 / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal / Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal domain superfamily / YopH, N-terminal / Type III secreted modular tyrosine phosphatase, SptP/YopH / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain ...Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal / Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal domain superfamily / YopH, N-terminal / Type III secreted modular tyrosine phosphatase, SptP/YopH / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
SycH putative yopH targeting protein / Tyrosine-protein phosphatase YopH
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
引用日付: 2017 Feb
タイトル: Global Disordering in Stereo-Specific Protein Association
著者: Gupta A / Reinartz I / Spilotros A / Jonna V / Hofer A / Svergun D / Schug A
登録者
  • Alessandro Spilotros (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #556
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.271
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Tyrosine-protein phosphatase (YopH)/putative yopH targeting protein (SycH) heterotrimeric complex
試料濃度: 1 mg/ml / Entity id: 356 / 357
バッファ名称: 50 mM HEPES 2mM TCEP / 濃度: 50.00 mM / pH: 6.8 / 組成: 2mM TCEP
要素 #356名称: SycH / タイプ: protein / 記述: SycH putative yopH targeting protein / 分子量: 15.763 / 分子数: 2 / 由来: Yersinia pseudotuberculosis / 参照: UniProt: I3NIC8
配列:
MRTYSSLLEE FATELGLEEI ETNELGHGAV TIDKIWVVHL APINEKELVA FMRAGILTGQ SQLYDILRKN LFSPLSGVIR CALDKDDHWL LWSQLNINDT SGTQLASVLT SLVDKAVTLS CEPTMKKEED DHRPSSSHLL V
要素 #357名称: YopH / タイプ: protein / 記述: Tyrosine-protein phosphatase YopH / 分子量: 13.95 / 分子数: 1 / 由来: Yersinia pseudotuberculosis / 参照: UniProt: P08538
配列:
MNLSLSDLHR QVSRLVQQES GDCTGKLRGN VAANKETTFQ GLTIASGARE SEKVFAQTVL SHVANVVLTQ EDTAKLLQST VKHNLNNYDL RSVGNGNSVL VSLRSDQMTL QDAKVLLEAA LRQESGARG

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: YopH/SycH heterotrimeric complex / 測定日: 2016年8月1日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0664 4.8081
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1266 /
MinMax
Q0.0901183 3.4299
P(R) point1 1266
R0 12.5
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量52 kDa55.8 kDa
体積-89.2 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I074550 130 74475 117
慣性半径, Rg 3.01 nm0.013 2.96 nm0.13

MinMax
D-12.5
Guinier point22 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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