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- PDB-9gyt: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gyt
タイトルHigh resolution structure of B. oleracea mitoribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 2
  • (50S ribosomal protein ...) x 3
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 6
  • (Ribosomal protein ...) x 3
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 7
  • 18S rRNA
  • 26S rRNA
  • 5S rRNA
  • PROP1-like PPR domain-containing protein
  • Ribosomal protein
  • S5 DRBM domain-containing protein
  • bL19m
  • bL20m
  • bL21m
  • bL25-2m
  • bL25m
  • bL28m
  • bL31m
  • bL32m
  • bL33m
  • bL35m
  • bL9m
  • bS18m
  • bS6m
  • mL101 (rPPR4)
  • mL102 (rPPR5)
  • mL104 (rPPR9)
  • mL40
  • mL41
  • mL46
  • mL53
  • mL54
  • mL59/mL64
  • mL60
  • mL80
  • mL87
  • mS23
  • mS26
  • mS31/mS46
  • mS33
  • mS34
  • mS35
  • mS37
  • mS38
  • mS41
  • mS45
  • mS47
  • mS76 (rPPR1)
  • mS83 (rPPR10)
  • mS86
  • uL10m
  • uL11m
  • uL14m
  • uL15m
  • uL23m
  • uL24m
  • uL29m
  • uL2m N-ter mitochondrial
  • uL30m
  • uL3m
  • uL4m
  • uL5m
  • uS11m
  • uS12m
  • uS13m
  • uS14m
  • uS17m
  • uS4m
  • uS7m,Small ribosomal subunit protein uS7m
  • uS8m
  • uS9m
キーワードRIBOSOME / mitochondria / mitoribosome / assembly factor / plant
機能・相同性
機能・相同性情報


pollen tube development / plastid translation / gametophyte development / embryo development ending in seed dormancy / cell communication / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / mitochondrial membrane organization / plastid ...pollen tube development / plastid translation / gametophyte development / embryo development ending in seed dormancy / cell communication / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / mitochondrial membrane organization / plastid / RNA splicing / chloroplast / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pentatricopeptide repeat-containing protein BIR6-like / Mitochondrial ribosomal protein S7, plants / Ribosomal protein S3, mitochondrial, plant / : / : / 30S ribosomal protein S31, plant / : / Ribosomal protein S31e / PPR repeat / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP ...Pentatricopeptide repeat-containing protein BIR6-like / Mitochondrial ribosomal protein S7, plants / Ribosomal protein S3, mitochondrial, plant / : / : / 30S ribosomal protein S31, plant / : / Ribosomal protein S31e / PPR repeat / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / PPR repeat family / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Pentatricopeptide repeat / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / RNA recognition motif / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / RNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / : / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / : / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein L2, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein uS7m / 30S ribosomal protein S16 ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein uS7m / 30S ribosomal protein S16 / S5 DRBM domain-containing protein / Ribosomal protein S21 / Uncharacterized protein / 50S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein uL2 C-terminal domain-containing protein / 50S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL22c / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 30S ribosomal protein S31, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL34m / Ribosomal protein S2 / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS15c / Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein mL43 / Uncharacterized protein / PROP1-like PPR domain-containing protein / 50S ribosomal protein L17 / Small ribosomal subunit protein mS80 (rPPR6) / Small ribosomal subunit protein uS19m / Small ribosomal subunit protein mS81 (rPPR8) / Ribosomal protein / Large ribosomal subunit protein uL16m
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Waltz, F. / Skaltsogiannis, V. / Giege, P.
資金援助 ドイツ, スイス, 2件
組織認可番号国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
Swiss National Science Foundation210561 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into cauliflower mitoribosome in translation state and in association with a late assembly factor.
著者: Vasileios Skaltsogiannis / Philippe Wolff / Tan-Trung Nguyen / Nicolas Corre / David Pflieger / Todd Blevins / Yaser Hashem / Philippe Giegé / Florent Waltz /
要旨: Ribosomes are key molecular machines that translate mRNA into proteins. Mitoribosomes are specific ribosomes found in mitochondria, which have been shown to be remarkably diverse across eukaryotic ...Ribosomes are key molecular machines that translate mRNA into proteins. Mitoribosomes are specific ribosomes found in mitochondria, which have been shown to be remarkably diverse across eukaryotic lineages. In plants, they possess unique features, including additional rRNA domains stabilized by plant-specific proteins. However, the structural specificities of plant mitoribosomes in translation state remained unknown. We used cryo-electron microscopy to provide a high-resolution structural characterization of the cauliflower mitoribosome, in translating and maturation states. The structure reveals the mitoribosome bound with a tRNA in the peptidyl site, along with a segment of mRNA and a nascent polypeptide. Moreover, using structural data, nanopore sequencing and mass spectrometry, we identify a set of 19 ribosomal RNA modifications. Additionally, we observe a late assembly intermediate of the small ribosomal subunit, in complex with the RsgA assembly factor. This reveals how a plant-specific extension of RsgA blocks the mRNA channel to prevent premature mRNA association before complete small subunit maturation. Our findings elucidate key aspects of translation in angiosperm plant mitochondria, revealing its distinct features compared to other eukaryotic lineages.
履歴
登録2024年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12025年12月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
3: 5S rRNA
A: Ribosomal protein S2
B: Small ribosomal subunit protein uS3m
C: uS4m
D: S5 DRBM domain-containing protein
E: bS6m
F: uS7m,Small ribosomal subunit protein uS7m
G: uS8m
H: uS9m
I: Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein
J: uS11m
K: uS12m
L: uS13m
M: uS14m
N: Small ribosomal subunit protein uS15c
O: 30S ribosomal protein S16
P: uS17m
Q: bS18m
R: Small ribosomal subunit protein uS19m
S: Ribosomal protein S21
T: 30S ribosomal protein S31, mitochondrial
U: mS23
V: mS26
W: Small ribosomal subunit protein mS29
X: mS31/mS46
Y: mS33
Z: mS34
a: mS35
b: mS37
c: mS38
d: mS41
e: mS45
f: mS47
g: Small ribosomal subunit protein mS81 (rPPR8)
h: mS83 (rPPR10)
i: PROP1-like PPR domain-containing protein
j: mS76 (rPPR1)
k: mS86
l: Small ribosomal subunit protein mS80 (rPPR6)
1B: Large ribosomal subunit protein uL2 C-terminal domain-containing protein
1C: uL2m N-ter mitochondrial
1D: uL3m
1E: uL4m
1F: uL5m
1G: Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein
1H: bL9m
1I: uL10m
1J: uL11m
1K: 50S ribosomal protein L13
1L: uL14m
1M: uL15m
1N: Large ribosomal subunit protein uL16m
1O: 50S ribosomal protein L17
1P: Ribosomal protein L18e/L15P domain-containing protein
1Q: bL19m
1R: bL20m
1S: bL21m
1T: Large ribosomal subunit protein uL22m
1U: uL23m
1V: uL24m
1W: bL25-2m
1X: bL25m
1Y: 50S ribosomal protein L27
1Z: bL28m
1a: uL29m
1b: uL30m
1c: bL31m
1d: bL32m
1e: bL33m
1f: Large ribosomal subunit protein bL34m
1g: bL35m
1h: Ribosomal protein
1i: mL40
1j: mL41
1k: Large ribosomal subunit protein mL43
1l: mL46
1m: mL53
1o: mL54
1p: mL59/mL64
1q: mL60
1r: mL80
1s: mL87
1t: mL101 (rPPR4)
1u: mL102 (rPPR5)
1v: mL104 (rPPR9)
1: 26S rRNA
2: 18S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,854,784523
ポリマ－3,842,37987
非ポリマー12,405436
水180,99710047
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 312

