PDB-9qve: Satellite Tobacco Necrosis Virus-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qve

タイトル

Satellite Tobacco Necrosis Virus-1

要素

Capsid protein

キーワード

VIRUS LIKE PARTICLE / ssRNA plant virus / icosahedral / RNA packaging

機能・相同性

機能・相同性情報

viral capsid / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Satellite tobacco necrosis virus 1 (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Saunders, K. / Shah, S. / Peyret, H. / Meshcheriakova, Y. / Richardson, J. / Eltschkner, S. / Lawson, D.M. / Lomonossoff, G.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The specificity of RNA packaging in isometric RNA plant viruses is principally determined by replication
著者: Saunders, K. / Shah, S. / Peyret, H. / Meshcheriakova, Y. / Richardson, J. / Eltschkner, S. / Lawson, D.M. / Lomonossoff, G.

履歴

登録	2025年4月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月7日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月7日	Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月7日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月7日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月7日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月7日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月7日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月7日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qve.cif.gz	80.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qve.ent.gz	60.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qve.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/9qve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/9qve	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	53395MC 53396C 53397C 53398C 9qvfC 9qvgC 9qvhC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Capsid protein

ヘテロ分子

21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Capsid protein

ヘテロ分子

x 60

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
1.31 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

#1: タンパク質	Capsid protein / Coat protein 分子量: 21739.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Satellite tobacco necrosis virus 1 (ウイルス) 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: P03606
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Satellite tobacco necrosis virus 1 / タイプ: VIRUS 詳細: The complete STNV coat protein gene was inserted into the pEff vector. Expression was initiated by infiltrating leaves of Nicotiana benthamiana with suspensions of Agrobacterium tumefaciens ...詳細: The complete STNV coat protein gene was inserted into the pEff vector. Expression was initiated by infiltrating leaves of Nicotiana benthamiana with suspensions of Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 harbouring this vector. Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 1.30 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Satellite tobacco necrosis virus 1 (ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
ウイルス殻	名称: capsid / 直径: 200 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液	pH: 7.4 / 詳細: 1 x phosphate-buffered saline
試料	濃度: 2.92 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	詳細: glow discharged for 60 seconds at 8 mA using an ACE 200 (Leica Microsystems) グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器

モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

顕微鏡

モデル: TFS TALOS F200C

電子銃

電子線源:

FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM

電子レンズ

モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 150000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE

試料ホルダ

凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN ELSA 698 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER

撮影

Imaging-ID: 1 / フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1

ID	平均露光時間 (sec.)	電子線照射量 (e/Å²)	実像数	詳細
1	2.85	30	2703	The particles were densely packed showing mostly 5-fold views
2	2.82	30	575	Regions with a lower particle density were selected, giving additional views, but still dominated by 5-folds.
3	3.49	40	985	Data were collected with a positive 20 degree tilt giving a better distribution of views.

画像スキャン

横	縦	ID	Image recording-ID	Entry-ID
4096	4096	1	1	9QVE
4096	4096	2	2	9QVE
4096	4096	3	3	9QVE

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	4.5.3	粒子像選択
2	EPU	3.7.1.6940	画像取得
4	cryoSPARC	4.5.3	CTF補正
7	UCSF ChimeraX	1.8	モデルフィッティング
8	Coot	0.9.8.95 EL (ccp4)	モデルフィッティング
10	cryoSPARC	4.5.3	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	4.5.3	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	4.5.3	分類
13	cryoSPARC	4.5.3	３次元再構成
14	PHENIX	1.21.2_5419:	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 2394377 / 詳細: combined figure from the 3 datasets

対称性

点対称性: I (正20面体型対称)

3次元再構成

解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 207142 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

B value: 43 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient

原子モデル構築

PDB-ID: 2BUK

2buk

Accession code: 2BUK / Source name: PDB / タイプ: experimental model

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)