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万見
- PDB-9bra: Intact V-ATPase State 2 and synaptophysin complex in mouse brain ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 9bra
タイトルIntact V-ATPase State 2 and synaptophysin complex in mouse brain isolated synaptic vesicles
要素
  • (V-type proton ATPase ...) x 14
  • Renin receptor cytoplasmic fragment
  • Ribonuclease kappa
  • Synaptophysin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / V-ATPase / synaptic vesicle
機能・相同性
機能・相同性情報


Ion channel transport / regulation of opioid receptor signaling pathway / Amino acids regulate mTORC1 / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / Transferrin endocytosis and recycling / Insulin receptor recycling / eye pigmentation / central nervous system maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / transporter activator activity ...Ion channel transport / regulation of opioid receptor signaling pathway / Amino acids regulate mTORC1 / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / Transferrin endocytosis and recycling / Insulin receptor recycling / eye pigmentation / central nervous system maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / transporter activator activity / negative regulation of autophagic cell death / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / rostrocaudal neural tube patterning / RHOA GTPase cycle / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / cellular response to increased oxygen levels / regulation of synaptic vesicle priming / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / ROS and RNS production in phagocytes / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / synaptic vesicle lumen acidification / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / P-type proton-exporting transporter activity / intracellular organelle / endosome to plasma membrane protein transport / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar transport / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting V-type ATPase complex / neuron spine / head morphogenesis / vacuolar acidification / osteoclast development / protein localization to cilium / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / neuron projection terminus / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / syntaxin-1 binding / cholesterol binding / ATPase complex / regulation of MAPK cascade / regulation of neuronal synaptic plasticity / presynaptic active zone / microvillus / ATPase activator activity / excitatory synapse / autophagosome membrane / positive regulation of Wnt signaling pathway / synaptic vesicle endocytosis / cilium assembly / transmembrane transporter complex / endomembrane system / regulation of macroautophagy / angiotensin maturation / ATP metabolic process / H+-transporting two-sector ATPase / axon terminus / ruffle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / RNA endonuclease activity / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / Neutrophil degranulation / SH2 domain binding / receptor-mediated endocytosis / proton transmembrane transport / SNARE binding / secretory granule / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / neuromuscular junction / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / transmembrane transport / cilium / small GTPase binding / synaptic vesicle membrane / endocytosis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / melanosome / synaptic vesicle / apical part of cell / myelin sheath / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / ATPase binding / cell body / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade
類似検索 - 分子機能
Synaptophysin/synaptoporin / Synaptophysin / synaptoporin signature. / Marvel domain / Membrane-associating domain / MARVEL domain profile. / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like ...Synaptophysin/synaptoporin / Synaptophysin / synaptoporin signature. / Marvel domain / Membrane-associating domain / MARVEL domain profile. / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / ATPase, V1 complex, subunit A / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase subunit d 1 / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / Synaptophysin / V-type proton ATPase subunit H / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' ...V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase subunit d 1 / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / Synaptophysin / V-type proton ATPase subunit H / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / V-type proton ATPase subunit e 2 / Renin receptor / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase subunit S1 / V-type proton ATPase subunit G 2 / V-type proton ATPase subunit C 1 / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Wang, C. / Jiang, W. / Yang, K. / Wang, X. / Guo, Q. / Brunger, A.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)RO1MH63105 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structure and topography of the synaptic V-ATPase-synaptophysin complex.
著者: Chuchu Wang / Wenhong Jiang / Jeremy Leitz / Kailu Yang / Luis Esquivies / Xing Wang / Xiaotao Shen / Richard G Held / Daniel J Adams / Tamara Basta / Lucas Hampton / Ruiqi Jian / Lihua Jiang ...著者: Chuchu Wang / Wenhong Jiang / Jeremy Leitz / Kailu Yang / Luis Esquivies / Xing Wang / Xiaotao Shen / Richard G Held / Daniel J Adams / Tamara Basta / Lucas Hampton / Ruiqi Jian / Lihua Jiang / Michael H B Stowell / Wolfgang Baumeister / Qiang Guo / Axel T Brunger /
要旨: Synaptic vesicles are organelles with a precisely defined protein and lipid composition, yet the molecular mechanisms for the biogenesis of synaptic vesicles are mainly unknown. Here we discovered a ...Synaptic vesicles are organelles with a precisely defined protein and lipid composition, yet the molecular mechanisms for the biogenesis of synaptic vesicles are mainly unknown. Here we discovered a well-defined interface between the synaptic vesicle V-ATPase and synaptophysin by in situ cryo-electron tomography and single-particle cryo-electron microscopy of functional synaptic vesicles isolated from mouse brains. The synaptic vesicle V-ATPase is an ATP-dependent proton pump that establishes the proton gradient across the synaptic vesicle, which in turn drives the uptake of neurotransmitters. Synaptophysin and its paralogues synaptoporin and synaptogyrin belong to a family of abundant synaptic vesicle proteins whose function is still unclear. We performed structural and functional studies of synaptophysin-knockout mice, confirming the identity of synaptophysin as an interaction partner with the V-ATPase. Although there is little change in the conformation of the V-ATPase upon interaction with synaptophysin, the presence of synaptophysin in synaptic vesicles profoundly affects the copy number of V-ATPases. This effect on the topography of synaptic vesicles suggests that synaptophysin assists in their biogenesis. In support of this model, we observed that synaptophysin-knockout mice exhibit severe seizure susceptibility, suggesting an imbalance of neurotransmitter release as a physiological consequence of the absence of synaptophysin.
履歴
登録2024年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
8: V-type proton ATPase subunit E 1
R: V-type proton ATPase subunit G 2
9: V-type proton ATPase subunit E 1
T: V-type proton ATPase subunit G 2
Q: V-type proton ATPase subunit E 1
V: V-type proton ATPase subunit G 2
0: V-type proton ATPase catalytic subunit A
1: V-type proton ATPase catalytic subunit A
2: V-type proton ATPase catalytic subunit A
3: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
4: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
5: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
6: V-type proton ATPase subunit C 1
7: V-type proton ATPase subunit D
U: V-type proton ATPase subunit H
X: V-type proton ATPase subunit F
a: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1
b: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''
d: V-type proton ATPase subunit d 1
g: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
h: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
i: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
j: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
k: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
l: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
m: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
n: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
o: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
p: Renin receptor cytoplasmic fragment
c: V-type proton ATPase subunit S1
f: Ribonuclease kappa
s: Synaptophysin
e: V-type proton ATPase subunit e 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,081,50233
ポリマ－1,081,50233
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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V-type proton ATPase ... , 14種, 30分子 89QRTV01234567UXabdghijklmnoce

