[日本語] English
万見
- PDB-9nr7: The structure of GluA1/A4 LBD-TMD in Noelin-AMPAR complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nr7
タイトルThe structure of GluA1/A4 LBD-TMD in Noelin-AMPAR complex
要素
  • Auxiliary protein at A'/C'
  • Glutamate receptor 1
  • Isoform 2 of Glutamate receptor 4
  • Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
キーワードMEMBRANE PROTEIN / iGluR / CP-AMPA receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


Presynaptic depolarization and calcium channel opening / Cargo concentration in the ER / cellular response to amine stimulus / axonal spine / COPII-mediated vesicle transport / positive regulation of membrane potential / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / cellular response to ammonium ion ...Presynaptic depolarization and calcium channel opening / Cargo concentration in the ER / cellular response to amine stimulus / axonal spine / COPII-mediated vesicle transport / positive regulation of membrane potential / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / cellular response to ammonium ion / response to sucrose / cerebellar mossy fiber / LGI-ADAM interactions / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / proximal dendrite / myosin V binding / neuron spine / Trafficking of AMPA receptors / kainate selective glutamate receptor complex / channel regulator activity / cellular response to L-glutamate / regulation of AMPA receptor activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / conditioned place preference / response to arsenic-containing substance / cellular response to dsRNA / membrane hyperpolarization / regulation of synapse structure or activity / dendritic spine membrane / Synaptic adhesion-like molecules / nervous system process / protein targeting to membrane / long-term synaptic depression / beta-2 adrenergic receptor binding / cellular response to peptide hormone stimulus / voltage-gated calcium channel complex / response to morphine / neuronal cell body membrane / peptide hormone receptor binding / protein kinase A binding / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / neuromuscular junction development / response to psychosocial stress / spinal cord development / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / transmission of nerve impulse / AMPA glutamate receptor activity / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / : / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / behavioral response to pain / AMPA glutamate receptor complex / ionotropic glutamate receptor complex / adenylate cyclase binding / membrane depolarization / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / excitatory synapse / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / G-protein alpha-subunit binding / long-term memory / postsynaptic density, intracellular component / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / voltage-gated calcium channel activity / response to electrical stimulus / neuronal action potential / glutamate-gated receptor activity / response to fungicide / synapse assembly / ionotropic glutamate receptor binding / presynaptic active zone membrane / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / glutamate-gated calcium ion channel activity / calcium channel regulator activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite membrane / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / dendritic shaft / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / cellular response to amino acid stimulus / response to cocaine / synaptic membrane / response to nutrient levels / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / : / terminal bouton / neuromuscular junction / cellular response to growth factor stimulus
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, gamma-2 subunit / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel ...Voltage-dependent calcium channel, gamma-2 subunit / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZK1 / Glutamate receptor 1 / Glutamate receptor 4 / Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å
データ登録者Fang, C.F. / Gouaux, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Gating and noelin clustering of native Ca2+-permeable AMPA receptors
著者: Fang, C. / Spangler, C.J. / Park, J. / Sheldon, N. / Trussell, L.O. / Gouaux, E.
履歴
登録2025年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 1
B: Isoform 2 of Glutamate receptor 4
C: Glutamate receptor 1
D: Isoform 2 of Glutamate receptor 4
E: Auxiliary protein at A'/C'
F: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
G: Auxiliary protein at A'/C'
H: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,87412
ポリマ－255,2378
非ポリマー1,6374
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Glutamate receptor 1 / GluR-1 / AMPA-selective glutamate receptor 1 / GluR-A / GluR-K1 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 1


分子量: 47879.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P19490
#2: タンパク質 Isoform 2 of Glutamate receptor 4 / GluR-4 / GluR4 / AMPA-selective glutamate receptor 4 / GluR-D / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 4 / GluA4


分子量: 47173.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P19493
#3: タンパク質 Auxiliary protein at A'/C'


分子量: 9975.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
#4: タンパク質 Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit / Neuronal voltage-gated calcium channel gamma-2 subunit / Stargazin / Transmembrane AMPAR regulatory ...Neuronal voltage-gated calcium channel gamma-2 subunit / Stargazin / Transmembrane AMPAR regulatory protein gamma-2 / TARP gamma-2


分子量: 22589.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q71RJ2
#5: 化合物
ChemComp-ZK1 / {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid / [[3,4-Dihydro-7-(4-morpholinyl)-2,3-dioxo-6-(trifluorom ethyl)-1(2H)-quinoxalinyl]methyl]phosphonic acid / ZK-200775


分子量: 409.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15F3N3O6P / コメント: アンタゴニスト, 薬剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: CP-AMPA receptors / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
13cryoSPARC4.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24345 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00315910
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.75721738
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.6952330
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0452572
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052721

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る