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- PDB-8z70: State 1 (S1) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs during mRNA d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z70
タイトルState 1 (S1) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs during mRNA decoding
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 41
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 33
  • (tRNA) x 2
  • 18S rRNA
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • Elongation factor 1-alpha 1
キーワードRIBOSOME / 80S
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl nucleotide binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / kinase activator activity / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling ...guanyl nucleotide binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / kinase activator activity / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / nonfunctional rRNA decay / response to cycloheximide / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of translational frameshifting / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / positive regulation of protein kinase activity / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / 90S preribosome / G-protein alpha-subunit binding / Ub-specific processing proteases / translation elongation factor activity / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational termination / maturation of LSU-rRNA / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / cellular response to amino acid starvation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / protein kinase C binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / small-subunit processome / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / translation / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EF1A, eukaryotic/archaeal / : / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / : / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / : / Ribosomal protein S26e signature. ...Translation elongation factor EF1A, eukaryotic/archaeal / : / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / : / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS17A / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein eL6B / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11B / Small ribosomal subunit protein eS26A / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Elongation factor 1-alpha 1 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL21A / Small ribosomal subunit protein eS10A / Large ribosomal subunit protein eL13A / Large ribosomal subunit protein uL5B / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Cheng, J. / Wu, C.L. / Li, J.X. / Zhang, X.Z.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930069 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32150010 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37040101 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Capturing eukaryotic ribosome dynamics in situ at high resolution.
著者: Jing Cheng / Chunling Wu / Junxi Li / Qi Yang / Mingjie Zhao / Xinzheng Zhang /
要旨: Many protein complexes are highly dynamic in cells; thus, characterizing their conformational changes in cells is crucial for unraveling their functions. Here, using cryo-electron microscopy, 451,700 ...Many protein complexes are highly dynamic in cells; thus, characterizing their conformational changes in cells is crucial for unraveling their functions. Here, using cryo-electron microscopy, 451,700 ribosome particles from Saccharomyces cerevisiae cell lamellae were obtained to solve the 60S region to 2.9-Å resolution by in situ single-particle analysis. Over 20 distinct conformations were identified by three-dimensional classification with resolutions typically higher than 4 Å. These conformations were used to reconstruct a complete elongation cycle of eukaryotic translation with elongation factors (eEFs). We found that compact eEF2 anchors to the partially rotated ribosome after subunit rolling and hypothesize that it stabilizes the local conformation for peptidyl transfer. Moreover, open-eEF3 binding to a fully rotated ribosome was observed, whose conformational change was coupled with head swiveling and body back-rotation of the 40S subunit.
履歴
登録2024年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 18S rRNA
SA: Small ribosomal subunit protein uS3
SB: Small ribosomal subunit protein uS7
SC: Small ribosomal subunit protein eS10A
SD: Small ribosomal subunit protein eS12
SE: Small ribosomal subunit protein uS19
SF: Small ribosomal subunit protein uS9A
SG: Small ribosomal subunit protein eS17A
SH: Small ribosomal subunit protein uS13A
SI: Small ribosomal subunit protein eS19A
SJ: Small ribosomal subunit protein uS10
SK: Small ribosomal subunit protein eS25A
SL: Small ribosomal subunit protein eS28A
SM: Small ribosomal subunit protein uS14A
SN: Small ribosomal subunit protein eS31
SO: Small ribosomal subunit protein RACK1
SP: Small ribosomal subunit protein uS2A
SQ: Small ribosomal subunit protein eS1A
SR: Small ribosomal subunit protein uS5
SS: Small ribosomal subunit protein eS4A
ST: Small ribosomal subunit protein eS6A
SU: Small ribosomal subunit protein eS7A
SV: Small ribosomal subunit protein eS8A
SW: Small ribosomal subunit protein uS4A
SX: Small ribosomal subunit protein uS17A
SY: Small ribosomal subunit protein uS15
SZ: Small ribosomal subunit protein uS11B
Sa: Small ribosomal subunit protein eS21A
Sb: Small ribosomal subunit protein uS8A
Sc: Small ribosomal subunit protein uS12A
Sd: Small ribosomal subunit protein eS24A
Se: Small ribosomal subunit protein eS26A
Sf: Small ribosomal subunit protein eS27A
Sg: Small ribosomal subunit protein eS30A
s: tRNA
t: tRNA
B: 5S rRNA
C: 5.8S rRNA
T: Large ribosomal subunit protein eL19A
Y: Large ribosomal subunit protein eL24A
A: 25S rRNA
D: Large ribosomal subunit protein uL2A
E: Large ribosomal subunit protein uL3
F: Large ribosomal subunit protein uL4A
G: Large ribosomal subunit protein uL18
H: Large ribosomal subunit protein eL6B
I: Large ribosomal subunit protein uL30A
J: Large ribosomal subunit protein eL8A
K: Large ribosomal subunit protein uL6A
L: Large ribosomal subunit protein uL16
M: Large ribosomal subunit protein uL5B
N: Large ribosomal subunit protein eL13A
O: Large ribosomal subunit protein eL14A
P: Large ribosomal subunit protein eL15A
Q: Large ribosomal subunit protein uL13A
R: Large ribosomal subunit protein uL22A
S: Large ribosomal subunit protein eL18A
U: Large ribosomal subunit protein eL20A
V: Large ribosomal subunit protein eL21A
W: Large ribosomal subunit protein eL22A
X: Large ribosomal subunit protein uL14A
Z: Large ribosomal subunit protein uL23
a: Large ribosomal subunit protein uL24A
b: Large ribosomal subunit protein eL27A
c: Large ribosomal subunit protein uL15
d: Large ribosomal subunit protein eL29
e: Large ribosomal subunit protein eL30
f: Large ribosomal subunit protein eL31A
g: Large ribosomal subunit protein eL32
h: Large ribosomal subunit protein eL33A
i: Large ribosomal subunit protein eL34A
j: Large ribosomal subunit protein uL29A
k: Large ribosomal subunit protein eL36A
l: Large ribosomal subunit protein eL37A
m: Large ribosomal subunit protein eL38
n: Large ribosomal subunit protein eL39
o: Large ribosomal subunit protein eL40A
p: Large ribosomal subunit protein eL41A
q: Large ribosomal subunit protein eL42A
r: Large ribosomal subunit protein eL43A
x: Elongation factor 1-alpha 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,126,04181
ポリマ－3,126,04181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 2stBCA

