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- PDB-9qop: Binary complex of human Importin-9 with one homodimer of Akirin-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qop
タイトルBinary complex of human Importin-9 with one homodimer of Akirin-2
要素
  • Akirin-2
  • Importin-9
キーワードPROTEIN TRANSPORT / 20S proteasome / 20S / proteasome / nuclear import / akirin / akirin2 / importin 9 / importin
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome localization / regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of B cell activation / histone chaperone activity / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / positive regulation of adaptive immune response / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of innate immune response / nuclear import signal receptor activity / transcription repressor complex ...proteasome localization / regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of B cell activation / histone chaperone activity / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / positive regulation of adaptive immune response / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of innate immune response / nuclear import signal receptor activity / transcription repressor complex / transcription coregulator activity / cerebral cortex development / positive regulation of interleukin-6 production / small GTPase binding / protein import into nucleus / nuclear envelope / histone binding / response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / protein-macromolecule adaptor activity / defense response to bacterium / innate immune response / chromatin / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Importin-11-like, TPR repeats / : / Importin-9 central HEAT repeats / Akirin / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Akirin-2 / Importin-9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Brunner, H.L. / Grundmann, L. / David, H.
資金援助European Union, オーストリア, 2件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission847548European Union
Austrian Science Fund10.55776/F79 オーストリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: A multivalent adaptor mechanism drives the nuclear import of proteasomes.
著者: Hanna L Brunner / Robert W Kalis / Lorenz Grundmann / Zuzana Hodáková / Zuzana Koskova / Irina Grishkovskaya / Melanie de Almeida / Matthias Hinterndorfer / Hannah Knaudt / Simon Höfflin / ...著者: Hanna L Brunner / Robert W Kalis / Lorenz Grundmann / Zuzana Hodáková / Zuzana Koskova / Irina Grishkovskaya / Melanie de Almeida / Matthias Hinterndorfer / Hannah Knaudt / Simon Höfflin / Florian Andersch / Harald Kotisch / Achim Dickmanns / Sara Cuylen-Haering / Johannes Zuber / David Haselbach /
要旨: Nuclear protein homeostasis, including transcription factor turnover, critically depends on the nuclear proteasomes that must be imported after cell division. This dynamic process requires AKIRIN2, a ...Nuclear protein homeostasis, including transcription factor turnover, critically depends on the nuclear proteasomes that must be imported after cell division. This dynamic process requires AKIRIN2, a small unstructured protein whose mechanistic role has remained elusive despite its essential function. Using an integrated approach combining protein-wide saturation mutagenesis screens, cryo-EM, and biochemical reconstitution, we characterize AKIRIN2 as a scaffold protein that coordinates the assembly of an importin cluster around the proteasome. AKIRIN2 binds in multiple copies to the 20S proteasome and simultaneously interacts with importin IPO9 and the KPNA2/KPNB1 heterodimer. In the nucleus, RanGTP triggers importin dissociation, releasing the proteasome, while AKIRIN2 undergoes ubiquitin-independent degradation. Our findings reveal how AKIRIN2's multivalency facilitates the recruitment of multiple importins to the proteasome, a critical adaptation for transporting this large macromolecular complex into the nucleus and maintaining the nuclear proteome.
履歴
登録2025年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02026年1月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
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改定 1.12026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
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改定 1.22026年3月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22026年3月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Akirin-2
A: Importin-9
C: Akirin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,1133
ポリマ－161,1133
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Akirin-2


分子量: 22525.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKIRIN2, C6orf166 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(21)DE / 参照: UniProt: Q53H80
#2: タンパク質 Importin-9 / Imp9 / Ran-binding protein 9 / RanBP9


分子量: 116062.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IPO9, IMP9, KIAA1192, RANBP9, HSPC273 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96P70
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of the human 20S proteasome in complex with two dimers of Akirin-2 and Importin-9
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
8PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 360044 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.7 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0044325
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4955394
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.4521076
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr00
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041076

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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