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- PDB-9zpc: Cryo-EM structure of human PI3KC3-C2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9zpc
タイトルCryo-EM structure of human PI3KC3-C2
要素
  • Beclin-1
  • Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
  • Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
  • UV radiation resistance-associated gene protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Lipid kinase / endocytic sorting / cytokinesis / autophagosome maturation / lysosome recycling / LC3-associated phagocytosis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein serine/threonine kinase activity / lytic vacuole / maintenance of Golgi location / cellular response to aluminum ion / positive regulation of protein lipidation / postsynaptic endosome / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III ...regulation of protein serine/threonine kinase activity / lytic vacuole / maintenance of Golgi location / cellular response to aluminum ion / positive regulation of protein lipidation / postsynaptic endosome / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / response to mitochondrial depolarisation / SARS-CoV-2 modulates autophagy / host-mediated activation of viral genome replication / presynaptic endosome / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of lysosome organization / engulfment of apoptotic cell / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity / positive regulation of autophagosome assembly / response to L-leucine / early endosome to late endosome transport / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of autophagosome assembly / protein localization to phagophore assembly site / multivesicular body sorting pathway / receptor catabolic process / SMAD protein signal transduction / protein targeting to lysosome / late endosome to vacuole transport / endosome organization / pexophagy / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / positive regulation of autophagosome maturation / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / cellular response to nitrogen starvation / centrosome cycle / negative regulation of programmed cell death / phosphatidylinositol 3-kinase / spindle organization / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / lysosome organization / response to vitamin E / mitotic metaphase chromosome alignment / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to iron(II) ion / Macroautophagy / SNARE complex assembly / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / p38MAPK cascade / RSV-host interactions / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autolysosome / autophagosome membrane / PI3K Cascade / chromosome, centromeric region / amyloid-beta metabolic process / autophagosome maturation / axoneme / autophagosome assembly / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / synaptic vesicle endocytosis / regulation of macroautophagy / cellular defense response / neuron development / phosphatidylinositol 3-kinase binding / cellular response to glucose starvation / mitophagy / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / phagocytic vesicle / JNK cascade / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of autophagy / autophagosome / cellular response to amino acid starvation / cellular response to copper ion / cellular response to epidermal growth factor stimulus / SNARE binding / regulation of cytokinesis / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / macroautophagy / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / chromosome segregation / trans-Golgi network / circadian rhythm / protein processing / response to lead ion / GABA-ergic synapse / SH3 domain binding / autophagy / ISG15 antiviral mechanism / phagocytic vesicle membrane
類似検索 - 分子機能
UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / : / VPS15-like, helical domain / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain ...UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / : / VPS15-like, helical domain / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-like helical / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Protein kinase domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4 / Beclin-1 / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / UV radiation resistance-associated gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å
データ登録者Chen, M. / Joiner, A. / Hurley, J.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS134598 米国
Michael J. Fox FoundationASAP-000350 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM reconstruction of PI3KC3-C2 in complex with Rubicon Middle Region of C terminus
著者: Chen, M. / Joiner, A. / Hurley, J.H.
履歴
登録2025年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
B: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
C: UV radiation resistance-associated gene protein
D: Beclin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,2637
ポリマ－394,7304
非ポリマー5333
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4


分子量: 162838.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: A0JP11, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / PI3-kinase type 3 / PI3K type 3 / PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 ...PI3-kinase type 3 / PI3K type 3 / PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 subunit / Phosphoinositide-3-kinase class 3 / hVps34


分子量: 101680.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3C3, VPS34 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NEB9, phosphatidylinositol 3-kinase
#3: タンパク質 UV radiation resistance-associated gene protein / p63


分子量: 78258.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UVRAG / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P2Y5
#4: タンパク質 Beclin-1 / Coiled-coil myosin-like BCL2-interacting protein / Protein GT197


分子量: 51953.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BECN1, GT197 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14457

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非ポリマー , 3種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex II
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMSodium chlorideNaCl1
22 mMMagnesium chlorideMgCl21
325 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid1
41 mMTris(2-carboxyethyl)phosphine1
試料濃度: 0.32 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.5a粒子像選択
2SerialEM4.0.20画像取得
4cryoSPARC4.5.3CTF補正
7Coot0.9.8モデルフィッティング
9cryoSPARC4.5.3初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.5.3最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.5.3分類
12cryoSPARC4.5.3３次元再構成
13PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 234920 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 95.23 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: 9ZPD / Source name: Other / タイプ: experimental model
精密化立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00816674
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.93322540
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d28.5096266
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0582512
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052870

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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