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万見
- PDB-9mov: Cryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mov
タイトルCryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C
要素
  • (Coagulation factor Va ...) x 2
  • (Vitamin K-dependent protein ...) x 2
キーワードBLOOD CLOTTING / Coagulation / Activated Factor V / Activated Protein C
機能・相同性
機能・相同性情報


activated protein C (thrombin-activated peptidase) / positive regulation of establishment of endothelial barrier / negative regulation of coagulation / response to vitamin K / platelet alpha granule / Cargo concentration in the ER / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / COPII-mediated vesicle transport / blood circulation / negative regulation of blood coagulation ...activated protein C (thrombin-activated peptidase) / positive regulation of establishment of endothelial barrier / negative regulation of coagulation / response to vitamin K / platelet alpha granule / Cargo concentration in the ER / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / COPII-mediated vesicle transport / blood circulation / negative regulation of blood coagulation / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / : / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / : / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / Cell surface interactions at the vascular wall / Post-translational protein phosphorylation / Golgi lumen / negative regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / extracellular vesicle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / proteolysis / : / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / F5/8 type C domain ...Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / F5/8 type C domain / : / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / Cupredoxin / EGF-like domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Vitamin K-dependent protein C / Coagulation factor V
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Mohammed, B.M. / Basore, K. / Di Cera, E.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL049413, HL139554 and HL147821 米国
Childrens Discovery Institute of Washington University and St. Louis Childrens HospitalCDI-CORE-2015-505 and CDI-CORE-2019-813 米国
The Foundation for Barnes-Jewish Hospital3770 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK020579 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA091842 米国
引用ジャーナル: Blood / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of coagulation factor Va bound to activated protein C.
著者: Bassem M Mohammed / Katherine Basore / Enrico Di Cera /
要旨: Coagulation factor Va (FVa) is the cofactor component of the prothrombinase complex required for rapid generation of thrombin from prothrombin in the penultimate step of the coagulation cascade. In ...Coagulation factor Va (FVa) is the cofactor component of the prothrombinase complex required for rapid generation of thrombin from prothrombin in the penultimate step of the coagulation cascade. In addition, FVa is a target for proteolytic inactivation by activated protein C (APC). Like other protein-protein interactions in the coagulation cascade, the FVa-APC interaction has long posed a challenge to structural biology and its molecular underpinnings remain unknown. A recent cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of FVa has revealed the arrangement of its A1-A2-A3-C1-C2 domains and the environment of the sites of APC cleavage at R306 and R506. Here, we report the cryo-EM structure of the FVa-APC complex at 3.15 Å resolution in which the protease domain of APC engages R506 in the A2 domain of FVa through electrostatic interactions between positively charged residues in the 30-loop and 70-loop of APC and an electronegative surface of FVa. The auxiliary γ-carboxyglutamic acid and epidermal growth factor domains of APC are highly dynamic and point to solvent, without making contacts with FVa. Binding of APC displaces a large portion of the A2 domain of FVa and projects the 654VKCIPDDDEDSYEIFEP670 segment as a "latch," or exosite ligand, over the 70-loop of the enzyme. The latch induces a large conformational change of the autolysis loop of APC, which in turn promotes docking of R506 into the primary specificity pocket. The cryo-EM structure of the FVa-APC complex validates the bulk of existing biochemical data and offers molecular context for a key regulatory interaction of the coagulation cascade.
履歴
登録2024年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor Va heavy chain
B: Coagulation factor Va light chain
C: Vitamin K-dependent protein C
D: Vitamin K-dependent protein C heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,61120
ポリマ－200,3404
非ポリマー2,27116
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Coagulation factor Va ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Coagulation factor Va heavy chain / Activated protein C cofactor / Proaccelerin / labile factor


分子量: 81274.391 Da / 分子数: 1 / 断片: Domains A1 and A2 (UNP residues 29-737) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood / 参照: UniProt: P12259
#2: タンパク質 Coagulation factor Va light chain / Activated protein C cofactor / Proaccelerin / labile factor


分子量: 75283.008 Da / 分子数: 1 / 断片: Domains C1, C2, and A3 (UNP residues 1574-2224) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood / 参照: UniProt: P12259

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Vitamin K-dependent protein ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Vitamin K-dependent protein C / Anticoagulant protein C / Autoprothrombin IIA / Blood coagulation factor XIV


分子量: 16832.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood / 遺伝子: PROC / プラスミド: pRC_RSV / 細胞株 (発現宿主): BHK / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ)
参照: UniProt: P04070, activated protein C (thrombin-activated peptidase)
#4: タンパク質 Vitamin K-dependent protein C heavy chain


分子量: 26949.836 Da / 分子数: 1 / Mutation: S360A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood / 遺伝子: PROC / プラスミド: pRC_RSV / 細胞株 (発現宿主): BHK / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P04070

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糖 / 非ポリマー , 2種, 16分子

#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Complex of coagulation Factor Va and Activated Protein CCOMPLEXCoagulation activated Factor V (FVa) [from plasma] complex with Activated Protein C (APC) [made recombinantly with Ser360Ala mutation].#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Coagulation Factor VaCOMPLEX#1-#21NATURAL
3Activated Protein CCOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
緩衝液
IDSpecimen-IDpH詳細
117.420 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2
227.420 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 40uM n-Dodecyl-B-D-Maltoside
337.420 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2
試料
ID濃度 (mg/ml)Experiment-ID包埋シャドウイング染色凍結
10.11NONONOYES
20.11NONONOYES
30.11NONONOYES
試料支持
IDSpecimen-ID詳細グリッドの材料グリッドのサイズ (divisions/in.)グリッドのタイプ
11Grids were coated with PolylysineCOPPER300Quantifoil R1.2/1.3
22COPPER300Quantifoil R1.2/1.3
33COPPER300Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結
ID装置凍結剤湿度 (%)Specimen-ID凍結前の試料温度 (K)Entry-ID
1FEI VITROBOT MARK IVETHANE1001277.159MOV
2FEI VITROBOT MARK IVETHANE1002277.159MOV
3FEI VITROBOT MARK IVETHANE1003277.159MOV

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 0.01 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル撮影したグリッド数実像数詳細
1151.86FEI FALCON IV (4k x 4k)1319330 degree tilt
2146.6FEI FALCON IV (4k x 4k)1600
3146.89FEI FALCON IV (4k x 4k)1265530 degree tilt
4147.19FEI FALCON IV (4k x 4k)12379
5146.89FEI FALCON IV (4k x 4k)1420
6152.8FEI FALCON IV (4k x 4k)13210
画像スキャン
横縦IDImage recording-IDEntry-ID
40964096119MOV
40964096229MOV
40964096339MOV
40964096449MOV
40964096559MOV
40964096669MOV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.6.2粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.6.2CTF補正
7UCSF ChimeraX1.9モデルフィッティング
12cryoSPARC4.6.2３次元再構成
19PHENIX1.21.2-5419モデル精密化
20Coot0.9.8.95モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 384239 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession code詳細Initial refinement model-IDSource nameタイプChain-ID
19MOT

9mot

9MOTALL 9MOT was used1PDBexperimental model
2AF-P04070-F1-V4Only APC light chain was used from this model2AlphaFoldin silico model
31lqv

1lqv

C1lqvAPC Gla DomainPDBexperimental modelC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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