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万見
- EMDB-76934: Cryo-EM reconstruction of human PI3KC3-C1, composite map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-76934
タイトルCryo-EM reconstruction of human PI3KC3-C1, composite map
マップデータComposite map
試料
  • 複合体: Human Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I
キーワードLipid kinase / autophagosome formation / signaling protein / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / nucleus-vacuole junction / cellular response to aluminum ion / positive regulation of protein lipidation / positive regulation of stress granule assembly / postsynaptic endosome / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane ...extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / nucleus-vacuole junction / cellular response to aluminum ion / positive regulation of protein lipidation / positive regulation of stress granule assembly / postsynaptic endosome / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / response to mitochondrial depolarisation / presynaptic endosome / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / host-mediated activation of viral genome replication / engulfment of apoptotic cell / regulation of protein complex stability / negative regulation of lysosome organization / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / phosphatidylinositol kinase activity / SMAD protein signal transduction / positive regulation of autophagosome assembly / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / early endosome to late endosome transport / phagophore assembly site membrane / receptor catabolic process / response to L-leucine / protein targeting to lysosome / protein targeting to vacuole / late endosome to vacuole transport / endosome organization / pexophagy / Dengue virus modulates apoptosis / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / cellular response to nitrogen starvation / negative regulation of programmed cell death / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / post-transcriptional regulation of gene expression / response to vitamin E / Macroautophagy / endosome to lysosome transport / p38MAPK cascade / autophagosome membrane docking / response to iron(II) ion / RSV-host interactions / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of protein phosphorylation / phosphatidylinositol-mediated signaling / autolysosome / autophagosome membrane / PI3K Cascade / autophagosome maturation / JNK cascade / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / mitotic metaphase chromosome alignment / axoneme / cellular response to glucose starvation / synaptic vesicle endocytosis / cellular defense response / autophagosome assembly / mitophagy / phosphatidylinositol 3-kinase binding / regulation of macroautophagy / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / phagocytic vesicle / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of autophagy / autophagosome / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to copper ion / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / regulation of autophagy / macroautophagy / regulation of cytokinesis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / trans-Golgi network / circadian rhythm / protein processing / positive regulation of protein phosphorylation / response to lead ion / cellular response to hydrogen peroxide / GABA-ergic synapse / ISG15 antiviral mechanism / phagocytic vesicle membrane / endocytosis / autophagy / late endosome
類似検索 - 分子機能
UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain ...UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / : / : / PIK3R4-like, middle domain / HEAT, type 2 / HEAT repeat profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-like helical / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Protein kinase domain / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beclin-1 / Beclin 1-associated autophagy-related key regulator / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Chen M / Hurley JH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS134598 米国
Michael J. Fox FoundationASAP-000350 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM reconstruction of PI3KC3-C2 in complex with Rubicon Middle Region of C terminus
著者: Chen M / Hurley JH
履歴
登録2026年4月27日-
置き換え2026年5月13日ID: EMD-40669
ヘッダ(付随情報) 公開2026年5月13日-
マップ公開2026年5月13日-
更新2026年5月13日-
現状2026年5月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_76934.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_76934.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 400 pix.
= 446. Å		1.12 Å/pix.
x 400 pix.
= 446. Å		1.12 Å/pix.
x 400 pix.
= 446. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.115 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.16679692 - 1.3267035
平均 (標準偏差)0.003643455 (±0.015242554)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 446.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I

全体名称: Human Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I
要素
  • 複合体: Human Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I

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超分子 #1: Human Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I

超分子名称: Human Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex I
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.45 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClSodium chloride
2.0 mMMgCl2Magnesium chloride
25.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
1.0 mMTCEPTris(2-carboxyethyl)phosphine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

9mhf

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
詳細: Composed from two local refinement maps, of which resolutions are 3.29 and 3.26 A, respectively
使用した粒子像数: 181267
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: 9MHF
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 82.1
得られたモデル

PDB-13bv:
Cryo-EM structure of human PI3KC3-C1 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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