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万見
- EMDB-53395: Satellite Tobacco Necrosis Virus-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53395
タイトルSatellite Tobacco Necrosis Virus-1
マップデータSharpened map at 2.77 A resolution used for model building and refinement
試料
  • ウイルス: Satellite tobacco necrosis virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードssRNA plant virus / icosahedral / RNA packaging / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Satellite tobacco necrosis virus coat protein-like / Satellite tobacco necrosis virus coat protein / Satellite virus coat / Satellite virus coat domain superfamily / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Satellite tobacco necrosis virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Saunders K / Shah S / Peyret H / Meshcheriakova Y / Richardson J / Eltschkner S / Lawson DM / Lomonossoff G
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X01097X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/Y005732/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The specificity of RNA packaging in isometric RNA plant viruses is principally determined by replication
著者: Saunders K / Shah S / Peyret H / Meshcheriakova Y / Richardson J / Eltschkner S / Lawson DM / Lomonossoff G
履歴
登録2025年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53395.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53395.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map at 2.77 A resolution used for model building and refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 500 pix.
= 470. Å		0.94 Å/pix.
x 500 pix.
= 470. Å		0.94 Å/pix.
x 500 pix.
= 470. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.75441986 - 1.3217201
平均 (標準偏差)-0.00062968663 (±0.043324903)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 470.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53395_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_53395_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_53395_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_53395_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Satellite tobacco necrosis virus 1

全体名称: Satellite tobacco necrosis virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Satellite tobacco necrosis virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Satellite tobacco necrosis virus 1

超分子名称: Satellite tobacco necrosis virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: The complete STNV coat protein gene was inserted into the pEff vector. Expression was initiated by infiltrating leaves of Nicotiana benthamiana with suspensions of Agrobacterium tumefaciens ...詳細: The complete STNV coat protein gene was inserted into the pEff vector. Expression was initiated by infiltrating leaves of Nicotiana benthamiana with suspensions of Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 harbouring this vector.
NCBI-ID: 12445 / 生物種: Satellite tobacco necrosis virus 1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
分子量理論値: 1.30 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 200.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Satellite tobacco necrosis virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 21.739645 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MAKQQNNRRK SATMRAVKRM INTHLEHKRF ALINSGNTNA TAGTVQNLSN GIIQGDDINQ RSGDQVRIVS HKLHVRGTAI TVSQTFRFI WFRDNMNRGT TPTVLEVLNT ANFMSQYNPI TLQQKRFTIL KDVTLNCSLT GESIKDRIIN LPGQLVNYNG A TAVAASNG ...文字列:
MAKQQNNRRK SATMRAVKRM INTHLEHKRF ALINSGNTNA TAGTVQNLSN GIIQGDDINQ RSGDQVRIVS HKLHVRGTAI TVSQTFRFI WFRDNMNRGT TPTVLEVLNT ANFMSQYNPI TLQQKRFTIL KDVTLNCSLT GESIKDRIIN LPGQLVNYNG A TAVAASNG PGAIFMLQIG DSLVGLWDSS YEAVYTDA

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.92 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1 x phosphate-buffered saline
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
詳細: glow discharged for 60 seconds at 8 mA using an ACE 200 (Leica Microsystems)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS F200C
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
#0 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #0 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 2703 / #0 - 平均露光時間: 2.85 sec. / #0 - 平均電子線量: 30.0 e/Å2
#0 - 詳細: The particles were densely packed showing mostly 5-fold views
#1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
#1 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #1 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 575 / #1 - 平均露光時間: 2.82 sec. / #1 - 平均電子線量: 30.0 e/Å2
#1 - 詳細: Regions with a lower particle density were selected, giving additional views, but still dominated by 5-folds.
#2 - Image recording ID: 3
#2 - フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
#2 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #2 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #2 - 撮影したグリッド数: 1 / #2 - 実像数: 985 / #2 - 平均露光時間: 3.49 sec. / #2 - 平均電子線量: 40.0 e/Å2
#2 - 詳細: Data were collected with a positive 20 degree tilt giving a better distribution of views.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 150000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN ELSA 698 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
粒子像選択選択した数: 2394377 / 詳細: combined figure from the 3 datasets
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2buk

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 207142
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2buk


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 43
当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9qve:
Satellite Tobacco Necrosis Virus-1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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