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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vrk | ||||||
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タイトル | Rigid body fitted model for refined density map of gamma tubulin ring complex capped microtubule | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / Microtubule nucleation complex bound to a microtubule | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 netrin receptor binding / microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / positive regulation of norepinephrine uptake / equatorial microtubule organizing center / microtubule minus-end binding / Post-chaperonin tubulin folding pathway / cellular response to cytochalasin B / dorsal root ganglion development / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin ...netrin receptor binding / microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / positive regulation of norepinephrine uptake / equatorial microtubule organizing center / microtubule minus-end binding / Post-chaperonin tubulin folding pathway / cellular response to cytochalasin B / dorsal root ganglion development / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / bBAF complex / mitotic spindle microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / gamma-tubulin ring complex / npBAF complex / postsynaptic actin cytoskeleton organization / regulation of transepithelial transport / interphase microtubule organizing center / brahma complex / nBAF complex / polar microtubule / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / gamma-tubulin complex / morphogenesis of a polarized epithelium / meiotic spindle organization / GBAF complex / postsynaptic actin cytoskeleton / protein localization to adherens junction / regulation of G0 to G1 transition / Formation of annular gap junctions / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / dense body / Intraflagellar transport / Tat protein binding / Gap junction degradation / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Cell-extracellular matrix interactions / Folding of actin by CCT/TriC / microtubule nucleation / regulation of double-strand break repair / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Gap junction assembly / regulation of nucleotide-excision repair / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / apical protein localization / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / adherens junction assembly / RHOF GTPase cycle / RSC-type complex / non-motile cilium / gamma-tubulin binding / Adherens junctions interactions / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Kinesins / 密着結合 / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Interaction between L1 and Ankyrins / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / regulation of synaptic vesicle endocytosis / 微小管形成中心 / NuA4 histone acetyltransferase complex / apical junction complex / establishment or maintenance of cell polarity / maintenance of blood-brain barrier / 細胞結合 / positive regulation of stem cell population maintenance / cortical cytoskeleton / 中心体マトリックス / cytoplasmic microtubule / nitric-oxide synthase binding / cell leading edge / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Recycling pathway of L1 / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / mitotic sister chromatid segregation / kinesin binding / negative regulation of cell differentiation / ヘルト萼状シナプス / 刷子縁 / RHOH GTPase cycle / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / mitotic spindle assembly / single fertilization / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RHO GTPases activate IQGAPs / spindle assembly / positive regulation of myoblast differentiation / microtubule-based process / cellular response to interleukin-4 / regulation of protein localization to plasma membrane / Hedgehog 'off' state / COPI-mediated anterograde transport 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å | ||||||
データ登録者 | Aher, A. / Urnavicius, L. / Kapoor, T.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structure of the γ-tubulin ring complex-capped microtubule. 著者: Amol Aher / Linas Urnavicius / Allen Xue / Kasahun Neselu / Tarun M Kapoor / 要旨: Microtubules are composed of α-tubulin and β-tubulin dimers positioned head-to-tail to form protofilaments that associate laterally in varying numbers. It is not known how cellular microtubules ...Microtubules are composed of α-tubulin and β-tubulin dimers positioned head-to-tail to form protofilaments that associate laterally in varying numbers. It is not known how cellular microtubules assemble with the canonical 13-protofilament architecture, resulting in micrometer-scale α/β-tubulin tracks for intracellular transport that align with, rather than spiral along, the long axis of the filament. We report that the human ~2.3 MDa γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), an essential regulator of microtubule formation that contains 14 γ-tubulins, selectively nucleates 13-protofilament microtubules. Cryogenic electron microscopy reconstructions of γ-TuRC-capped microtubule minus ends reveal the extensive intra-domain and inter-domain motions of γ-TuRC subunits that accommodate luminal bridge components and establish lateral and longitudinal interactions between γ-tubulins and α-tubulins. Our structures suggest that γ-TuRC, an inefficient nucleation template owing to its splayed conformation, can transform into a compacted cap at the microtubule minus end and set the lattice architecture of cellular microtubules. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vrk.cif.gz | 3.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vrk.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8vrk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vrk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 43483MC 8vrjC 8vt7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 8種, 53分子 1OPQRSTUVWXYZ2opqrstuvwxyz36L7...
#1: タンパク質 | 分子量: 51019.297 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBA1B / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: P68363, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 #2: タンパク質 | 分子量: 51276.367 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBB3, TUBB4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13509 #3: タンパク質 | 分子量: 199732.516 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: B2RWN4 #5: タンパク質 | 分子量: 8485.724 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MZT1, C13orf37, MOZART1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q08AG7 #6: タンパク質 | | 分子量: 41782.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60709 #7: タンパク質 | 分子量: 105581.500 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP2, GCP2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BSJ2 #8: タンパク質 | 分子量: 76108.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP4, 76P, GCP4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UGJ1 #10: タンパク質 | 分子量: 52022.617 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBG1, TUBG / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P23258 |
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-Gamma-tubulin complex component ... , 2種, 7分子 5BDFHNJ
#4: タンパク質 | 分子量: 103710.102 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP3, GCP3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96CW5 #9: タンパク質 | | 分子量: 118367.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP5, GCP5, KIAA1899 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96RT8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Gamma tubulin ring complex bound to microtubule minus end タイプ: COMPLEX / Entity ID: #10, #1-#9 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9856 / 対称性のタイプ: POINT |