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万見
- SASDAC7: Complex LytTR-comcde (comcde + Response regulator, LytTR) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAC7
試料Complex LytTR-comcde
  • comcde (DNA), Streptococcus pneumoniae
  • Response regulator (protein), LytTR, Streptococcus pneumoniae
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / LytTr DNA-binding domain / LytTr DNA-binding domain / LytTR DNA-binding domain / LytTR-type HTH domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
引用ジャーナル: FEBS J / 年: 2015
タイトル: Modeling the ComD/ComE/comcde interaction network using small angle X-ray scattering.
著者: Dyana Sanchez / Marion Boudes / Herman van Tilbeurgh / Dominique Durand / Sophie Quevillon-Cheruel /
要旨: The ComD-ComE two-component system controls the competence state of Streptococcus pneumoniae via the phospho-regulation of ComE, which fluctuates between monomeric and dimeric states. We previously ...The ComD-ComE two-component system controls the competence state of Streptococcus pneumoniae via the phospho-regulation of ComE, which fluctuates between monomeric and dimeric states. We previously showed that the non-phosphorylatable ComE(D) (58A) mutant is monomeric in solution, whereas the ComE(D) (58E) active mimic mutant dimerizes via its REC domains. The crystal structure of ComE(D) (58A) revealed an asymmetric dimer that may represent the activated form of ComE. Here, we investigated the binding between the catalytic domain of ComD, ComE and the promoter region comcde, using small angle X-ray scattering. ComD(catdom) is a dimer that adapts two monomers of ComE, one on each side, placing (Com) (E) D58 residue in front of (Com) (D) H248, a location that is convenient for the intermolecular transfer reaction of the phosphoryl group. The LytTR, ComE(D) (58A) and ComE(D) (58E) complexed with comcde are composed of two protein molecules per DNA duplex. Modeling the complexes against small angle X-ray scattering data indicated that ComE(D) (58E) bound to comcde forms a compact dimer similar to the crystal structure, whereas ComE(D) (58A) -comcde adopts more than one conformation with or without dimer contacts. The various oligomeric states of ComE induce different bending angles of the promoter, which provides a mechanistic scenario for the activation of ComE: the phosphorylation of ComE forces additional bending of comcde, and the release of this bending strain on DNA via the disruption of the ComE dimer may signal the shut-off of the competence state.
データベース: The molecular models and experimental SAXS data have been deposited on SASBDB (Small Angle Scattering Biological Data Bank) (see http://www.sasbdb.org/aboutSASBDB/) under the SAS ...データベース: The molecular models and experimental SAXS data have been deposited on SASBDB (Small Angle Scattering Biological Data Bank) (see http://www.sasbdb.org/aboutSASBDB/) under the SAS codes SASDAA7, SASDAB7 and SASDAC7.
登録者
  • Dominique Durand

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #254
タイプ: atomic / ソフトウェア: SASREF / カイ2乗値: 1.196836
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試料

試料名称: Complex LytTR-comcde
Purity method: size-exclusion high-performance liquid chromatography (SEC-HPLC) column.
試料濃度: 0.4 mg/ml
濃度測定法: size-exclusion high-performance liquid chromatography (SEC-HPLC) column.
Entity id: 152 / 153
バッファ名称: MES / 濃度: 50.00 mM / pH: 6.2
組成: 500 mM NaCl, 5% (vol/vol) glycerol, 5 mM β-mercaptoethanol
要素 #152タイプ: DNA / 記述: comcde / 分子量: 23.5 / 由来: Streptococcus pneumoniae
配列:
5AAGTACACT TTGGGAGAAA AAAATGACAG TTGAGAGAA3 3TTCATGTGA AACCCTCTTT TTTTACTGTC AACTCTCTT5
要素 #153名称: LytTR / タイプ: protein / 記述: Response regulator / 分子量: 14.434 / 分子数: 2 / 由来: Streptococcus pneumoniae / 参照: UniProt: Q8DMW5
配列:
VVDYFDYNYK GNDLKIPYHD ILYIETTGVS HKLRIIGKNF AKEFYGTMTD IQEKDKHTQR FYSPHKSFLV NIGNIREIDR KNLEIVFYED HRCPISRLKI RKLKDILEKK SQKHHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.82 mm
検出器名称: AVIEX / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: Complex LytTR-comcde / 測定日: 2013年6月2日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 16 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1014 4.0031
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 340 /
MinMax
Q0.01042 0.3916
P(R) point1 340
R0 125
結果
D max: 12.5 / カーブのタイプ: single_conc
コメント: Use of SAXS to describe the interaction between the LytTR domain of the response regulator ComE from S. pneumonia and the promoter region comcde. The complex is constituted of two ...コメント: Use of SAXS to describe the interaction between the LytTR domain of the response regulator ComE from S. pneumonia and the promoter region comcde. The complex is constituted of two monomers of LytTR and one molecule of comcde. The SAXS data were collected directly after elution through an on-line size-exclusion high-performance liquid chromatography (SEC-HPLC) column. The molecular weight is not estimated from I(0) because the concentration of the complex cannot be accurately determined. It is obtained from the macromolecule volume using the method developed by Craievich’s team (the SAXS Mow program).
実験値Porod
分子量56 kDa56 kDa
体積-74 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I00.02366 0.02362
慣性半径, Rg 3.62 nm3.55 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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