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- PDB-9oqp: Human pannexin 1 channel with 1mM mefloquine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oqp
タイトルHuman pannexin 1 channel with 1mM mefloquine
要素Pannexin-1,RNA-directed RNA polymerase L
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Pannexin 1 channel with mefloquine
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / leak channel activity / Electric Transmission Across Gap Junctions / GDP polyribonucleotidyltransferase / positive regulation of interleukin-1 alpha production / monoatomic anion transmembrane transport / wide pore channel activity / bleb ...NNS virus cap methyltransferase / ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / leak channel activity / Electric Transmission Across Gap Junctions / GDP polyribonucleotidyltransferase / positive regulation of interleukin-1 alpha production / monoatomic anion transmembrane transport / wide pore channel activity / bleb / monoatomic anion channel activity / gap junction / gap junction channel activity / positive regulation of macrophage cytokine production / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / oogenesis / response to ATP / The NLRP3 inflammasome / monoatomic cation transport / response to ischemia / bioluminescence / positive regulation of interleukin-1 beta production / generation of precursor metabolites and energy / virion component / calcium channel activity / actin filament binding / calcium ion transport / cell-cell signaling / protease binding / scaffold protein binding / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / host cell cytoplasm / transmembrane transporter binding / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / signaling receptor binding / RNA-directed RNA polymerase / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase activity / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / ATP binding / membrane / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Pannexin / Innexin / Innexin / Pannexin family profile. / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain ...RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Pannexin / Innexin / Innexin / Pannexin family profile. / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirales mRNA-capping domain V / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Replicase / Pannexin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
human respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Ruan, Z. / Li, Y. / Du, J. / Lu, W.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R00NS128258 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL153219 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS112363 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM138321 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS111031 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS129804 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of PANX1 permeation and positive modulation by mefloquine.
著者: Yangyang Li / Zheng Ruan / Junuk Lee / Ian J Orozco / Edward Zhou / Juan Du / Wei Lü /
要旨: Purinergic signaling relies on ATP release through exocytosis and large-pore channels. Large-pore channels permeate both small anions like chloride and large signaling molecules like ATP, but how ...Purinergic signaling relies on ATP release through exocytosis and large-pore channels. Large-pore channels permeate both small anions like chloride and large signaling molecules like ATP, but how this broad cargo selectivity is structurally controlled remains elusive. Here we investigate PANX1, a prototypical large-pore channel, and uncover structural plasticity at the extracellular entrance formed by seven tryptophan (W74) residues. The W74 sidechains are flexible, sampling conformations that range from a constricted state permissive only to chloride to a dilated state compatible with ATP. These states are coupled to variable cation-π interactions between W74 and arginine 75 (R75), suggesting a mechanism for dynamic tuning of pore architecture and selective cargo permeation. We also identify mefloquine as a positive modulator of PANX1 that binds near the side tunnel to control ion flow through this pathway. Together, these findings define the structural principles underlying PANX1 permeation and modulation.
履歴
登録2025年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pannexin-1,RNA-directed RNA polymerase L
B: Pannexin-1,RNA-directed RNA polymerase L
C: Pannexin-1,RNA-directed RNA polymerase L
D: Pannexin-1,RNA-directed RNA polymerase L
E: Pannexin-1,RNA-directed RNA polymerase L
F: Pannexin-1,RNA-directed RNA polymerase L
G: Pannexin-1,RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)548,65914
ポリマ－546,0117
非ポリマー2,6487
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Pannexin-1,RNA-directed RNA polymerase L / PANX1 / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 78001.539 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) human respiratory syncytial virus (ウイルス)
遺伝子: PANX1, MRS1, UNQ2529/PRO6028 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q96RD7, UniProt: A0A5P9VSM8, NNS virus cap methyltransferase, RNA-directed RNA polymerase, GDP polyribonucleotidyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-A1A1V / (11S,12R)-Mefloquine / (S)-[2,8-bis(trifluoromethyl)quinolin-4-yl][(2R)-piperidin-2-yl]methanol


分子量: 378.312 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16F6N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human Pannexin 1 channel in GDN detergent with 1mM mefloquine
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 779920 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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