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万見
- PDB-9f5z: Structure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex II... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f5z
タイトルStructure of the Chlamydomonas reinhardtii respiratory complex III from respiratory supercomplex
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 3
  • (Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit ...) x 2
  • Alpha-MPP
  • Complex III subunit 9
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1
  • MPP-Beta
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mitochondria / respiratory complex / respiration / alga
機能・相同性
機能・相同性情報


quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial processing peptidase / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metallopeptidase activity / electron transfer activity ...quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial processing peptidase / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metallopeptidase activity / electron transfer activity / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 ...Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / CARDIOLIPIN / HEME C / Chem-PC7 / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-UQ5 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Uncharacterized protein / Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10 / mitochondrial processing peptidase ...1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / CARDIOLIPIN / HEME C / Chem-PC7 / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-UQ5 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Uncharacterized protein / Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10 / mitochondrial processing peptidase / Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Complex III subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome c1
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Waltz, F. / Righetto, R. / Kotecha, A. / Engel, B.D.
資金援助 ドイツ, スイス, 2件
組織認可番号国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
Swiss National Science Foundation210561 スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: In-cell architecture of the mitochondrial respiratory chain.
著者: Florent Waltz / Ricardo D Righetto / Lorenz Lamm / Thalia Salinas-Giegé / Ron Kelley / Xianjun Zhang / Martin Obr / Sagar Khavnekar / Abhay Kotecha / Benjamin D Engel /
要旨: Mitochondria regenerate adenosine triphosphate (ATP) through oxidative phosphorylation. This process is carried out by five membrane-bound complexes collectively known as the respiratory chain, ...Mitochondria regenerate adenosine triphosphate (ATP) through oxidative phosphorylation. This process is carried out by five membrane-bound complexes collectively known as the respiratory chain, working in concert to transfer electrons and pump protons. The precise organization of these complexes in native cells is debated. We used in situ cryo-electron tomography to visualize the native structures and organization of several major mitochondrial complexes in cells. ATP synthases and respiratory complexes segregate into curved and flat crista membrane domains, respectively. Respiratory complexes I, III, and IV assemble into a respirasome supercomplex, from which we determined a native 5-angstrom (Å) resolution structure showing binding of electron carrier cytochrome . Combined with single-particle cryo-electron microscopy at 2.4-Å resolution, we model how the respiratory complexes organize inside native mitochondria.
履歴
登録2024年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: Cytochrome b
1B: Cytochrome b
1C: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
1D: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
1E: Cytochrome c1
1F: Cytochrome c1
1G: Complex III subunit 9
1H: Complex III subunit 9
1I: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
1J: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
1K: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8
1L: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8
1M: MPP-Beta
1N: MPP-Beta
1O: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10
1P: Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10
1Q: Alpha-MPP
1R: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
1S: Alpha-MPP
1T: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)533,13651
ポリマ－507,56220
非ポリマー25,57431
水9,692538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 5種, 10分子 1A1B1E1F1G1H1M1N1Q1S

#1: タンパク質 Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 42356.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P23662
#3: タンパク質 Cytochrome c1


分子量: 33868.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9FQ96, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 Complex III subunit 9


分子量: 7040.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JC51
#7: タンパク質 MPP-Beta


分子量: 55121.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J5P7
#9: タンパク質 Alpha-MPP


分子量: 49640.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IKI9

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Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 3種, 6分子 1C1D1I1J1R1T

#2: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 28545.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q8HEB4, quinol-cytochrome-c reductase
#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6


分子量: 7991.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J8N9
#10: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 14062.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HX89

-
Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 1K1L1O1P

#6: タンパク質 Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8


分子量: 8678.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J7I9, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 Mitochondrial ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10


分子量: 6476.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J4K5, quinol-cytochrome-c reductase

-
非ポリマー , 8種, 569分子

#11: 化合物
ChemComp-UQ5 / 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE / ユビキノン5


分子量: 522.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H50O4
#12: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#13: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#14: 化合物
ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#15: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物 ChemComp-PC7 / (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 1-PALMITOYL-2-STEAROYL-PC


分子量: 763.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H85NO8P / コメント: リン脂質*YM
#17: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chlamydomonas reinhardtii respirasome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
5cryoSPARCCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83443 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.006139259
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.865188735
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.39120602
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05320306
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00723689

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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