PDB-9qsx: Cryo-EM structure of aquaporin 3 at pH 8.0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qsx

タイトル

Cryo-EM structure of aquaporin 3 at pH 8.0

要素

Aquaporin-3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / glycerol channel / hydrogen peroxide transport / tetramer

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of immune system process / glycerol channel activity / Passive transport by Aquaporins / regulation of keratinocyte differentiation / glycerol transmembrane transport / urea transmembrane transporter activity / renal water absorption / water channel activity / water transport / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Huang, P. / Venskutonyte, R. / Lindkvist-Petersson, K.

資金援助

スウェーデン, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into AQP3 channel closure upon pH and redox changes reveal an autoregulatory molecular mechanism.
著者: Peng Huang / Raminta Venskutonytė / Carter J Wilson / Sara Bsharat / Rashmi B Prasad / Pontus Gourdon / Isabella Artner / Bert L de Groot / Karin Lindkvist-Petersson /

要旨: Regulation of intracellular levels of reactive oxygen species (ROS) remains poorly understood. Aquaporin 3 (AQP3) facilitates the membrane transport of hydrogen peroxide (HO), a key ROS signaling ...

履歴

登録	2025年4月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月18日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月18日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月18日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月18日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月18日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月18日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qsx.cif.gz	199.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qsx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qsx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/9qsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/9qsx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	53343MC 53344C 53345C 9qsyC 9qszC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (7) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aquaporin-3

D: Aquaporin-3

C: Aquaporin-3

B: Aquaporin-3

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Aquaporin-3 / AQP-3 / Aquaglyceroporin-3 分子量: 32396.549 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AQP3 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q92482
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A1H8K / fluorinated fos-choline-8 / trimethyl-[2-[oxidanyl-[3,3,4,4,5,5,6,6,7,7,8,8,8-tridecakis(fluoranyl)octoxy]phosphoryl]oxyethyl]azanium 分子量: 530.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₃H₁₈F₁₃NO₄P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Aquaporin 3 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液	pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCL pH 8, 100 mM NaCl
試料	濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影	平均露光時間: 1.7 sec. / 電子線照射量: 39.866 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	PHENIX	1.21.2_5419:	モデル精密化
13	cryoSPARC	4	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139031 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 3.2 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	7957
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.495	10873
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.249	1107
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.038	1232
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	1354

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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