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万見
- PDB-9qvf: Turnip Crinkle Virus: virus-like particles (TCV-P38+1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qvf
タイトルTurnip Crinkle Virus: virus-like particles (TCV-P38+1)
要素Capsid protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / ssRNA plant virus / icosahedral / RNA packaging
機能・相同性Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / structural molecule activity / RNA binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Turnip crinkle virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Saunders, K. / Shah, S. / Peyret, H. / Meshcheriakova, Y. / Richardson, J. / Eltschkner, S. / Lawson, D.M. / Lomonossoff, G.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X01097X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/Y005732/1 英国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2025
タイトル: The Specificity of RNA Packaging in Isometric RNA Plant Viruses is Principally Determined by Replication.
著者: Keith Saunders / Sachin N Shah / Hadrien Peyret / Yulia Meshcheriakova / Jake Richardson / Sandra Eltschkner / David M Lawson / George P Lomonossoff /
要旨: A potato virus X (PVX)-based transient expression system (pEff) that produces replicating RNA has been used to examine the specificity of RNA packaging in the isometric viruses, turnip crinkle virus ...A potato virus X (PVX)-based transient expression system (pEff) that produces replicating RNA has been used to examine the specificity of RNA packaging in the isometric viruses, turnip crinkle virus (TCV) and satellite tobacco necrosis virus-1 (STNV-1). Expression of the coat proteins from the subgenomic RNA derived from the replicating PVX genome results in the efficient production of virus-like particles (VLPs), indistinguishable in structure from native virus particles, and encapsidation of both the subgenomic RNA and truncated versions of the replicating genomic RNA. Non-specific encapsidation of host RNA (which is not replicating) could not be detected in this system, implying that replication is the major determinant of packaging in isometric as well as filamentous positive-strand RNA plant viruses. We further utilised the system to investigate the role of putative packaging signals previously identified within the coat protein open reading frames of both TCV and STNV-1. The results show that eliminating the hairpin structures previously identified as packaging signals has no detectable effect on the specificity of RNA packaging. Replacement of the 213 nucleotide sequence within the TCV coat protein coding region, believed to be important for genomic packaging, with an equivalent sequence codon-optimised for Plasmodium falciparum resulted in less efficient capsid formation and RNA packaging, but did not alter packaging specificity; addition of copies of the wild-type sequence did not complement the defects. We propose that replication is the major determinant of genome packaging specificity in plant RNA viruses, while packaging signals may play a role in packaging efficiency.
履歴
登録2025年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5133
ポリマ－114,5133
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,870,769180
ポリマ－6,870,769180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein / Coat protein / p38


分子量: 38170.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Turnip crinkle virus (ウイルス) / 株: M / 遺伝子: ORF4 / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: P06663
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Turnip crinkle virus / タイプ: VIRUS
詳細: In the manuscript, this sample is designated TCV-P38+1. The complete P38 coat protein gene was inserted into the pEff vector together with an additional duplicated portion of P38 (hence +1). ...詳細: In the manuscript, this sample is designated TCV-P38+1. The complete P38 coat protein gene was inserted into the pEff vector together with an additional duplicated portion of P38 (hence +1). Expression was initiated by infiltrating leaves of Nicotiana benthamiana with suspensions of Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 harbouring this vector.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 6.86 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Turnip crinkle virus (ウイルス) / 株: M
由来(組換発現)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Brassica rapa subsp. rapa
ウイルス殻名称: capsid / 直径: 340 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1 mM MgSO4 1mM NaPO4 and pH7.4
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: glow discharged for 60 seconds at 8 mA using an ACE 200 (Leica Microsystems)
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS TALOS F200C
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 150000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN ELSA 698 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影平均露光時間: 3.49 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6269
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.5.3粒子像選択
2EPU3.7.1.6940画像取得
4cryoSPARC4.5.3CTF補正
7UCSF ChimeraX1.8モデルフィッティング
8Coot0.9.8.95 EL (ccp4)モデルフィッティング
10cryoSPARC4.5.3初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.5.3最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.5.3分類
13cryoSPARC4.5.3３次元再構成
14PHENIX1.21.2_5419:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 92873
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48900 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 65.3 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 3ZX8

3zx8


Accession code: 3ZX8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00378120
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.436106092
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.78810816
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04111808
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00313848

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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