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万見
- SASDAH6: WbdD(1-459) (bifunctional kinase- methyltransferase WbdD, WbdD) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAH6
試料WbdD(1-459)
  • bifunctional kinase- methyltransferase WbdD (protein), WbdD, Escherichia coli
生物種Escherichia coli (大腸菌)
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: A coiled-coil domain acts as a molecular ruler to regulate O-antigen chain length in lipopolysaccharide.
著者: Gregor Hagelueken / Bradley R Clarke / Hexian Huang / Anne Tuukkanen / Iulia Danciu / Dmitri I Svergun / Rohanah Hussain / Huanting Liu / Chris Whitfield / James H Naismith /
要旨: Long-chain bacterial polysaccharides have important roles in pathogenicity. In Escherichia coli O9a, a model for ABC transporter-dependent polysaccharide assembly, a large extracellular carbohydrate ...Long-chain bacterial polysaccharides have important roles in pathogenicity. In Escherichia coli O9a, a model for ABC transporter-dependent polysaccharide assembly, a large extracellular carbohydrate with a narrow size distribution is polymerized from monosaccharides by a complex of two proteins, WbdA (polymerase) and WbdD (terminating protein). Combining crystallography and small-angle X-ray scattering, we found that the C-terminal domain of WbdD contains an extended coiled-coil that physically separates WbdA from the catalytic domain of WbdD. The effects of insertions and deletions in the coiled-coil region were analyzed in vivo, revealing that polymer size is controlled by varying the length of the coiled-coil domain. Thus, the coiled-coil domain of WbdD functions as a molecular ruler that, along with WbdA:WbdD stoichiometry, controls the chain length of a model bacterial polysaccharide.
登録者
  • Anne Tuukkanen (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #189
タイプ: mix / ソフトウェア: CORAL / ダミー原子の半径: 1.90 A
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #192
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN / ダミー原子の半径: 1.90 A
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: WbdD(1-459) / Contrast: 3.047 / Dry vol: 59200 / 試料濃度: 1.00-10.00 / 濃度測定法: Nanodrop
バッファ名称: BisTris / 濃度: 20.00 mM / pH: 7 / 組成: 50 mM NaCl, 5 mM DTT
要素 #126名称: WbdD / タイプ: protein / 記述: bifunctional kinase- methyltransferase WbdD / 分子量: 59.2 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
検出器名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: WbdD(1-459) / 測定日: 2011年9月23日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 15 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0855 6.0292
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 435 /
MinMax
Q0.1828 2.563
P(R) point36 470
R0 9.979
結果
D max: 10 / カーブのタイプ: merged / Standard: BSA
実験値StandardPorod
分子量52 kDa52 kDa53 kDa
体積--90 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I047.5 47.4
慣性半径, Rg 3.2 nm3.1 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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