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万見
- PDB-8wzb: RS head-neck monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wzb
タイトルRS head-neck monomer
要素
  • (Radial spoke head protein ...) x 3
  • DPY30 domain containing 2
  • DnaJ homolog subfamily B member 13
  • Nucleoside diphosphate kinase homolog 5
  • Radial spoke head 1 homolog
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cilia / radial spoke / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


radial spoke assembly / maintenance of ciliary planar beating movement pattern / radial spoke head 1 / radial spoke head 2 / radial spoke head 3 / outer dense fiber / radial spoke head / mating / axonemal central apparatus assembly / radial spoke ...radial spoke assembly / maintenance of ciliary planar beating movement pattern / radial spoke head 1 / radial spoke head 2 / radial spoke head 3 / outer dense fiber / radial spoke head / mating / axonemal central apparatus assembly / radial spoke / kinocilium / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / sperm head-tail coupling apparatus / cilium movement / axoneme assembly / ventricular system development / flagellated sperm motility / Set1C/COMPASS complex / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / meiotic spindle / motile cilium / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / spermatid development / sperm flagellum / axoneme / cilium assembly / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / 3'-5' exonuclease activity / condensed nuclear chromosome / response to reactive oxygen species / meiotic cell cycle / establishment of localization in cell / unfolded protein binding / protein folding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside-diphosphate kinase-like NDK-H5 / : / Radial spokehead-like protein / Radial spoke 3 / : / Radial spokehead-like protein / Radial spoke protein 3 / Sdc1/DPY30 / : / Dpy-30 motif ...Nucleoside-diphosphate kinase-like NDK-H5 / : / Radial spokehead-like protein / Radial spoke 3 / : / Radial spokehead-like protein / Radial spoke protein 3 / Sdc1/DPY30 / : / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / MORN motif / MORN repeat / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / DnaJ domain / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DnaJ homolog subfamily B member 13 / Radial spoke head protein 4 homolog A / Radial spoke head 1 homolog / Nucleoside diphosphate kinase homolog 5 / DPY30 domain containing 2 / Radial spoke head protein 9 homolog / Radial spoke head protein 3 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Meng, X. / Cong, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Multi-scale structures of the mammalian radial spoke and divergence of axonemal complexes in ependymal cilia.
著者: Xueming Meng / Cong Xu / Jiawei Li / Benhua Qiu / Jiajun Luo / Qin Hong / Yujie Tong / Chuyu Fang / Yanyan Feng / Rui Ma / Xiangyi Shi / Cheng Lin / Chen Pan / Xueliang Zhu / Xiumin Yan / Yao Cong /
要旨: Radial spokes (RS) transmit mechanochemical signals between the central pair (CP) and axonemal dynein arms to coordinate ciliary motility. Atomic-resolution structures of metazoan RS and structures ...Radial spokes (RS) transmit mechanochemical signals between the central pair (CP) and axonemal dynein arms to coordinate ciliary motility. Atomic-resolution structures of metazoan RS and structures of axonemal complexes in ependymal cilia, whose rhythmic beating drives the circulation of cerebrospinal fluid, however, remain obscure. Here, we present near-atomic resolution cryo-EM structures of mouse RS head-neck complex in both monomer and dimer forms and reveal the intrinsic flexibility of the dimer. We also map the genetic mutations related to primary ciliary dyskinesia and asthenospermia on the head-neck complex. Moreover, we present the cryo-ET and sub-tomogram averaging map of mouse ependymal cilia and build the models for RS1-3, IDAs, and N-DRC. Contrary to the conserved RS structure, our cryo-ET map reveals the lack of IDA-b/c/e and the absence of Tektin filaments within the A-tubule of doublet microtubules in ependymal cilia compared with mammalian respiratory cilia and sperm flagella, further exemplifying the structural diversity of mammalian motile cilia. Our findings shed light on the stepwise mammalian RS assembly mechanism, the coordinated rigid and elastic RS-CP interaction modes beneficial for the regulation of asymmetric ciliary beating, and also facilitate understanding on the etiology of ciliary dyskinesia-related ciliopathies and on the ependymal cilia in the development of hydrocephalus.
履歴
登録2023年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DPY30 domain containing 2
B: DnaJ homolog subfamily B member 13
C: DnaJ homolog subfamily B member 13
D: Radial spoke head protein 3 homolog B
E: Nucleoside diphosphate kinase homolog 5
F: Radial spoke head 1 homolog
G: Radial spoke head protein 4 homolog A
H: Radial spoke head protein 9 homolog
S: Radial spoke head protein 4 homolog A
c: Radial spoke head protein 9 homolog
I: Radial spoke head 1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)463,60211
ポリマ－463,60211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ABCEFI

#1: タンパク質 DPY30 domain containing 2 / Rsph2


分子量: 18235.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dydc2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9D3X8
#2: タンパク質 DnaJ homolog subfamily B member 13 / Rsph16 / Testis and spermatogenesis cell-related protein 6 / Testis spermatocyte apoptosis-related ...Rsph16 / Testis and spermatogenesis cell-related protein 6 / Testis spermatocyte apoptosis-related gene 6 protein / Testis spermatogenesis apoptosis-related gene 3 protein / Testis spermatogenesis apoptosis-related gene 6 protein


分子量: 40119.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dnajb13, Tsarg, Tsarg3, Tsarg6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q80Y75
#4: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase homolog 5 / NDK-H 5 / NDP kinase homolog 5 / Rsph23 / nm23-M5


分子量: 25547.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nme5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99MH5
#5: タンパク質 Radial spoke head 1 homolog / Male meiotic metaphase chromosome-associated acidic protein / Meichroacidin / Testis-specific gene A2 protein


分子量: 35592.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rsph1, Tsga2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8VIG3

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Radial spoke head protein ... , 3種, 5分子 DGSHc

#3: タンパク質 Radial spoke head protein 3 homolog B / A-kinase anchor protein RSPH3B / Radial spoke head-like protein 2B


分子量: 45234.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rsph3b, Rshl2, Rshl2b / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9DA80
#6: タンパク質 Radial spoke head protein 4 homolog A / Radial spoke head-like protein 3


分子量: 80214.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rsph4a, Rshl3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8BYM7
#7: タンパク質 Radial spoke head protein 9 homolog


分子量: 31365.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rsph9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9D9V4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: radial spoke head-neck monomer complex of mouse / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 25 mM HEPES pH 7.5, 200 mM KCl, 0.05% NP-40, 1 mM EDTA, 10 mM Na4P2O7, 10% Glycerol, 1mM DTT and protease inhibitor cocktails
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 54 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 433940 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00518072
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.09424503
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.8162408
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0532586
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.013197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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