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- PDB-9ntm: SPEF1 bound to 14-pf microtubule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ntm
タイトルSPEF1 bound to 14-pf microtubule
要素
  • Sperm flagellar protein 1,G protein/GFP fusion protein
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta chain
キーワードPROTEIN BINDING / microtubules / spef1 / seam
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal central apparatus / regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / axonemal central apparatus assembly / 9+2 motile cilium / cilium movement / ciliary tip / negative regulation of microtubule depolymerization / filopodium assembly / microtubule bundle formation / lamellipodium assembly ...axonemal central apparatus / regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / axonemal central apparatus assembly / 9+2 motile cilium / cilium movement / ciliary tip / negative regulation of microtubule depolymerization / filopodium assembly / microtubule bundle formation / lamellipodium assembly / regulation of cytoskeleton organization / microvillus / host cell membrane / axoneme / microtubule-based process / stress fiber / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / filopodium / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / cell migration / mitotic cell cycle / lamellipodium / double-stranded RNA binding / actin binding / microtubule cytoskeleton / basolateral plasma membrane / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cilium / apical plasma membrane / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / GTP binding / virion attachment to host cell / virion membrane / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CH-like domain in sperm protein / CH-like domain in sperm protein / : / Rhabdovirus spike glycoprotein G central domain / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein fusion domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. ...: / CH-like domain in sperm protein / CH-like domain in sperm protein / : / Rhabdovirus spike glycoprotein G central domain / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein fusion domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Green fluorescent protein, GFP / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / TAXOL / Tubulin beta chain / G protein/GFP fusion protein / Tubulin alpha-1B chain / Sperm flagellar protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Recombinant vesicular stomatitis Indiana virus rVSV-G/GFP (ウイルス)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Legal, T. / Bui, K.H.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-156354 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2022-04774 カナダ
引用ジャーナル: Curr Biol / 年: 2025
タイトル: Structure of the ciliary tip central pair reveals the unique role of the microtubule-seam binding protein SPEF1.
著者: Thibault Legal / Ewa Joachimiak / Mireya Parra / Wang Peng / Amanda Tam / Corbin Black / Mayukh Guha / Chau Anh Nguyen / Avrin Ghanaeian / Melissa Valente-Paterno / Gary Brouhard / Jacek ...著者: Thibault Legal / Ewa Joachimiak / Mireya Parra / Wang Peng / Amanda Tam / Corbin Black / Mayukh Guha / Chau Anh Nguyen / Avrin Ghanaeian / Melissa Valente-Paterno / Gary Brouhard / Jacek Gaertig / Dorota Wloga / Khanh Huy Bui /
要旨: Motile cilia are unique organelles with the ability to move autonomously. The force generated by beating cilia propels cells and moves fluids. The ciliary skeleton is made of peripheral doublet ...Motile cilia are unique organelles with the ability to move autonomously. The force generated by beating cilia propels cells and moves fluids. The ciliary skeleton is made of peripheral doublet microtubules and a central pair (CP) with a distinct structure at the tip. In this study, we present a high-resolution structure of the CP in the ciliary tip of the ciliate Tetrahymena thermophila and identify several tip proteins that bind and form unique patterns on both microtubules of the tip CP. Two of those proteins that contain tubulin polymerization-promoting protein (TPPP)-like domains, TLP1 and TLP2, bind to high curvature regions of the microtubule. TLP2, which contains two TPPP-like domains, is an unusually long protein that wraps laterally around half a microtubule and forms the bridge between the two microtubules. Moreover, we found that the conserved protein SPEF1 binds to both microtubule seams and crosslinked the two microtubules. In vitro, human SPEF1 binds to the microtubule seam as visualized by cryoelectron tomography and subtomogram averaging. Single-molecule microtubule dynamics assays indicate that SPEF1 stabilizes microtubules in vitro. Together, these data show that the proteins in the tip CP maintain stable microtubule structures and play important roles in maintaining the integrity of the axoneme.
