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- PDB-9f62: Subtomogram average of the Chlamydomonas reinhardtii mitochondria... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 9f62
タイトルSubtomogram average of the Chlamydomonas reinhardtii mitochondrial respirasome I2 III4 IV6
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 3
  • (Cytochrome c oxidase ...) x 4
  • (Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase ...) x 9
  • (Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] ...) x 6
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 6
  • (NADH:ubiquinone oxidoreductase ...) x 11
  • (Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase ...) x 3
  • AGGG
  • ASHI
  • Acyl carrier protein
  • Alpha-MPP
  • B14.5a
  • B9
  • CAG1
  • CAG2 - CA-like
  • Complex III subunit 9
  • Cox5b
  • Cox5c
  • Cox6a
  • Cox6b
  • Cox7a
  • Cox7c
  • CoxIn
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1
  • ESSS
  • KFYI
  • MPP-Beta
  • Mitochondrial putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 6.5 kDa subunit
  • NADH dehydrogenase subunit 4L
  • NUOP7
  • NUOP8
  • P10
  • P9
  • cytochrome-c oxidase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / respirasome / alga / respiration / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


quinol-cytochrome-c reductase / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / NADH dehydrogenase / mitochondrial processing peptidase / mitochondrion targeting sequence binding / protein insertion into mitochondrial inner membrane / NADH dehydrogenase complex / ubiquinone biosynthetic process / respiratory chain complex IV ...quinol-cytochrome-c reductase / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / NADH dehydrogenase / mitochondrial processing peptidase / mitochondrion targeting sequence binding / protein insertion into mitochondrial inner membrane / NADH dehydrogenase complex / ubiquinone biosynthetic process / respiratory chain complex IV / mitochondrial envelope / cytochrome-c oxidase / respiratory chain complex III / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / acyl binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / phosphopantetheine binding / protein transmembrane transporter activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / proton transmembrane transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / electron transport chain / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / metallopeptidase activity / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / protein-containing complex binding / mitochondrion / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / Putative NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / : / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Cytochrome c oxidase, subunit VIb ...Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / Putative NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / : / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Hexapeptide repeat / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / : / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8Q1 / CROTONYL COENZYME A / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP ...Chem-8Q1 / CROTONYL COENZYME A / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / IRON/SULFUR CLUSTER / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase 30kDa subunit domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10 / mitochondrial processing peptidase / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Uncharacterized protein / Complex III subunit 9 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Cytochrome c oxidase subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / Cytochrome b / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 16 kDa subunit / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 10 kDa subunit / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 7.5 kDa subunit / Mitochondrial putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 6.5 kDa subunit / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kDa subunit / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 32 kDa subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit / Acyl carrier protein / NADH:ubiquinone oxidoreductase 78 kDa subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH:ubiquinone oxidoreductase B14 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase 20,9 kD-like subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kD-like subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 12.5 kDa subunit / Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.8 kDa subunit / Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit / NADH dehydrogenase subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase B8 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 8 / NADH:ubiquinone oxidoreductase 24 kD subunit / NADH dehydrogenase subunit 4L / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit / cytochrome-c oxidase / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Cytochrome c1 / Cytochrome c oxidase subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.44 Å
データ登録者Waltz, F. / Righetto, R. / Kotecha, A. / Engel, B.D.
資金援助 ドイツ, スイス, 2件
組織認可番号国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
Swiss National Science Foundation210561 スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: In-cell architecture of the mitochondrial respiratory chain.
著者: Florent Waltz / Ricardo D Righetto / Lorenz Lamm / Thalia Salinas-Giegé / Ron Kelley / Xianjun Zhang / Martin Obr / Sagar Khavnekar / Abhay Kotecha / Benjamin D Engel /
要旨: Mitochondria regenerate adenosine triphosphate (ATP) through oxidative phosphorylation. This process is carried out by five membrane-bound complexes collectively known as the respiratory chain, ...Mitochondria regenerate adenosine triphosphate (ATP) through oxidative phosphorylation. This process is carried out by five membrane-bound complexes collectively known as the respiratory chain, working in concert to transfer electrons and pump protons. The precise organization of these complexes in native cells is debated. We used in situ cryo-electron tomography to visualize the native structures and organization of several major mitochondrial complexes in cells. ATP synthases and respiratory complexes segregate into curved and flat crista membrane domains, respectively. Respiratory complexes I, III, and IV assemble into a respirasome supercomplex, from which we determined a native 5-angstrom (Å) resolution structure showing binding of electron carrier cytochrome . Combined with single-particle cryo-electron microscopy at 2.4-Å resolution, we model how the respiratory complexes organize inside native mitochondria.
履歴
登録2024年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: Cytochrome b
1B: Cytochrome b
1C: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
1D: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
1E: Cytochrome c1
1F: Cytochrome c1
1G: Complex III subunit 9
1H: Complex III subunit 9
1I: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
1J: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
1K: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8
1L: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8
1M: MPP-Beta
1N: MPP-Beta
1O: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10