#1: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 579432.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: GenBank: 831416138
#35: RNA鎖 tRNA


分子量: 24781.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#36: RNA鎖 tRNA


分子量: 24222.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#37: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: GenBank: 834774822
#38: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: GenBank: 1531397035
#41: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1096842.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: GenBank: 2209526103

+
Small ribosomal subunit protein ... , 33種, 33分子 SASBSCSDSESFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSSSTSUSVSWSXSYSZSaSbScSd...

#2: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 40S ribosomal protein S3 / RP13 / YS3


分子量: 24631.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P05750
#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / YS8


分子量: 22908.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P26783
#4: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS10A / 40S ribosomal protein S10-A


分子量: 11042.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q08745
#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS12 / 40S ribosomal protein S12


分子量: 13028.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P48589
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 40S ribosomal protein S15 / RIG protein / RP52 / S21 / YS21


分子量: 13265.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q01855
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9A / 40S ribosomal protein S16-A / RP61R


分子量: 15659.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX51
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS17A / 40S ribosomal protein S17-A / RP51A


分子量: 13897.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P02407
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13A / 40S ribosomal protein S18-A


分子量: 16940.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX55
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS19A / 40S ribosomal protein S19-A / RP55A / S16a / YP45 / YS16A


分子量: 15810.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P07280
#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S20


分子量: 11363.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P38701
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS25A / 40S ribosomal protein S25-A / RP45 / S31 / YS23


分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q3E792
#13: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS28A / 40S ribosomal protein S28-A / S33 / YS27


分子量: 7116.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q3E7X9
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14A / 40S ribosomal protein S29-A / S36 / YS29


分子量: 6335.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P41057
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS31 / 40S ribosomal protein S31 / CEP76 / S37 / YS24


分子量: 8388.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P05759
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein RACK1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / ...Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1


分子量: 34151.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P38011
#17: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2A / 40S ribosomal protein S0-A / Nucleic acid-binding protein NAB1A


分子量: 22811.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P32905
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1A / 40S ribosomal protein S1-A / RP10A


分子量: 26314.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P33442
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S2 / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / YS5


分子量: 23084.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P25443
#20: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS4A / 40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / YS6


分子量: 29167.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX35
#21: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS6A / 40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / YS4


分子量: 26181.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX37
#22: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS7A / 40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40


分子量: 21000.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P26786
#23: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS8A / 40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX39
#24: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4A / 40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / YP28 / YS11


分子量: 21081.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: O13516
#25: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17A / 40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / YS12


分子量: 16272.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX47
#26: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 40S ribosomal protein S13 / S27a / YS15


分子量: 16928.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P05756
#27: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11B / 40S ribosomal protein S14-B / RP59B


分子量: 13446.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P39516
#28: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS21A / 40S ribosomal protein S21-A / S26 / YS25


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0C0V8
#29: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8A / 40S ribosomal protein S22-A / RP50 / S24 / YP58 / YS22


分子量: 14518.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0C0W1
#30: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12A / 40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / YS14


分子量: 15942.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX29
#31: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS24A / 40S ribosomal protein S24-A / RP50


分子量: 15231.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX31
#32: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS26A / 40S ribosomal protein S26-A


分子量: 10757.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P39938
#33: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS27A / 40S ribosomal protein S27-A / RP61 / YS20


分子量: 8762.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P35997
#34: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS30A / 40S ribosomal protein S30-A


分子量: 6779.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX33

+
Large ribosomal subunit protein ... , 41種, 41分子 TYDEFGHIJKLMNOPQRSUVWXZabcdefg...