#1: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 37992.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: GenBank: 2283399346
#86: RNA鎖 26S rRNA


分子量: 944322.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#87: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 570785.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)

-
Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 AS1P

#2: タンパク質 Ribosomal protein S2


分子量: 23743.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH046906
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3CN01
#20: タンパク質 Ribosomal protein S21


分子量: 11541.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH012122
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3AW14
#54: タンパク質 Ribosomal protein L18e/L15P domain-containing protein


分子量: 12654.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3DCH7

-
Small ribosomal subunit protein ... , 7種, 7分子 BINRWgl

#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3m / Ribosomal protein S3 / mitochondrial


分子量: 64731.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH000741
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A068BCX1
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein


分子量: 25251.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH050210
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3CHA1
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15c / 30S ribosomal protein S15 / chloroplastic


分子量: 47211.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH065138
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3D1Z7
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19m / 40S ribosomal protein S19 / mitochondrial


分子量: 23675.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: P39697
#24: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS29


分子量: 54288.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH054439
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3CAV8
#34: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS81 (rPPR8) / Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15980 / mitochondrial


分子量: 75398.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: Q8LPF1
#39: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS80 (rPPR6) / Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02650 / mitochondrial


分子量: 63912.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: P0C896

+
タンパク質 , 63種, 63分子 CDEFGHJKLMPQUVXYZabcdefhijk1C1D1E...

#4: タンパク質 uS4m


分子量: 43438.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH000696
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#5: タンパク質 S5 DRBM domain-containing protein


分子量: 58296.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH015007
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3AS28
#6: タンパク質 bS6m


分子量: 16011.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3CIR5
#7: タンパク質 uS7m,Small ribosomal subunit protein uS7m / Ribosomal protein S7 / mitochondrial


分子量: 17955.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Extension in N-ter not present in UNIPROT,Extension in N-ter not present in UNIPROT GWHPBJSH000704,Extension in N-ter not present in UNIPROT,Extension in N-ter not present in UNIPROT GWHPBJSH000704
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A068BEX5
#8: タンパク質 uS8m


分子量: 14874.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH002412
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#9: タンパク質 uS9m


分子量: 42328.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH080139
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#11: タンパク質 uS11m


分子量: 33108.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH051931
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#12: タンパク質 uS12m


分子量: 14294.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS019876
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#13: タンパク質 uS13m


分子量: 17398.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH064799
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3D1F0
#14: タンパク質 uS14m


分子量: 17928.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS019475
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#17: タンパク質 uS17m


