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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8x2u | ||||||
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タイトル | Radial spoke head-neck dimer | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / radial spoke / cilia | ||||||
機能・相同性 | ![]() radial spoke head 1 / radial spoke head 2 / radial spoke head 3 / radial spoke assembly / maintenance of ciliary planar beating movement pattern / outer dense fiber / axonemal central apparatus assembly / radial spoke head / radial spoke / mating ...radial spoke head 1 / radial spoke head 2 / radial spoke head 3 / radial spoke assembly / maintenance of ciliary planar beating movement pattern / outer dense fiber / axonemal central apparatus assembly / radial spoke head / radial spoke / mating / kinocilium / cilium movement involved in cell motility / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / : / 9+2 motile cilium / cilium movement / motile cilium assembly / axoneme assembly / flagellated sperm motility / ventricular system development / Set1C/COMPASS complex / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / motile cilium / meiotic spindle / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / axoneme / chaperone cofactor-dependent protein refolding / spermatid development / cilium assembly / sperm flagellum / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / 3'-5' exonuclease activity / meiotic cell cycle / condensed nuclear chromosome / establishment of localization in cell / response to reactive oxygen species / cilium / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | ||||||
![]() | Meng, X. / Cong, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Multi-scale structures of the mammalian radial spoke and divergence of axonemal complexes in ependymal cilia. 著者: Xueming Meng / Cong Xu / Jiawei Li / Benhua Qiu / Jiajun Luo / Qin Hong / Yujie Tong / Chuyu Fang / Yanyan Feng / Rui Ma / Xiangyi Shi / Cheng Lin / Chen Pan / Xueliang Zhu / Xiumin Yan / Yao Cong / ![]() 要旨: Radial spokes (RS) transmit mechanochemical signals between the central pair (CP) and axonemal dynein arms to coordinate ciliary motility. Atomic-resolution structures of metazoan RS and structures ...Radial spokes (RS) transmit mechanochemical signals between the central pair (CP) and axonemal dynein arms to coordinate ciliary motility. Atomic-resolution structures of metazoan RS and structures of axonemal complexes in ependymal cilia, whose rhythmic beating drives the circulation of cerebrospinal fluid, however, remain obscure. Here, we present near-atomic resolution cryo-EM structures of mouse RS head-neck complex in both monomer and dimer forms and reveal the intrinsic flexibility of the dimer. We also map the genetic mutations related to primary ciliary dyskinesia and asthenospermia on the head-neck complex. Moreover, we present the cryo-ET and sub-tomogram averaging map of mouse ependymal cilia and build the models for RS1-3, IDAs, and N-DRC. Contrary to the conserved RS structure, our cryo-ET map reveals the lack of IDA-b/c/e and the absence of Tektin filaments within the A-tubule of doublet microtubules in ependymal cilia compared with mammalian respiratory cilia and sperm flagella, further exemplifying the structural diversity of mammalian motile cilia. Our findings shed light on the stepwise mammalian RS assembly mechanism, the coordinated rigid and elastic RS-CP interaction modes beneficial for the regulation of asymmetric ciliary beating, and also facilitate understanding on the etiology of ciliary dyskinesia-related ciliopathies and on the ependymal cilia in the development of hydrocephalus. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 793.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 618.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 850.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 880 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 106.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 164.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 38020MC ![]() 8wzbC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 10分子 ACBKEMFINQ
#1: タンパク質 | 分子量: 18235.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 40119.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 25547.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 35592.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-Radial spoke head protein ... , 3種, 10分子 DLGJORHcPd
#3: タンパク質 | 分子量: 45234.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 80214.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 31365.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Radial spoke head-neck dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 338084 / 対称性のタイプ: POINT |