#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL19A / 60S ribosomal protein L19-A / L23 / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21631.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX82
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL24A / 60S ribosomal protein L24-A / L30 / RP29 / YL21


分子量: 14645.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P04449
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2A / 60S ribosomal protein L2-A / L5 / RP8 / YL6


分子量: 27089.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX45
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 60S ribosomal protein L3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43719.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P14126
#44: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4A / 60S ribosomal protein L4-A / L2 / RP2 / YL2


分子量: 39027.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P10664
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 60S ribosomal protein L5 / L1 / L1a / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33415.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P26321
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL6B / 60S ribosomal protein L6-B / L17 / RP18 / YL16


分子量: 19893.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P05739
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30A / 60S ribosomal protein L7-A / L6 / RP11 / YL8


分子量: 25353.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P05737
#48: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL8A / 60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 25814.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P17076
#49: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6A / 60S ribosomal protein L9-A / L8 / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P05738
#50: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16 / 60S ribosomal protein L10 / L9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein


分子量: 25080.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P41805
#51: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5B / 60S ribosomal protein L11-B / L16 / RP39 / YL22


分子量: 19266.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q3E757
#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL13A / 60S ribosomal protein L13-A


分子量: 21885.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q12690
#53: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL14A / 60S ribosomal protein L14-A


分子量: 14976.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P36105
#54: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL15A / 60S ribosomal protein L15-A / L13 / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24351.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P05748
#55: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13A / 60S ribosomal protein L16-A / L13a / L21 / RP22 / YL15


分子量: 22028.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P26784
#56: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22A / 60S ribosomal protein L17-A / L20A / YL17


分子量: 20458.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P05740
#57: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL18A / 60S ribosomal protein L18-A / RP28


分子量: 20478.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX49
#58: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL20A / 60S ribosomal protein L20-A / L18a


分子量: 20347.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX23
#59: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL21A / 60S ribosomal protein L21-A


分子量: 18148.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q02753
#60: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL22A / 60S ribosomal protein L22-A / L1c / RP4 / YL31


分子量: 11263.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P05749
#61: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14A / 60S ribosomal protein L23-A / L17a / YL32


分子量: 14362.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX41
#62: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 60S ribosomal protein L25 / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 13771.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P04456
#63: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24A / 60S ribosomal protein L26-A / L33 / YL33


分子量: 14005.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P05743
#64: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL27A / 60S ribosomal protein L27-A


分子量: 15437.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0C2H6
#65: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 60S ribosomal protein L28 / L27a / L29 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16630.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P02406
#66: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL29 / 60S ribosomal protein L29 / YL43


分子量: 6560.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P05747
#67: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL30 / 60S ribosomal protein L30 / L32 / RP73 / YL38


分子量: 10487.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P14120
#68: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL31A / 60S ribosomal protein L31-A / L34 / YL28


分子量: 12649.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0C2H8
#69: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL32 / 60S ribosomal protein L32


分子量: 14478.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P38061
#70: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL33A / 60S ribosomal protein L33-A / L37 / RP47 / YL37


分子量: 12045.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P05744
#71: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL34A / 60S ribosomal protein L34-A


分子量: 12608.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P87262
#72: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29A / 60S ribosomal protein L35-A


分子量: 13811.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX84
#73: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL36A / 60S ribosomal protein L36-A / L39 / YL39


分子量: 11020.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P05745
#74: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL37A / 60S ribosomal protein L37-A / L43 / YL35 / YP55


分子量: 9229.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P49166
#75: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL38 / 60S ribosomal protein L38


分子量: 8714.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P49167
#76: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L39 / L46 / YL40


分子量: 6227.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P04650
#77: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL40A / 60S ribosomal protein L40-A / CEP52


分子量: 6032.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CH08
#78: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein eL41A / 60S ribosomal protein L41-A / L47 / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX86
#79: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL42A / 60S ribosomal protein L42-A / L41 / YL27 / YP44


分子量: 11840.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX27
#80: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL43A / 60S ribosomal protein L43-A / L37a / YL35


分子量: 9981.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX25

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タンパク質 , 1種, 1分子 x

#81: タンパク質 Elongation factor 1-alpha 1 / EF-1-alpha-1 / Elongation factor Tu / EF-Tu / Eukaryotic elongation factor 1 A-1 / eEF1A-1


分子量: 50214.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
参照: UniProt: P68105, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 80S / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)559292
31Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
緩衝液pH: 4.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150024 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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