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万見
- PDB-9d9w: Mycobacteriophage Bxb1 C1 Capsid and Portal - Composite map and model -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d9w
タイトルMycobacteriophage Bxb1 C1 Capsid and Portal - Composite map and model
要素
  • Major capsid protein
  • Portal protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Bacteriophage / Mycobacteriophage Bxb1 / capsid / portal / VIRUS
機能・相同性Portal protein / Phage portal protein, SPP1 Gp6-like / Phage capsid / Phage capsid family / Major capsid protein / Portal protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Freeman, K.G.
資金援助 米国, 台湾, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K99AI173544 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116884 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)GT12053 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD025009 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD019995 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD032467 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
Academia Sinica (Taiwan)AS-IDR-110-06 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and infection dynamics of mycobacteriophage Bxb1
著者: Freeman, K.G. / Mondal, S. / Macale, L.S. / Podgorski, J. / White, S.J. / Silva, B. / Ortiz, V. / Huet, A. / Narsico, J.T. / Ho, M.C. / Jacobs-Sera, D. / Lowary, T.L. / Conway, J.F. / Park, D. / Hatfull, G.F.
履歴
登録2024年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Aa: Major capsid protein
Ab: Major capsid protein
Ac: Major capsid protein
Ad: Major capsid protein
Ae: Major capsid protein
Af: Major capsid protein
Ba: Major capsid protein
Bb: Major capsid protein
Bc: Major capsid protein
Bd: Major capsid protein
Be: Major capsid protein
Bf: Major capsid protein
Ca: Major capsid protein
Cb: Major capsid protein
Cc: Major capsid protein
Cd: Major capsid protein
Ce: Major capsid protein
Cf: Major capsid protein
Da: Major capsid protein
Db: Major capsid protein
Dc: Major capsid protein
Dd: Major capsid protein
De: Major capsid protein
Df: Major capsid protein
Ea: Major capsid protein
Eb: Major capsid protein
Ec: Major capsid protein
Ed: Major capsid protein
Ee: Major capsid protein
Ef: Major capsid protein
Fa: Portal protein
Fb: Portal protein
Fc: Portal protein
Fd: Portal protein
Fe: Portal protein
Ff: Portal protein
Fg: Portal protein
Fh: Portal protein
Fi: Portal protein
Fj: Portal protein
Fk: Portal protein
Fl: Portal protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,902,12942
ポリマ－1,902,12942
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Major capsid protein


分子量: 41875.461 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9B0A7
#2: タンパク質
Portal protein


分子量: 53822.113 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9B0B0
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mycobacterium phage Bxb1 / タイプ: VIRUS
詳細: Portal and connector complex of Bxb1, containing five protein subunit types. This is a composite map, and related entries for consensus and locally refined maps are noted.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21YES
由来(天然)生物種: Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / 株: Mycobacterium phage Bxb1
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTrisC4H11NO31
21 mMMagnesium sulfateMgSO41
368.44 mMSodium chlorideNaCl1
41 mMCalcium chlorideCaCl21
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 33132 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.006133098
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.695181460
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.2518457
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04520807
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00623804

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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