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- PDB-9h91: Cryo-EM structure of the Vibrio natrigens 50S ribosomal subunit i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h91
タイトルCryo-EM structure of the Vibrio natrigens 50S ribosomal subunit in complex with the proline-rich antimicrobial peptide Bac5(1-17).
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 26
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Cathelicidin-2
  • Large ribosomal subunit protein bL9
キーワードRIBOSOME / Vibrio natriegens / Bac5 / Bactenecin 5 / 50S / V. natriegens
機能・相同性
機能・相同性情報


assembly of large subunit precursor of preribosome / lipopolysaccharide binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit ...assembly of large subunit precursor of preribosome / lipopolysaccharide binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / defense response to Gram-negative bacterium / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / defense response to Gram-positive bacterium / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / innate immune response / mRNA binding / : / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cathelicidins signature 1. / Cathelicidin, conserved site / Cathelicidins signature 2. / Cathelicidin-like / Cathelicidin / Cystatin superfamily / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site ...Cathelicidins signature 1. / Cathelicidin, conserved site / Cathelicidins signature 2. / Cathelicidin-like / Cathelicidin / Cystatin superfamily / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / : / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / L28p-like / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / : / Large ribosomal subunit protein uL24, C-terminal domain / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL16 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Cathelicidin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio natriegens (バクテリア)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Raulf, K.F. / Koller, T.O. / Beckert, B. / Morici, M. / Lepak, A. / Bange, G. / Wilson, D.N.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Other governmentDLR01Kl1820
German Research Foundation (DFG)SPP1879 (DFG WI3285/5-2) ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: The structure of the Vibrio natriegens 70S ribosome in complex with the proline-rich antimicrobial peptide Bac5(1-17).
著者: Karoline Raulf / Timm O Koller / Bertrand Beckert / Alexander Lepak / Martino Morici / Mario Mardirossian / Marco Scocchi / Gert Bange / Daniel N Wilson /
要旨: Proline-rich antimicrobial peptides (PrAMPs) are produced as part of the innate immune response of animals, insects, and plants. The well-characterized mammalian PrAMP bactenecin-5 (Bac5) has been ...Proline-rich antimicrobial peptides (PrAMPs) are produced as part of the innate immune response of animals, insects, and plants. The well-characterized mammalian PrAMP bactenecin-5 (Bac5) has been shown to help fight bacterial infection by binding to the bacterial ribosome and inhibiting protein synthesis. In the absence of Bac5-ribosome structures, the binding mode of Bac5 and exact mechanism of action has remained unclear. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of Bac5 in complex with the 70S ribosome from the Gram-negative marine bacterium Vibrio natriegens. The structure shows that, despite sequence similarity to Bac7 and other type I PrAMPs, Bac5 displays a completely distinct mode of interaction with the ribosomal exit tunnel. Bac5 overlaps with the binding site of both A- and P-site transfer RNAs bound at the peptidyltransferase center, suggesting that this type I PrAMP can interfere with late stages of translation initiation as well as early stages of elongation. Collectively, our study presents a ribosome structure from V. natriegens, a fast-growing bacterium that has interesting biotechnological and synthetic biology applications, as well as providing additional insights into the diverse binding modes that type I PrAMPs can utilize to inhibit protein synthesis.
履歴
登録2024年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
9: Cathelicidin-2
B: 5S ribosomal RNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
G: 50S ribosomal protein L6
H: Large ribosomal subunit protein bL9
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
V: 50S ribosomal protein L25
W: 50S ribosomal protein L27
X: 50S ribosomal protein L28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: 50S ribosomal protein L30
A: 23S ribosomal RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,263,55331
ポリマ－1,263,48830
非ポリマー651
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 01234CDEGJKLMNOPQRSTUVWXYZ

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6314.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y2T2
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6540.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0XZW0
#3: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5198.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y4Q5
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7324.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y2A7
#5: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4291.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y149
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30059.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CUJ7
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22393.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CUL8
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 21906.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CVG6
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18801.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CUM2
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15990.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y0U3
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13594.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y0F6
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 14878.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CUX1
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15557.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y0C5
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14231.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y071
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12641.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CVH0
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13305.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CWW0
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13414.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CVB0
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11544.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CVI2
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12181.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y0L0
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 11151.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CUR9
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11239.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y061
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 10391.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y4S6
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9228.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CUT7
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 9056.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y076
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7205.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0XZZ8
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6596.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CUK2

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 BA

#7: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38990.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア)
#30: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 881521.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア)

-
タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 2分子 9H

#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9


分子量: 15769.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y4G6
#6: タンパク質・ペプチド Cathelicidin-2 / Bactenecin-5 / Bac5 / PR-42 / Bactenecin-5 (1-17) / Bac5 (1-17).


分子量: 2167.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Bactenecin-5 (1-17) / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P19660

-
非ポリマー , 2種, 19分子

#31: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#32: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of the Proline-rich Antimicrobial Peptide Bac5(1-17) in Complex with the Vibrio natriegens 50S ribosomal subunit
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#30 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHEPES1
29 mMMagnesium acetate1
35 mMPotassium phosphate1
495 mMPotassium glutamate1
55 mMAmmonium chloride1
60.5 mMCalcium chloride1
71 mMSpermidine1
88 mMPutrescine1
91 mMDithiothreitol1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 8 OD/ml ribosome concentration
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0425 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 294068 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
精密化解像度: 2.7→224.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / SU B: 5.145 / SU ML: 0.103 / ESU R: 0.198
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.20425 --
obs0.20425 982854 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 93.352 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 83761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.010.01191333
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.01851486
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.4221.846137328
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.5411.725121844
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.81952914
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg12.2975274
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.729104482
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0630.217663
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0160.0261642
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.0216218
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it12.5568.96911743
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other12.5568.96811743
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it15.70516.22814628
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other15.70716.22914629
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it12.6879.43579590
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other12.6879.43579591
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other16.66317.109122701
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined19.555106.66122607
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other19.555106.66122606
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.626 72752 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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