分子量: 12090.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH049400
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#18: タンパク質 bS18m


分子量: 27106.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH076274
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#22: タンパク質 mS23


分子量: 21903.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH071753
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#23: タンパク質 mS26


分子量: 23093.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH068774
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#25: タンパク質 mS31/mS46


分子量: 53476.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH057126
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#26: タンパク質 mS33


分子量: 11631.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS036572
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#27: タンパク質 mS34


分子量: 16650.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH018393
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#28: タンパク質 mS35


分子量: 48589.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH049245
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#29: タンパク質 mS37


分子量: 9227.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#30: タンパク質 mS38


分子量: 14562.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS042575
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#31: タンパク質 mS41


分子量: 12498.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH068514
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#32: タンパク質 mS45


分子量: 44013.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH025481
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3BFU2
#33: タンパク質 mS47


分子量: 45518.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH021410
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#35: タンパク質 mS83 (rPPR10)


分子量: 43364.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH050066
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#36: タンパク質 PROP1-like PPR domain-containing protein


分子量: 82648.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A654ECT9
#37: タンパク質 mS76 (rPPR1)


分子量: 45681.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS003368
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#38: タンパク質 mS86


分子量: 16001.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH080930
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#41: タンパク質 uL2m N-ter mitochondrial


分子量: 31657.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH056804
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#42: タンパク質 uL3m


分子量: 35071.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH008303
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#43: タンパク質 uL4m


分子量: 32921.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH075117
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#44: タンパク質 uL5m


分子量: 21218.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH000742
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#46: タンパク質 bL9m


分子量: 25173.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS006976
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#47: タンパク質 uL10m


分子量: 18917.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS004443
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#48: タンパク質 uL11m


分子量: 17083.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH065595
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#50: タンパク質 uL14m


分子量: 18926.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH089764
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3D9E7
#51: タンパク質 uL15m


分子量: 31222.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH025994
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#55: タンパク質 bL19m


分子量: 26348.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH034513
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3B0P2
#56: タンパク質 bL20m


分子量: 14749.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS041804
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#57: タンパク質 bL21m


分子量: 30869.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#59: タンパク質 uL23m


分子量: 19963.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH001034
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#60: タンパク質 uL24m


分子量: 17547.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH068111
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#61: タンパク質 bL25-2m


分子量: 27350.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH070969
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#62: タンパク質 bL25m


分子量: 29945.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH022473
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3BK40
#64: タンパク質 bL28m


分子量: 24618.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH021367
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#65: タンパク質 uL29m


分子量: 16970.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS024649
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#66: タンパク質 uL30m


分子量: 12322.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH092856
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#67: タンパク質 bL31m


分子量: 15785.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH092851
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#68: タンパク質 bL32m


分子量: 15228.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH071754
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#69: タンパク質 bL33m


分子量: 12503.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS049973
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#71: タンパク質 bL35m


分子量: 19035.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH013115
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#72: タンパク質 Ribosomal protein


分子量: 11452.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: Q8W464
#73: タンパク質 mL40


分子量: 27264.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS047948
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A3P6DV95
#74: タンパク質 mL41


分子量: 10075.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS013782
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#76: タンパク質 mL46


分子量: 27945.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH030844
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#77: タンパク質 mL53


分子量: 14567.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS021933
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#78: タンパク質 mL54


分子量: 13767.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH029436
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#79: タンパク質 mL59/mL64


分子量: 15415.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH003404
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#80: タンパク質 mL60


分子量: 8554.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS017065
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3BIE3
#81: タンパク質 mL80


分子量: 18391.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS033403
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#82: タンパク質 mL87


分子量: 20712.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH067819
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3DDW7
#83: タンパク質 mL101 (rPPR4)


分子量: 55947.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH088794
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#84: タンパク質 mL102 (rPPR5)


分子量: 85473.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH031757
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
#85: タンパク質 mL104 (rPPR9)


分子量: 58508.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH068020
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)

-
30S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 OT

#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 15330.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH018119
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3ALM2
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S31, mitochondrial


分子量: 10524.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS022287
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3C0Z4

-
Large ribosomal subunit protein ... , 6種, 6分子 1B1G1N1T1f1k

#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 C-terminal domain-containing protein


分子量: 23174.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3B6N5
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein


分子量: 11570.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH074602
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3D316
#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16m / 60S ribosomal protein L16 / mitochondrial


分子量: 20186.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH064047
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: Q95747
#58: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22m / 50S ribosomal protein L22 / chloroplastic


分子量: 29793.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3BFS0
#70: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL34m


分子量: 16532.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH048407
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3CKG1
#75: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL43


分子量: 13679.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPDUBS043571
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3DUE5

-
50S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 1K1O1Y

#49: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 23166.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH029441
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3B978
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 18612.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH087064
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A8S9IRX0
#63: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 17095.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GWHPBJSH034173
由来: (天然) Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
参照: UniProt: A0A0D3B184

-
非ポリマー , 5種, 10483分子

#88: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#89: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#90: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#91: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#92: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10047 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Full flowering plant mitochondrial ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#87 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 41.66 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
9PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 343753
3次元再構成解像度: 2.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 219403 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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