1P: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10
1Q: Alpha-MPP
1R: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
1S: Alpha-MPP
1T: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
2A: Cytochrome c oxidase subunit 1
2B: Cytochrome c oxidase polypeptide II
2C: cytochrome-c oxidase
2D: Cytochrome c oxidase subunit 3
2E: Cox5b
2F: Cox5c
2G: Cox6a
2H: Cox6b
2I: Cox7c
2J: Cytochrome c oxidase subunit
2K: Cox7a
2L: CoxIn
3A: Cytochrome c oxidase subunit 1
3B: Cytochrome c oxidase polypeptide II
3C: cytochrome-c oxidase
3D: Cytochrome c oxidase subunit 3
3E: Cox5b
3F: Cox5c
3G: Cox6a
3H: Cox6b
3I: Cox7c
3J: Cytochrome c oxidase subunit
3K: Cox7a
3L: CoxIn
4A: Cytochrome c oxidase subunit 1
4B: Cytochrome c oxidase polypeptide II
4C: cytochrome-c oxidase
4D: Cytochrome c oxidase subunit 3
4E: Cox5b
4F: Cox5c
4G: Cox6a
4H: Cox6b
4I: Cox7c
4J: Cytochrome c oxidase subunit
4K: Cox7a
4L: CoxIn
5A: NADH:ubiquinone oxidoreductase 24 kD subunit
5B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
5C: NADH:ubiquinone oxidoreductase 78 kDa subunit
5D: NADH:ubiquinone oxidoreductase 30kDa subunit domain-containing protein
5E: NADH:ubiquinone oxidoreductase 49 kD subunit
5F: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 10
5G: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 8
5H: B14.5a
5I: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit
5J: Acyl carrier protein
5K: NADH:ubiquinone oxidoreductase B14 subunit
5L: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
5M: NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kD-like subunit
5N: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
5O: NADH:ubiquinone oxidoreductase B8 subunit
5P: Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit
5Q: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
5R: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
5S: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
5T: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
5U: NADH dehydrogenase subunit 4L
5V: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
5W: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
5X: ASHI
5Y: P9
5Z: KFYI
5a: AGGG
5b: ESSS
5c: B9
5d: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 10 kDa subunit
5e: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit
5f: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 7.5 kDa subunit
5g: Mitochondrial putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 6.5 kDa subunit
5h: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kDa subunit
5i: NADH:ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit-like
5j: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
5k: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
5l: NADH:ubiquinone oxidoreductase 20,9 kD-like subunit
5m: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
5n: Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 12.5 kDa subunit
5o: Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.8 kDa subunit
5p: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 16 kDa subunit
5q: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit
5r: Acyl carrier protein
5s: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 32 kDa subunit
5t: CAG2 - CA-like
5u: CAG1
5v: P10
5w: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit
5x: NUOP8
5y: NUOP7
6A: Cytochrome b
6B: Cytochrome b
6C: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
6D: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
6E: Cytochrome c1
6F: Cytochrome c1
6G: Complex III subunit 9
6H: Complex III subunit 9
6I: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
6J: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
6K: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8
6L: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8
6M: MPP-Beta
6N: MPP-Beta
6O: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10
6P: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10
6Q: Alpha-MPP
6R: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
6S: Alpha-MPP
6T: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
7A: Cytochrome c oxidase subunit 1
7B: Cytochrome c oxidase polypeptide II
7C: cytochrome-c oxidase
7D: Cytochrome c oxidase subunit 3
7E: Cox5b
7F: Cox5c
7G: Cox6a
7H: Cox6b
7I: Cox7c
7J: Cytochrome c oxidase subunit
7K: Cox7a
7L: CoxIn
8A: Cytochrome c oxidase subunit 1
8B: Cytochrome c oxidase polypeptide II
8C: cytochrome-c oxidase
8D: Cytochrome c oxidase subunit 3
8E: Cox5b
8F: Cox5c
8G: Cox6a
8H: Cox6b
8I: Cox7c
8J: Cytochrome c oxidase subunit
8K: Cox7a
8L: CoxIn
9A: Cytochrome c oxidase subunit 1
9B: Cytochrome c oxidase polypeptide II
9C: cytochrome-c oxidase
9D: Cytochrome c oxidase subunit 3
9E: Cox5b
9F: Cox5c
9G: Cox6a
9H: Cox6b
9I: Cox7c
9J: Cytochrome c oxidase subunit
9K: Cox7a
9L: CoxIn
A: NADH:ubiquinone oxidoreductase 24 kD subunit
B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
C: NADH:ubiquinone oxidoreductase 78 kDa subunit
D: NADH:ubiquinone oxidoreductase 30kDa subunit domain-containing protein
E: NADH:ubiquinone oxidoreductase 49 kD subunit
F: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 10
G: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 8
H: B14.5a
I: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit
J: Acyl carrier protein
K: NADH:ubiquinone oxidoreductase B14 subunit
L: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
M: NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kD-like subunit
N: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
O: NADH:ubiquinone oxidoreductase B8 subunit
P: Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit
Q: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
R: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
S: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
T: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
U: NADH dehydrogenase subunit 4L
V: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
W: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
X: ASHI
Y: P9
Z: KFYI
a: AGGG
b: ESSS
c: B9
d: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 10 kDa subunit
e: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit
f: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 7.5 kDa subunit
g: Mitochondrial putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 6.5 kDa subunit
h: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kDa subunit
i: NADH:ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit-like
j: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
k: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
l: NADH:ubiquinone oxidoreductase 20,9 kD-like subunit
m: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
n: Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 12.5 kDa subunit
o: Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.8 kDa subunit
p: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 16 kDa subunit
q: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit
r: Acyl carrier protein
s: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 32 kDa subunit
t: CAG2 - CA-like
u: CAG1
v: P10
w: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit
x: NUOP8
y: NUOP7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,799,956288
ポリマ－4,769,474214
非ポリマー30,48274
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 27種, 98分子 1A1B6A6B1E1F6E6F1G1H6G6H1M1N6M6N1Q1S6Q6S2C3C4C7C8C9C2E3E4E7E...

