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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9b1e | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of native SWR1 bound to nucleosome (composite structure) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / Chromatin Remodeler / Snf2 family ATPase / histone exchange / H2A.Z | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / RCAF complex / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RNA Polymerase I Promoter Escape / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins ...Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / RCAF complex / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RNA Polymerase I Promoter Escape / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / HATs acetylate histones / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / polytene chromosome / R2TP complex / protein targeting to vacuole / Swr1 complex / Ino80 complex / endoplasmic reticulum organization / box C/D snoRNP assembly / 3'-5' DNA helicase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / nucleosome binding / nucleosomal DNA binding / DNA helicase activity / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nuclear periphery / structural constituent of chromatin / rRNA processing / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase / protein stabilization / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Louder, R.K. / Park, G. / Wu, C. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2024 タイトル: Molecular basis of global promoter sensing and nucleosome capture by the SWR1 chromatin remodeler 著者: Louder, R.K. / Park, G. / Ye, Z. / Cha, J.S. / Gardner, A.M. / Lei, Q. / Ranjan, A. / Hollmuller, E. / Stengel, F. / Pugh, B.F. / Wu, C. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9b1e.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9b1e.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9b1e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9b1e_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9b1e_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9b1e_validation.xml.gz | 144.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9b1e_validation.cif.gz | 220.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/9b1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/9b1e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 44075MC 9b1dC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 7種, 11分子 ACKQSRTUWVX
#1: タンパク質 | 分子量: 178058.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Fusion protein with C-terminal 3xFLAG 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) Variant: W1558-4C / 参照: DNA helicase | ||||||
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#3: タンパク質 | 分子量: 50100.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) Variant: W1558-4C / 参照: UniProt: Q12509 | ||||||
#7: タンパク質 | 分子量: 72648.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) Variant: W1558-4C / 参照: UniProt: P31376 | ||||||
#8: タンパク質 | 分子量: 14013.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HTA1, GI527_G0001155 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1K4 #9: タンパク質 | 分子量: 14280.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HTB1, GI527_G0001154 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5PZQ7 #10: タンパク質 | 分子量: 15421.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: His3, His3:CG31613, CG31613, His3:CG33803, CG33803, His3:CG33806, CG33806, His3:CG33809, CG33809, His3:CG33812, CG33812, His3:CG33815, CG33815, His3:CG33818, CG33818, His3:CG33821, ...遺伝子: His3, His3:CG31613, CG31613, His3:CG33803, CG33803, His3:CG33806, CG33806, His3:CG33809, CG33809, His3:CG33812, CG33812, His3:CG33815, CG33815, His3:CG33818, CG33818, His3:CG33821, CG33821, His3:CG33824, CG33824, His3:CG33827, CG33827, His3:CG33830, CG33830, His3:CG33833, CG33833, His3:CG33836, CG33836, His3:CG33839, CG33839, His3:CG33842, CG33842, His3:CG33845, CG33845, His3:CG33848, CG33848, His3:CG33851, CG33851, His3:CG33854, CG33854, His3:CG33857, CG33857, His3:CG33860, CG33860, His3:CG33863, CG33863, His3:CG33866, CG33866 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02299 #11: タンパク質 | 分子量: 11408.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: His4r, BcDNA:RH52884, CG3379, Dmel\CG3379, FBtr0082962, H4r, His4-88CD, His4R, CG3379, Dmel_CG3379 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4KFZ9 |
-Vacuolar protein sorting-associated protein ... , 2種, 2分子 BD
#2: タンパク質 | 分子量: 90709.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) Variant: W1558-4C / 参照: UniProt: Q03388 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 32073.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) Variant: W1558-4C / 参照: UniProt: Q03433 |
-RuvB-like protein ... , 2種, 6分子 EGIFHJ
#5: タンパク質 | 分子量: 91413.242 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 詳細: Fusion protein with C-terminal maltose-binding protein 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) Variant: W1558-4C / 参照: DNA helicase #6: タンパク質 | 分子量: 51673.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) Variant: W1558-4C / 参照: UniProt: Q12464, DNA helicase |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 YZ
#12: DNA鎖 | 分子量: 65672.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#13: DNA鎖 | 分子量: 66478.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 20分子
#14: 化合物 | ChemComp-ADP / #15: 化合物 | #16: 化合物 | ChemComp-MG / #17: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 80 nM SWR1, 160 nM nucleosomes, 1 mM ADP, 10 mM NaF, 8 mM BeCl2, 0.05% glutaraldehyde, 20 mM HEPES-KOH pH 7.6, 1.5 mM MgCl2, 0.25 mM TCEP, 0.01% IGEPAL CA-630, 1% glycerol | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.08 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3 second blot time and blot force of 10. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 48543 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7260 詳細: Each micrograph was fractionated into 64 frames within a 4 second exposure. |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 525782 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16524 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 200 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 187.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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