履歴
登録2025年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: Sperm flagellar protein 1,G protein/GFP fusion protein
1B: Sperm flagellar protein 1,G protein/GFP fusion protein
1C: Sperm flagellar protein 1,G protein/GFP fusion protein
1D: Sperm flagellar protein 1,G protein/GFP fusion protein
1E: Sperm flagellar protein 1,G protein/GFP fusion protein
AA: Tubulin alpha-1B chain
AB: Tubulin beta chain
AC: Tubulin alpha-1B chain
AD: Tubulin beta chain
AE: Tubulin alpha-1B chain
AF: Tubulin beta chain
BA: Tubulin alpha-1B chain
BB: Tubulin beta chain
BC: Tubulin alpha-1B chain
BD: Tubulin beta chain
BE: Tubulin alpha-1B chain
BF: Tubulin beta chain
CA: Tubulin alpha-1B chain
CB: Tubulin beta chain
CC: Tubulin alpha-1B chain
CD: Tubulin beta chain
CE: Tubulin alpha-1B chain
CF: Tubulin beta chain
DA: Tubulin alpha-1B chain
DB: Tubulin beta chain
DC: Tubulin alpha-1B chain
DD: Tubulin beta chain
DE: Tubulin alpha-1B chain
DF: Tubulin beta chain
EA: Tubulin alpha-1B chain
EB: Tubulin beta chain
EC: Tubulin alpha-1B chain
ED: Tubulin beta chain
EE: Tubulin alpha-1B chain
EF: Tubulin beta chain
FA: Tubulin alpha-1B chain
FB: Tubulin beta chain
FC: Tubulin alpha-1B chain
FD: Tubulin beta chain
FE: Tubulin alpha-1B chain
FF: Tubulin beta chain
GA: Tubulin alpha-1B chain
GB: Tubulin beta chain
GC: Tubulin alpha-1B chain
GD: Tubulin beta chain
GE: Tubulin alpha-1B chain
GF: Tubulin beta chain
HA: Tubulin alpha-1B chain
HB: Tubulin beta chain
HC: Tubulin alpha-1B chain
HD: Tubulin beta chain
HE: Tubulin alpha-1B chain
HF: Tubulin beta chain
IA: Tubulin alpha-1B chain
IB: Tubulin beta chain
IC: Tubulin alpha-1B chain
ID: Tubulin beta chain
IE: Tubulin alpha-1B chain
IF: Tubulin beta chain
JA: Tubulin alpha-1B chain
JB: Tubulin beta chain
JC: Tubulin alpha-1B chain
JD: Tubulin beta chain
JE: Tubulin alpha-1B chain
JF: Tubulin beta chain
KA: Tubulin alpha-1B chain
KB: Tubulin beta chain
KC: Tubulin alpha-1B chain
KD: Tubulin beta chain
KE: Tubulin alpha-1B chain
KF: Tubulin beta chain
LA: Tubulin alpha-1B chain
LB: Tubulin beta chain
LC: Tubulin alpha-1B chain
LD: Tubulin beta chain
LE: Tubulin alpha-1B chain
LF: Tubulin beta chain
MA: Tubulin alpha-1B chain
MB: Tubulin beta chain
MC: Tubulin alpha-1B chain
MD: Tubulin beta chain
ME: Tubulin alpha-1B chain
MF: Tubulin beta chain
NA: Tubulin alpha-1B chain
NB: Tubulin beta chain
NC: Tubulin alpha-1B chain
ND: Tubulin beta chain
NE: Tubulin alpha-1B chain
NF: Tubulin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,507,001257
ポリマ－4,429,52989
非ポリマー77,473168
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 3種, 89分子 1A1B1C1D1EAAACAEBABCBECACCCEDADCDEEAECEEFAFCFEGAGCGEHAHCHEIA...

#1: タンパク質
Sperm flagellar protein 1,G protein/GFP fusion protein


分子量: 44324.262 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Recombinant vesicular stomatitis Indiana virus rVSV-G/GFP (ウイルス)
遺伝子: SPEF1, C20orf28, G, GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y4P9, UniProt: B7UCZ6
#2: タンパク質 ...
Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#3: タンパク質 ...
Tubulin beta chain


分子量: 49983.824 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: A0A4W2DT89

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非ポリマー , 4種, 168分子

#4: 化合物...
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物...
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物...
ChemComp-TA1 / TAXOL / パクリタキセル


分子量: 853.906 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H51NO14 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: 14-protofilament microtubule bound by SPEF1 CH-domain
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#3, #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Bos taurus (ウシ)9913
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 6.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm
撮影電子線照射量: 4 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 164 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9625 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 58 / Num. of volumes extracted: 20342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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