#1: タンパク質
Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 42356.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P23662
#3: タンパク質
Cytochrome c1


分子量: 33868.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9FQ96, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質
Complex III subunit 9


分子量: 7040.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JC51
#7: タンパク質
MPP-Beta


分子量: 55121.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J5P7
#9: タンパク質
Alpha-MPP


分子量: 49640.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IKI9
#13: タンパク質
cytochrome-c oxidase / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 17270.035 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9AU02, cytochrome-c oxidase
#15: タンパク質
Cox5b


分子量: 19051.588 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HRZ4
#16: タンパク質
Cox5c


分子量: 10886.307 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J7H8
#17: タンパク質
Cox6a


分子量: 13985.016 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D591
#18: タンパク質
Cox6b


分子量: 17277.316 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IN92
#19: タンパク質
Cox7c


分子量: 11356.865 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IU42
#21: タンパク質
Cox7a


分子量: 6532.420 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D1M1
#22: タンパク質
CoxIn


分子量: 9905.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JEU7
#30: タンパク質 B14.5a


分子量: 13790.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JHV4
#32: タンパク質
Acyl carrier protein


分子量: 13682.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UKY4
#43: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 24258.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q84K56
#46: タンパク質 ASHI


分子量: 17110.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JCW1
#47: タンパク質 P9


分子量: 6764.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DYZ8
#48: タンパク質 KFYI


分子量: 13848.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J6N0
#49: タンパク質 AGGG


分子量: 14270.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J815
#50: タンパク質 ESSS


分子量: 19630.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J843
#51: タンパク質 B9


分子量: 7334.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IVG9
#55: タンパク質 Mitochondrial putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 6.5 kDa subunit


分子量: 6497.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QIV8, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#67: タンパク質 CAG2 - CA-like


分子量: 31209.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JFK6
#68: タンパク質 CAG1


分子量: 24319.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JHY4
#71: タンパク質 NUOP8


分子量: 17157.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IS53
#72: タンパク質 NUOP7


分子量: 13655.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JA22

+
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 3種, 12分子 1C1D6C6D1I1J6I6J1R1T6R6T

#2: タンパク質
Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 28545.494 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q8HEB4, quinol-cytochrome-c reductase
#5: タンパク質
Cytochrome b-c1 complex subunit 6


分子量: 7991.032 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J8N9
#10: タンパク質
Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 14062.162 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HX89

