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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9g40 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Position 7 CMG-decorated gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain | |||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Tubulin Complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / microtubule organizing center organization / negative regulation of centriole replication / equatorial microtubule organizing center / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / microtubule plus-end / polar microtubule / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / microtubule bundle formation ...Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / microtubule organizing center organization / negative regulation of centriole replication / equatorial microtubule organizing center / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / microtubule plus-end / polar microtubule / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / microtubule bundle formation / gamma-tubulin binding / centrosome cycle / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / regulation of neuron differentiation / pericentriolar material / mitotic spindle pole / establishment of mitotic spindle orientation / centriole replication / negative regulation of neuron differentiation / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / positive regulation of microtubule polymerization / centriole / AURKA Activation by TPX2 / tubulin binding / neurogenesis / meiotic cell cycle / chromosome segregation / neuron migration / brain development / spindle / spindle pole / microtubule cytoskeleton organization / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / cell junction / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton / transcription cis-regulatory region binding / calmodulin binding / centrosome / protein-containing complex binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Munoz-Hernandez, H. / Krutyholowa, R. / Wieczorek, M. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Dev Cell / 年: 2024 タイトル: Partial closure of the γ-tubulin ring complex by CDK5RAP2 activates microtubule nucleation. 著者: Yixin Xu / Hugo Muñoz-Hernández / Rościsław Krutyhołowa / Florina Marxer / Ferdane Cetin / Michal Wieczorek / 要旨: Microtubule nucleation is templated by the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), but its structure deviates from the geometry of α-/β-tubulin in the microtubule, explaining the complex's poor ...Microtubule nucleation is templated by the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), but its structure deviates from the geometry of α-/β-tubulin in the microtubule, explaining the complex's poor nucleating activity. Several proteins may activate the γ-TuRC, but the mechanisms underlying activation are not known. Here, we determined the structure of the porcine γ-TuRC purified using CDK5RAP2's centrosomin motif 1 (CM1). We identified an unexpected conformation of the γ-TuRC bound to multiple protein modules containing MZT2, GCP2, and CDK5RAP2, resulting in a long-range constriction of the γ-tubulin ring that brings it in closer agreement with the 13-protofilament microtubule. Additional CDK5RAP2 promoted γ-TuRC decoration and stimulated the microtubule-nucleating activities of the porcine γ-TuRC and a reconstituted, CM1-free human complex in single-molecule assays. Our results provide a structural mechanism for the control of microtubule nucleation by CM1 proteins and identify conformational transitions in the γ-TuRC that prime it for microtubule nucleation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9g40.cif.gz | 593.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9g40.ent.gz | 446 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9g40.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9g40_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9g40_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9g40_validation.xml.gz | 52.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9g40_validation.cif.gz | 76.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/9g40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/9g40 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 103172.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SsGCP3 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: brain / 参照: UniProt: F1RN46 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 102609.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: brain / 参照: UniProt: A0A480VJI0 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 15920.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: brain / 参照: UniProt: F1RK97 | ||
#4: タンパク質 | 分子量: 215344.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK5RAP2, CEP215, KIAA1633 / 詳細 (発現宿主): (Kan) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pRARE / 参照: UniProt: Q96SN8 Has protein modification | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Gamma-Tubulin Ring Complex in native pig brain / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Listed in "g-TuRC cryo-EM sample preparation" section. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 93207 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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