#1: タンパク質 V-type proton ATPase subunit E 1 / V-ATPase subunit E 1 / V-ATPase 31 kDa subunit / p31 / Vacuolar proton pump subunit E 1


分子量: 26196.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VATE1_MOUSE V-type proton ATPase subunit E 1 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P50518
#2: タンパク質 V-type proton ATPase subunit G 2 / V-ATPase subunit G 2 / V-ATPase 13 kDa subunit 2 / Vacuolar proton pump subunit G 2


分子量: 13674.476 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VATG2_MOUSE V-type proton ATPase subunit G 2 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9WTT4
#3: タンパク質 V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-ATPase subunit A / V-ATPase 69 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit alpha


分子量: 68402.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VATA_MOUSE V-type proton ATPase catalytic subunit A / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P50516, H+-transporting two-sector ATPase
#4: タンパク質 V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-ATPase subunit B 2 / Endomembrane proton pump 58 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit B 2


分子量: 56611.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VATB2_MOUSE V-type proton ATPase subunit B / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62814
#5: タンパク質 V-type proton ATPase subunit C 1 / V-ATPase subunit C 1 / Vacuolar proton pump subunit C 1


分子量: 43945.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VATC1_MOUSE V-type proton ATPase subunit C 1 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9Z1G3
#6: タンパク質 V-type proton ATPase subunit D / V-ATPase subunit D / V-ATPase 28 kDa accessory protein / Vacuolar proton pump subunit D


分子量: 28419.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VATD_MOUSE V-type proton ATPase subunit D / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P57746
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / Vacuolar proton pump subunit H


分子量: 55922.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VATH_MOUSE V-type proton ATPase subunit H / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BVE3
#8: タンパク質 V-type proton ATPase subunit F / V-ATPase subunit F / V-ATPase 14 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit F


分子量: 13389.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VATF_MOUSE V-type proton ATPase subunit F / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D1K2
#9: タンパク質 V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-ATPase 116 kDa subunit a 1 / Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit ...V-ATPase 116 kDa subunit a 1 / Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit / Vacuolar adenosine triphosphatase subunit Ac116 / Vacuolar proton pump subunit 1 / Vacuolar proton translocating ATPase 116 kDa subunit a isoform 1


分子量: 96442.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: VPP1_MOUSE V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9Z1G4
#10: タンパク質 V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / V-ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / 23 kDa subunit of V-ATPase / Vacuolar proton pump 21 kDa ...V-ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / 23 kDa subunit of V-ATPase / Vacuolar proton pump 21 kDa proteolipid subunit c''


分子量: 21618.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: VATO_MOUSE V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q91V37
#11: タンパク質 V-type proton ATPase subunit d 1 / V-ATPase subunit d 1 / P39 / Physophilin / V-ATPase 40 kDa accessory protein / V-ATPase AC39 ...V-ATPase subunit d 1 / P39 / Physophilin / V-ATPase 40 kDa accessory protein / V-ATPase AC39 subunit / Vacuolar proton pump subunit d 1


分子量: 40341.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VA0D1_MOUSE V-type proton ATPase subunit d 1 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P51863
#12: タンパク質
V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / PL16 / Vacuolar proton pump 16 kDa proteolipid subunit c


分子量: 15815.833 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然
詳細: VATL_MOUSE V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63082
#14: タンパク質 V-type proton ATPase subunit S1 / V-ATPase subunit S1 / Protein C7-1 / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / ...V-ATPase subunit S1 / Protein C7-1 / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / Vacuolar proton pump subunit S1


分子量: 51046.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VAS1_MOUSE V-type proton ATPase subunit S1 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9R1Q9
#17: タンパク質 V-type proton ATPase subunit e 2 / V-ATPase subunit e 2 / Vacuolar proton pump subunit e 2


分子量: 9203.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VA0E2_MOUSE V-type proton ATPase subunit e 2 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q91XE7

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タンパク質 , 3種, 3分子 pfs

#13: タンパク質 Renin receptor cytoplasmic fragment


分子量: 39128.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RENR_MOUSE Renin receptor / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CYN9
#15: タンパク質 Ribonuclease kappa / RNase K / RNase kappa / V-type proton ATPase subunit f / V-ATPase subunit f


分子量: 11000.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RNK_MOUSE Ribonuclease kappa / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q8K3C0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#16: タンパク質 Synaptophysin / BM89 antigen / Major synaptic vesicle protein p38


分子量: 34045.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SYPH_MOUSE Synaptophysin / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q62277

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mouse brain isolated glutamatergic synaptic vesicles
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The specimen state should be an intact subcellular component.
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25667 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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