+
Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit ... , 2種, 8分子 1K1L6K6L1O1P6O6P

#6: タンパク質
Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8


分子量: 8678.994 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J7I9, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質
Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10


分子量: 6476.588 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J4K5, quinol-cytochrome-c reductase

+
Cytochrome c oxidase ... , 4種, 24分子 2A3A4A7A8A9A2B3B4B7B8B9B2D3D4D7D8D9D2J3J4J7J8J9J

#11: タンパク質
Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 55194.918 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P08681, cytochrome-c oxidase
#12: タンパク質
Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 30716.742 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9AU05
#14: タンパク質
Cytochrome c oxidase subunit 3


分子量: 41453.922 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9FV97
#20: タンパク質
Cytochrome c oxidase subunit


分子量: 11694.374 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q8LK22

+
NADH:ubiquinone oxidoreductase ... , 11種, 22分子 5AA5CC5DD5EE5FF5GG5KK5MM5OO5ii5ll

#23: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 24 kD subunit


分子量: 30643.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V9B3, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#25: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 78 kDa subunit


分子量: 78432.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UKY6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#26: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 30kDa subunit domain-containing protein


分子量: 32178.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IHL3
#27: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 49 kD subunit


分子量: 52672.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V9A8, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#28: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 10


分子量: 18144.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V9B0, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#29: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 8


分子量: 26530.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V9B1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#33: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase B14 subunit


分子量: 16135.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UKY9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#35: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kD-like subunit


分子量: 16306.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UP30, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#37: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase B8 subunit


分子量: 11012.532 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V9A9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#57: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit-like


分子量: 9565.950 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6TH88, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#60: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 20,9 kD-like subunit


分子量: 13461.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UP28, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] ... , 6種, 12分子 5BB5LL5NN5jj5kk5mm

#24: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 52303.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8ICJ1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#34: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial


分子量: 20648.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UP29
#36: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 18034.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UP31
#58: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7


分子量: 10295.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UKY7
#59: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Complex I-B22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit


分子量: 13951.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UKY8
#61: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13


分子量: 16400.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UP32

+
Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase ... , 9種, 18分子 5II5dd5ee5ff5hh5pp5qq5ss5ww

#31: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit


分子量: 17977.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UKY3, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#52: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 10 kDa subunit


分子量: 9994.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QAY2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#53: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit


分子量: 23390.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QAY4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#54: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 7.5 kDa subunit


分子量: 7651.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QIV4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#56: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 13 kDa subunit


分子量: 16187.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QIV9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#64: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 16 kDa subunit


分子量: 15291.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QAY0, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#65: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit


分子量: 22349.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QAY1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#66: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 32 kDa subunit / Putative gamma carbonic anhydrase


分子量: 32729.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6S7R7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase
#70: タンパク質 Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit


分子量: 12159.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6QAY5, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase

+
Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase ... , 3種, 6分子 5PP5nn5oo

#38: タンパク質 Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit


分子量: 43709.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V506
#62: タンパク質 Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 12.5 kDa subunit


分子量: 12542.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V504
#63: タンパク質 Putative NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.8 kDa subunit


分子量: 17907.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V505

+
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 6種, 12分子 5QQ5RR5SS5TT5VV5WW

#39: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 31606.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P11658, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#40: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 42834.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Extension in N-ter not present in UNIPROT entry,Extension in N-ter not present in UNIPROT entry
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P08740, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#41: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 30207.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6V502
#42: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 48766.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P20113, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#44: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 59087.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P08739, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#45: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 17756.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P10329, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

+
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 5vv

#69: タンパク質・ペプチド P10


分子量: 5122.813 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Frame shifted version of CHLRE_08g368050v5
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
非ポリマー , 13種, 74分子

#73: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#74: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#75: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#76: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#77: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#78: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#79: 化合物
ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#80: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#81: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#82: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#83: 化合物
ChemComp-8Q1 / S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate / S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine


分子量: 540.651 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N2O8PS
#84: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#85: 化合物 ChemComp-COO / CROTONYL COENZYME A


分子量: 835.608 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O17P3S

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

-
試料調製

構成要素名称: Chlamydomonas reinhardtii / タイプ: CELL / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-3994 mat3-4 mt+
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 3.5 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 143.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1STOPGAP0.7.1volume selection
2PyTom0.5.0volume selection
3FEI tomography5画像取得
5RELION4CTF補正
12RELION4最終オイラー角割当
13RELION4分類
14RELION4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 5.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14488 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection手法: Template Matching / Num. of tomograms: 131 / Num. of volumes extracted: 26591

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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