PDB-8znd: Cryo-EM structure of W89F mutated Glutamate dehydrogenase from Th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8znd

タイトル

Cryo-EM structure of W89F mutated Glutamate dehydrogenase from Thermococcus profundus incorporating NADPH and a substrate in the steady stage of reaction

要素

Glutamate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Complex / NADPH / substrate / Mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus profundus (古細菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Wakabayashi, T. / Nakasako, M.

資金援助

日本, 13件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	jp13480214	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	jp19204042	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	jp22244054	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	jp21H01050	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	jp26800227	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18J11653	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	jp15076210	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	jp20050030	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	jp22018027	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	jp23120525	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	jp25120725	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	jp15H01647	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	jp17H05891	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism for drastic reduction in catalytic activity of Trp89Phe-mutated glutamate dehydrogenase revealed by crystal structure and cryoEM-sampling of metastable conformation in action
著者: Wakabayashi, T. / Oide, M. / Matsui, Y. / Nakasako, M.

履歴

登録	2024年5月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8znd.cif.gz	85.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8znd.ent.gz	62.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8znd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/8znd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/8znd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	60268MC 60266C 60267C 60270C 8znbC 8zncC 8zngC 8zmu M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

47.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase / GDH 分子量: 46360.004 Da / 分子数: 1 / 変異: W89F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus profundus (古細菌) / 遺伝子: gdhA, gdh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74024, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Hexamer of W89F mutated glutamate dehydrogenase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.280 MDa / 実験値: YES

由来(天然)

生物種:

Thermococcus profundus (古細菌)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 7.5
詳細: 0.5 mM NADP, 100 mM Glutamate in 5 mM Tris-HCl at pH7.5.

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	0.5 mM	Sodium Nicotiamide adenine dinucleotide phosphate	C₂₁H₂₇N₇NaO₁₇P₃	1
2	100 mM	monosodium glutamate	C₅H₈NNaO₄	1
3	5 mM	tris(hydroxymethyl)aminomethane	C₄H₁₁NO₃	1

試料

濃度: 9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 8.96 mg/mL GDH W89F

試料支持

詳細: Both sides of the grid were glow-discharged for 45 s at 20 mA and 20 Pa.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K
詳細: The sample solution was flash-frozen 2-h after mixing the protein solution and buffer solution.

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 350 nm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7651

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	RELION	4	粒子像選択
2	SerialEM		画像取得
4	CTFFIND	4.1.14	CTF補正
7	PHENIX		モデルフィッティング
9	PHENIX		モデル精密化
10	RELION	4	初期オイラー角割当
11	RELION	4	最終オイラー角割当
12	RELION	4	分類
13	RELION	4	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 3534400

3次元再構成

解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 225530 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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