EMDB-38667: State 5 (S5) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs and eEF2 duri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-38667

タイトル

State 5 (S5) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs and eEF2 during translocation

マップデータ

試料

複合体: Yeast 80S ribosome

キーワード

80S / elongation cycle / rotated / TRANSLATION

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Cheng J / Wu CL / Li JX / Zhang XZ

資金援助

中国, 3件

Organization	Grant number	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31930069	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32150010	中国
Chinese Academy of Sciences	XDB37040101	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Snapshots of ribosome dynamics near atomic resolution in situ: a full insight into eukaryotic elongation cycle
著者: Cheng J / Wu CL / Li JX / Zhang XZ

履歴

登録	2024年1月12日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年12月11日	-
マップ公開	2024年12月11日	-
更新	2024年12月11日	-
現状	2024年12月11日	処理サイト: PDBc / 状態: 公開

添付画像	emd_38667.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_38667.map.gz	229.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-38667-v30.xml emd-38667.xml	22.5 KB 22.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_38667_fsc.xml	14.9 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_38667.png	119.2 KB
マスクデータ	emd_38667_msk_1.map	244.1 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-38667.cif.gz	3.9 KB
その他	emd_38667_half_map_1.map.gz emd_38667_half_map_2.map.gz	226.4 MB 226.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38667 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38667	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	38654C 38655C 38656C 38657C 38658C 38659C 38660C 38661C 38662C 38663C 38664C 38665C 38666C 38668C 38669C 38670C 38671C 8xu8C 8yldC 8ylrC 8z70C 8z71C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_38667.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.32 Å/pix. x 400 pix. = 528. Å	1.32 Å/pix. x 400 pix. = 528. Å	1.32 Å/pix. x 400 pix. = 528. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.32 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.269
最小 - 最大	-0.65006995 - 1.2196673
平均 (標準偏差)	0.00040092424 (±0.06930243)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_38667_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_38667_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_38667_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Yeast 80S ribosome

全体	名称: Yeast 80S ribosome
要素	複合体: Yeast 80S ribosome

-
超分子 #1: Yeast 80S ribosome

超分子	名称: Yeast 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#80
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: BY4741

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 4.5 / 詳細: YPD
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 %

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16972
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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